1987年到1993年是新本推理的第一階段，以綾辻行人為代表的一大批作家湧現出來。而從1994年開始，新本格進入了第二階段，以一種更加匪夷所思的面貌呈現在讀者面前。而其標誌性事件，就是1994年京極夏彥的出道。
京極夏彥，1963年3月26日出生於北海道小樽。他從小酷愛閱讀，讀過大量冷僻書籍，腦袋裡積累的怪奇知識可謂車載斗量。他從小就下定了決心，一定要讓這些別人看來毫無用處的知識在自己手裡大放異彩。在眾多知識裡，京極夏彥尤其痴迷於日本的妖怪文化。很多年前，京極夏彥試圖創作一部妖怪漫畫，但一直沒有付諸行動。現在，他跳過了繪畫階段，直接創作了一部名為《姑獲鳥之夏》的推理小說。小說的出版引發轟動，讀者折服於京極夏彥的天才與博學，驚呼推理小說居然可以用妖怪作為載體。隨後，京極夏彥將“京極堂系列”的輝煌延續了下去。京極夏彥的作品被改編成漫畫、影視劇、舞臺劇等，在日本掀起了史無前例的“妖怪熱”。京極夏彥的出現，打破了新本格推理的最後一層禁忌。帶有濃厚“迷信”色彩的妖魔鬼怪都可以走進推理小說。
在這個時間段先後出道，和京極夏彥一起引領了日本推理發展方向的，還有1995年出道的西澤保彥和1996年出道的森博嗣。西澤保彥1960年出生於高知縣，曾在美國讀書。西澤保彥創作了大量科幻推理小說。他在自己構建的科幻世界裡天馬行空，但最後的真相和解答完全符合“本格”標準，這使得他成為了無可爭議的推理第一人。其中，《死了七次的男人》和《人格轉移殺人》是其最具代表性的作品。
森博嗣1957年12月7日出生於愛知縣，就讀於名古屋大學，學習環境學。畢業後，森博嗣留在大學擔任助教，並開始創作推理小說。1995年，森博嗣創作了處女作《冰冷密室和博士們》。和京極夏彥的“妖怪學"、西澤保彥的“科幻流”不同，森博嗣架構作品的基石是“理系知識”，即數學、物理、化學一類的“理科生專利”。在森博嗣的作品裡，不僅主角偵探犀川和萌繪是建築系的助教和學生，其他角色也多是與科學家、研究者、生一類的人。森博嗣的小說是建築在現實世界中的科學之上的，—切謎團都可以用精確的“計算”加以解決。因此，森博嗣的作品是科學與文學的完美融合。
經過1994、1995和1996三年的蛻變，以京極夏彥、西澤保彥和森博嗣的出道為標誌，日本的推理文學迎來了一個新的局面。這種作品多元化的呈現，可以看作是新本格推理發展到了一個新的階段。新千年之後，日本推理多元化特質越發明顯，也催生出了若干位超越推理文學範疇的天王級作家。
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