整個抗倭援朝戰爭期間，明朝內部自始至終都存在著較大的矛盾與爭議，這種爭議從明廷內部開始，一直延伸到整個朝鮮戰場，其中較為重大的有：朝廷內部的出兵與否之爭與和議階段撤兵與封貢之爭。
出兵之爭
自萬曆十九年豐臣秀吉入侵朝鮮，朝鮮八道盡失，國王李昖棄王京，向義州逃奔，朝鮮當即派使臣前往明朝求救，絡繹於道。但當時傳說眾多，有人說朝鮮勾結日本，為日本先鋒將侵略明朝，有福建海商也提供類似情報。於是明朝不斷派人前往朝鮮打探情況，以便弄明事實真相。石星先令遼東巡撫郝傑派兵前往朝鮮，六月，郝傑派副總兵祖承訓與遊擊史儒領兵五千前往救援，與日軍戰於平壤，史儒戰死，祖承訓僅以身免。這次行動明軍儘管失利，但祖承訓提出幾個問題：朝鮮所報軍情不實、軍隊糧草不繼，與朝鮮兵缺乏互信。因而明朝對是否再出兵，變得相當慎重。
兵部侍郎宋應昌還認為“蓋朝鮮與中國，視同唇齒，自古言之。休慼與共，是朝鮮為我中國必不可失之藩籬也。”兵部尚書石星與兵部侍郎宋應昌是主戰派代表，主戰派的還有兵部給事中劉道隆：“生者倭奴如冠多在東南財賦之地，故乘風冠掠，滿欲則歸。今先並朝鮮而後犯中國，且以大兵直搗西北至區，則其志不在小矣。倘朝鮮不支，必乘勝面內，而我之勢分力寡，恐難為敵……宜急從臣之請，召募勇敢之士萬人，以分佈沿海要害之地，不然臨敵而束手矣。”他認識到日本入侵朝鮮，意在以朝鮮為跳板入侵中國；作為萬曆朝中為數不多對日本研究透徹的遼東巡撫郝傑則積極推動明朝直接出兵朝鮮，他認為“倭今據有朝鮮，進有所攝，任意長驅，真同鬼域。臣屬河間天津，系軍國重需之地，今運船正行，倭所注意，正國家多難之秋，臣子枕戈之日，條陳備倭六事。”鑑於自己所收集到的關於日本的資料，郝傑認為應出兵援助朝鮮抗倭。
與此同時，朝廷內部一批反對之聲應運而生。朝廷內反對出兵主要有兵科都給事中許弘綱，他說：“該部謂中國御倭當於門庭。夫邊鄙，中國門庭也，四夷則藩籬耳。守在四夷，不聞為四夷守。”許認為朝鮮與日本皆為夷狄，兩個夷狄之間的戰爭，犯不著去慘和，即使朝鮮失敗了，也沒有什麼嚴重後果。
就在明廷主戰派與反對派爭論不休之時，朝廷針對朝鮮求援是否為真，著兵部派遣錦衣衛都指揮使黃應暘協同指揮徐一貫和遊擊夏時去朝鮮調查，對此申炅《再造藩邦志》記載：
兵部乃差錦衣都指揮使黃應暘。馳到義州。更審事情。上迎於中江。應唐欲得倭書以驗之。禮曹判書尹根壽以賊在大同江所遺書二度示之，應暘不信，李恆福自在京師時，已憂此事，乃搜求辛卯通信使等所齎倭書而來，乃以其書示之。應暘撫膺大痛，對上涕泣曰：“貴國之情如是，而不免天朝之疑，為天朝受兵，而反被惡名，天下寧有是理乎，吾當為朝鮮伸理耳。”
黃應暘當年與譚綸、戚繼光一起在江浙對付倭寇，黃應暘任參謀，因此抗倭經驗豐富，憑藉自身多年的軍事經驗，對於朝鮮提供的書信一看便知道為真，於是便上報石星出兵救援朝鮮。
在萬曆皇帝和石星的認可下，明朝政府中有眾多有智之士認識到朝鮮問題的必要性和重要性，才能最終形成出兵朝鮮的提議。九月底，明朝已經平定了寧夏哱拜之亂，穩定了國內局勢，於是將寧夏戰場上的明軍調往朝鮮。最終，明朝軍隊正式出兵朝鮮。
和議階段封貢與撤兵之爭
碧蹄館之役後，使日軍在平壤之敗後陷入劣勢的局面得到扭轉。明、日雙方在軍事方面暫時達到平衡。雙方進入相持階段，重啟談判。
從明朝方面來看，自碧蹄館一役，李如松銳氣受挫。時逢春季，雨雪融化，道路泥濘，不適合騎兵作戰，還出現了軍中瘟疫，馬匹、兵士傷病較多，以及軍中糧草匱乏等諸多原因。提督李如松和他的整個遼東軍集團都希望撤兵，此時經略宋應昌也認為在當前的條件下，倭寇要防，但可以先坐下來和談以爭取時間，等到糧草、兵餉和援軍都到齊瞭然後再戰。難得的一向意見不合的李如松和宋應昌站到了一起，為了和談而共同努力。
就日本方面而言，在陸地上，日軍在碧蹄館打了勝仗，一扭平壤大敗後的頹廢；但在海戰方面，朝鮮李舜臣帶領的朝鮮水軍給予日本水軍極大的打擊，使得日軍海上供給錢打斷，導致日軍面臨兵糧彈藥不足的狀況。與此同時朝鮮出現大饑荒，日本小西行長依據日本當時的情形及其自身利益，極力主張和談，據《明經世文編》記載：“行長又懼吉東王鮮不能無內變，而朝鮮特以機會襲取之，其諸郡邑方數千裡，兵聚則恢復者四起，兵分則力弱，度不能守矣。橫加以我之眾名為四十萬，又慮清正之與我合而反弋內向也，故端意乞封貢以市。”由此小西行長主動發起開始，明、日之間一輪新的和談。
日本嚮明朝提出了七大條件，明朝亦向日本提出了三大條件，歸根結底，雙方爭論的焦點在於“封貢”問題。所謂“封貢”包含封王與朝貢貿易兩個方面。明廷內部對和議意見不統一，爭論不休，議論核心是“封與貢”的問題。多數大臣對倭寇在東南沿海一帶的暴行記憶猶新，所以反對派佔了大多數，其中代表性的人物徐光啟認為：“既而還我王京，退至釜山乃止。又歸我王子陪臣，則皆以封、貢、市之故。三者之中所急者為市，為市故欲貢，為貢故欲封。”；支持封貢的大學士張位則指出：“倭之求封者，因何豈圖空名哉，終而為求貢也，其求貢者，因何豈真犯中國哉，不過利中國之貨物而有無相易也，此其情也。”到底採用何種方式，萬曆皇帝一直沒有表態，因為他始終還記得四十多年前嘉靖朝的倭亂花了將近二十年時間才平息下去。明萬曆二十二年（1594年）八月，代替宋應昌赴朝鮮的新經略顧養謙極力主張“封貢”，剛入朝鮮便要求朝鮮“為倭請貢”，在其威脅恐嚇之下，朝鮮考慮到自己對明朝的依賴性，被迫決定為倭請“封貢”。當萬曆皇帝接到朝鮮請貢疏時，決定“許封不許貢”。
需要指出的是，在與日本進行和談的同時，明朝撤兵也在進行著。四月，日本離開王京駐紮在釜山，至此，漢江以南朝鮮故土全部收復。援朝軍隊總督李如松也請求撤兵。朝廷中的主和派及神宗皇帝一方面認為朝鮮國土已復，沒有必要再留駐軍隊，另一方面不願繼續負擔龐大的軍費開支。於是便下諭：“朝鮮王還都王京，整兵自守，我各鎮兵久疲海外，以次撤歸。”而宋應昌認為不應搞過早撤兵。
宋應昌認為日軍雖退居釜山,卻尚未撤歸日本,隨時都可能北上再犯朝鮮,戰爭的危險依舊存在,他也自知無力阻擋朝廷的撤兵命令,因而只好主張少撤併協助朝鮮防守。在他的極力主張下,明軍最後留下了一萬六千人。7月，明廷宣詔退兵以進行對日本封貢事宜，於是李如松大軍撤退，只留劉綎及遊擊吳惟忠共七千六百人分別扼守要口。但兵部尚書石星一意主和，再撤吳惟忠部，結果只留劉綎部防守。12月，明廷命薊遼總督顧養謙負責打理朝鮮事宜，並召回宋應昌。
為時七年的抗倭援朝戰爭期間，明軍內部的矛盾一直存在，以上例舉僅為皮毛，在駐守異國作戰期間，大敵當前，明軍內部的種種矛盾無疑會削弱明軍的戰鬥力，也會因此加劇與朝鮮之間的矛盾，從而延緩了整個戰爭的歷程。
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