培菌工序是使根黴菌、酵母菌等在熟糧上生長髮育，以提供澱粉變糖、糖變酒必要的酶量的階段。箱上培菌好壞直接影響產酒：而培菌好壞又與曲藥質量密切相關。要求出箱時，全箱清糊、絨子、甜香一致：培養出來的根銜菌、酵母菌純壯，酶活力強，才能多產酒。
1、攤晾及撒曲
攤晾的目的是使出甑糧食迅速均勻地冷至適合釀酒微生物繁殖的溫度。攤晾的要求是儘量縮短攤晾時間，減少雜菌感染，具體辦法有：
①低倒勻鋪
低倒可以使熟糧與攤席接觸的溫度高達80℃以上，從而起到部分殺菌作用。勻鋪是指使熟糧倒在攤席上厚薄均勻，以達到撒曲時的溫度一致。
②先倒後翻
先倒後翻可使先出甑的熟糧降溫減慢，後出甑的降溫加快.
以達到品溫均勻一致，避免因品溫相差過大造成培菌與發酵不良的後果。若後倒先翻、橫倒直翻或亂倒亂翻等會使熟糧品溫相差很大。
③頭勻二細
頭勻是指第一次翻糧做到厚薄均勻一致，使熟糧溫差小，便於撒頭次曲時的品溫接近一致。二細是指在撒了頭次曲後，用木掀將熟糧截細，增大熟糧表面面積，使溫度下降加快和曲粉拌得更均勻。
攤晾工藝要求：
①攤晾場地及工具應清潔衛生。
②攤蹤要迅速，品溫要均勻。
③要掌握好下曲溫度和下曲量，撒曲要均勻。
④正確判斷箱的老嫩，適時出箱。
撒曲溫度、收箱溫度等要視室溫而定。撒曲溫度過高，對培菌不利，易導致箱溫上升快，糖化效果不好：若撒曲溫度過低，經翻拌、收箱等操作過程導致收箱溫度偏低，箱溫上升慢，培菌槽易粘泥。
在正常情況下，可以根據下列條件來掌握：
①曲的質量
曲的質量與小曲白酒出酒率和質量密切相關。
②水的性質
普通釀造用水大都是中性或微酸性，用曲量較少：水為藏性者，用曲量要適當增加。
③季節變化
一般冬季多用，夏季少用。通常在培菌工序除控制進箱溫度和箱的面積、厚度外，曲藥的多少也可決定培養的時間和箱的老嫩。若發酵時吹得過猛，酒會帶苦、酒花不綿、蒸餾後糖子因水分不夠而發黑，是用曲量過多的象徵，應立即減少用曲。
2、收箱培菌
(1)培菌箱的作用
小曲白酒釀造最大的特點是用很少量的曲而能達到發酵良好的目的。之所以如此，主要是在發酵前，通過擴大培菌箱培養起的作用比較大，它為發酵工序創造了良好的條件。糧食在培菌糖化箱中，由於糖化菌的繁殖使澱粉逐漸變成糖，人工進行控制，不讓產糖過多，防止老箱跑糊。同時，酵母菌數亦會增長：敞口操作中不可避免感染醋酸菌和乳酸菌，這些菌在培菌箱中亦逐漸繁殖，出箱糖化槽酸度的增強可證實這一點。
(2) 收箱的厚度與溫度
要視季節、氣溫來定，一般來說，冬季收箱溫度較高，箱要做厚，夏季收箱溫度降低，箱宜做海
(3)培菌工序應注意的問題
①搞奸清潔衛生，減少雜菌感染，要求做到“三勤”，即勤洗箱板、勤洗箱底席和勤洗箱蓋席，每隔3-5天洗擦一次，用開水透洗後曬乾(或晾乾)以減少雜菌汙染：勤曬草簾，培養箱上用的草簾和草圍邊等極易生德，應時常翻曬：勤換箱底稻殼，保持箱底稻殼新鮮、乾燥。
②注意培菌階段升溫情況。培菌階段主要是保證糖化菌和酵母菌的繁殖與生長。據四川小曲白酒廠的經驗：在熟糧入箱12小時內，應保持一定限度的最低品溫，以後每隔2小時約升溫1℃，至27小時出箱時，溫度升至33~31℃，這樣培菌糟的質量較好。
③夏天出箱偏嫩，冬天出箱偏老。夏天空氣中雜菌多，為了適當抑制雜菌的繁殖速度，出箱偏嫩，培菌槽中糖分較少，發酵時升溫較緩，有利於釀酒功能菌的繁殖活動。冬天出箱偏老，培菌槽中糖分較多，有助於發酵進行。
①冬天培菌箱要採取保溫措施，當室溫在10℃以下時，為防止培菌箱發生冷邊、硬子等現象，一般在箱板與草圍邊相隔約4釐米處，用稻殼或當天熱糟填充保溫：或在培菌糟入箱後用溫熱配糟填充在箱板與培菌糟之間，厚約4釐米：或用熟丟糟圍在箱板的外部，厚約20釐米，以避免天氣冷時散熱快。
（4）培菌操作過程
將培菌箱清掃乾淨，鋪上少許稻殼和曲粉，將熟糧輕輕地收入箱內。溫度較高的收在箱邊、箱角，溫度較低的收在中部，將糧面修整勻平，再撒少許稻殼和曲粉。收箱溫度25~30℃，箱厚10~15釐米。收箱溫度、糧層厚度及箱內溫度根據季節進行調整。
收箱後，定期檢查箱內溫度，如溫度過低或過高，及時採取糾正措施，培菌管理總的要求是黴菌、酵母菌生長正常，雜菌少，培菌溫度不超過38℃，培菌時間22-28小時 (冬長夏短)：出箱感官是錢子有曲香，無餿、悶、酒氣、味稍甜微酸：全箱均勻，老嫩符合發酵的要求。
(5) 箱上常見病害的防治
培菌箱上常見的病害很多，主要是由於箱上的溫度過高過低、冷熱不均、雜菌侵入及水分含量的多少等原因。
①箱底培菌糟微生物繁殖不均勻
這主要是由於箱底稻殼潮溼或稻殼太薄，造成散熱快、溫度低。挽救辦法：在培菌糟出箱後，將底席洗淨曬乾，將箱底稻殼犁成行，使溼氣蒸發：或更換新鮮稻殼及增加箱底稻殼厚度，並將不好的培菌糟加少量曲粉，拌和均勻後，裝入發酵桶中心。
②硬殼、鍋巴、冷角、冷邊、冷子及底面板等部位的培菌糟的微生物繁殖生長及糖化不良，主要原因是收箱溫度過高，培菌槽在箱內敵涼時間長，箱面水分蒸發多：箱板漏風，草簾沒蓋嚴，箱底稻殼潮溼或太少，草簾潮溼或太薄：糧食未蒸好，不透心，不均勻：加蓋時間不恰當等。為避免上述病害，需及時加蓋箱席、草簾及調整箱底的稻殼厚度：在箱外部或內部的四周用熱糟保溫，或用熱糟撒在箱面上等：並將這些較差的培菌糟裝在發酵桶中心。
③誕沱沱
箱內有小團發生，使微生物生長不良，以致小團內仍有熟糧氣味和帶涎現象，主要是由於翻糧時未達到翻勻切細的要求及撒曲不勻。
④燒箱不下糊
培菌箱的溫度上升過高，在出箱時既無糖化現象，又無糊水，還有怪味，主要是因為收箱溫度過高，加蓋草簾過多過早，使細菌繁殖速度加快，黴菌及酵母菌的繁殖速度減慢，致使有酸臭味，情況嚴重時，黴菌不能生長，使糧食發硬，液化和糖化困難，因而不下糊。挽救辦法：出箱攤晾，迅速降溫：裝桶時再加部分曲粉，並適量加入淡酒尾，以抑制雜菌，利於發酵。
⑤快箱
培菌箱的溫度上升快，由於氣溫高，收箱溫度也高：收得厚又墊得厚：或加蓋草簾太快等，致使微生物繁殖快，培菌時間短，箱內有悶氣.
微生物生長的數量又不夠，造成發酵不良。挽救辦法：促使箱內迅速散熱.以緩和升溫速度，對培菌槽的攤晾時間適當延長。
⑥半截箱
出箱時，培菌糟的上半截幹、下半截溼，是因熟糧陽水太多進箱後陽水逐漸下墜所造成
⑦酸箱
夏季更易碰到攤晾操作時間過長、清潔衛生差而感染大量生酸菌的問題。因此，要認真搞好環境衛生：注意曲藥質量：利用夜間操作：嚴格控制箱溫、箱厚薄：注意陽水掌握。遇到酸箱時，應出嫩箱、裝緊桶、往桶(池)底潑酒尾(酒度約40度的熱酒尾)，以提高進桶溫度。
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