一、南京大學
南京大學的辦學前身是始建於1902年的三江師範學堂，之後歷經南京高等師範學校、國立第四中山大學、國立東南大學、國立中央大學等時期，其中在抗日戰爭時期遷至重慶辦學，之後於1950年正式更名為南京大學。南京大學是教育部直屬高校，首批入選211工程、985工程、2011計劃、珠峰計劃、111計劃等，為九校聯盟、環太平洋大學聯盟等重要成員。學校擁有物理學、化學、天文學、生物學等8個一級學科國家重點學科，其中大氣科學、地質學、哲學、物理學等15個學科入選世界一流學科建設學科，綜合實力穩居南京第一，穩居華東地區第一梯隊！
二、河海大學
河海大學的辦學前身是始建於1915年的河海工程專門學校，之後歷經併入國立第四中山大學時期、獨立建成華東水利學院時期，1985年正式更名為河海大學。河海大學是教育部直屬高校，由水利部、教育部等多方共建，入選211工程、985創新平臺、世界一流學科建設高校。學校擁有水利工程一級學科國家重點學科，其中水利工程、環境科學與工程入選世界一流學科建設學科，其在水利領域內的實力爆表，就專業水準與清華大學並駕齊驅，第三、第四次學科評估中的成績分別超過、持平於清華大學！
三、東南大學
東南大學是一所歷史悠久、底蘊深厚的大學。學校創建於1902年的三江師範學堂，後歷經兩江師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、國立中央大學等重要發展時期。1952年全國高校院系調整，學校文理等科遷出，以原國立中央大學工學院為主體，先後併入復旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學等校的有關係科，在國立中央大學本部原址建立了南京工學院。1988年5月，學校復更名為東南大學。2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通高等專科學校合併，南京地質學校併入，組建新的東南大學。在近120年的辦學歷程中，東南大學始終心懷天下、心繫祖國，為科學進步、民族復興而自強不息、追求卓越，逐步形成了“嚴謹、求實、團結、奮進”的優良校風和“以科學名世、以人才報國”的辦學理念，鑄就了“止於至善”的校訓精神。
四、南京航空航天大學
學校前身是1952年10月以511廠為基礎創建的南京航空工業專科學校，是中華人民共和國創辦的第一批航空高等院校之一；1978年，被國務院確定為全國重點大學；1981年，經國務院批准成為全國首批具有博士學位授予權的高校；2012年12月，工業和信息化部、中國民用航空局簽署協議共建南京航空航天大學。2018年12月，工業和信息化部、教育部、江蘇省共建南京航空航天大學。
五、南京理工大學
學校由創建於1953年的中國人民解放軍軍事工程學院（簡稱“哈軍工”）分建而成，經歷了炮兵工程學院、華東工程學院、華東工學院等發展階段，1993年更名為南京理工大學。
六、南京農業大學
學校前身可溯源至1902年三江師範學堂農業博物科和1914年金陵大學農科。1952年，全國高校院系調整時，原南京大學農學院和金陵大學農學院以及浙江大學農學院部分系科合併成立南京農學院。1972年，學校遷至揚州，與蘇北農學院合併成立江蘇農學院。1979年遷回南京，恢復南京農學院。1984年更名為南京農業大學，2000年由農業部整建制劃轉教育部管理。
七、南京師範大學
學校主源可追溯到1902年創辦的三江師範學堂，後歷經兩江優級師範學堂、南京高等師範學校、國立東南大學、國立第四中山大學、江蘇大學、國立中央大學、國立南京大學等時期；另一源頭為1888年創辦的匯文書院，後發展為私立金陵大學，1951年與私立金陵女子文理學院（曾稱私立金陵女子大學）合併，成立公立金陵大學。1952年全國高校院系調整，以原南京大學、金陵大學等有關院系為基礎，在原金陵女子大學校址組建南京師範學院。1984年更名為南京師範大學。2000年南京動力高等專科學校併入。
八、南京林業大學
學校前身為中央大學（創建於1902年）森林系和金陵大學（創建於1910年）森林系，1952年合併組建的南京林學院，是當時全國僅有的三所高等林業院校之一。1955年華中農學院林學系（武漢大學、南昌大學和湖北農學院森林系合併組成）併入，1972年更名為南京林產工業學院，1983年恢復南京林學院名稱，1985年更名為南京林業大學。
九、中國藥科大學
學校前身系創建於1936年國立藥學專科學校（本科四年制），是中國歷史上第一所由國家創辦的高等藥學學府。1952年，齊魯大學藥學系和東吳大學藥學專修科併入學校，成立華東藥學院。1955年開始招收研究生。1956年更名為南京藥學院。1986年與籌建中的南京中藥學院合併，成立中國藥科大學。2000年，學校由國家藥品監督管理局整體劃轉教育部管理。2001年，江蘇省藥科學校併入學校。學校與國家食品藥品監督管理總局藥品審評中心簽訂戰略合作協議 。南京市第一人民醫院為學校附屬醫院，南京市鼓樓醫院為學校臨床學院。
十、南京信息工程大學
學校始建於1960年，原隸屬中央（軍委）氣象局，前身為南京大學氣象學院，1963年獨立建校為南京氣象學院，1978年列入全國重點大學，2004年更名為南京信息工程大學。2007年以來，先後實現了江蘇省人民政府、中國氣象局、教育部、國家海洋局的多方共建。現為以江蘇省管理為主的中央與地方共建高校。
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