1644年，李自成攻陷北京，輔佐幼帝的攝政王多爾袞下令進軍山海關。接到派遣令的和碩親王豪格尚未出痘，抱怨道：（這）難道不是有意要置我於死地嗎！
入關那年，順治皇帝7歲。這位出生於關外、6歲登基的幼帝，自小已見眾多皇族親友被天花奪取性命。然而他一直未曾出痘，入關後又必須居住於天花流行的北京，於是他的一生不得不處於高度戒備中。
滿清入關之前就有的查痘制度，到進了北京城後，更為嚴苛。當時痘疹幾乎每歲必發，查痘的對象從八旗軍民擴及京城住民、出洋貿易者，以及來京外藩。
一旦發現症狀，即進行隔離，強行驅逐患痘居民遠離都城，或諭令未出痘外藩不必來京。
效法皇太極，順治也為自己在南苑和西苑各建了一處避痘所。但凡有一點風吹草動，便急忙奔往避痘所，這樣的情形僅正史有載的就有5次之多。
但天花卻總不放過他。1660年，順治最寵愛的董鄂妃感染天花死亡。三四個月後，又一場天花疫情在京城蔓延，深陷痛苦之中的順治竟然忘了出城避痘——這一點倒是與民間傳說中那個情深義重的年輕皇帝形象相符。
24歲的順治感染了天花。順治染上天花後，自知不起，召來他的親信大臣擬遺詔。1661年正月初七，順治詔令大赦天下。
半夜子時，終生避痘的順治因為天花而病逝。而他在臨終前，選定了自己的繼承人。
一位皇帝不幸因天花而斃命，另一位皇帝卻幸運地因天花而即位。在考慮繼承人的時候，順治帝比較喜歡次子福全，想立為儲君，而孝莊皇太后則堅持立第三子玄燁。
玄燁也是從小就跟天花打交道，在他剛剛出生不久，就被送到西華門外的避痘處（後改建為“福佑寺”）避痘。儘管層層設防，處處小心，不到兩歲的時候，玄燁還是染上了天花。
值得慶幸的是，在乳母孫氏的悉心照料下，玄燁終於從天花死神的魔掌中掙脫出來了，雖然在他的臉上留下了點點麻點。
立福全還是立玄燁？病中的順治帝決定派人去徵詢他一向敬重的德國傳教士湯若望的意見。結果，湯若望力主立玄燁為儲君，理由很簡單，但在此時卻無可辯駁——玄燁出過天花。
於是順治皇帝遺命，立不足8歲的愛新覺羅·玄燁繼承皇位。他就是清朝第一位“麻子皇帝”康熙。
清王朝立儲的考慮，實際與當時的中國民間觀念是相通的。在當時民間甚至有俗語說：“生了孩子只一半，出了天花才算全”——可見天花危害之嚴重，也可見，當時天花的危險，主要是針對於孩子。
有研究者估計，如果孩子得了天花，有三分之一的人活不下來，而活下來的，則都對天花有了免疫力。天花究竟殺死了多少中國人，至今沒有確切統計。但是，從世界的範圍來說，醫學史上的一個估計，是1.5億人。
其中，最著名也最典型的例證，發生在1519年。當時對天花大都已有抵抗力的西班牙人在征服美洲印第安人時，把天花帶到了這塊“新大陸”，令數千萬人口的印第安人幾乎滅絕，最終只剩下一兩百萬人。
天花在美洲大陸上肆虐，發生在清朝入關的125年前。看來，八旗官兵們對天花的抵抗力比印第安人強不到哪去。
順治皇帝的8子6女，因天花八歲前死亡者為皇子4人，皇女5人，超過半數以上。
八旗以外的漢族百姓同樣慘遭天花蹂躪。當時來華的西洋傳教士Dyer．Ball記錄了山西疫區的慘況：由於沒有有效的治療方法，50%～60%的感染者只能坐以待斃。
更可怕的是，氣候溫和的南方地區是天花病毒的溫床，漢人都視其為瘴癘之地，畏痘如虎的滿族人哪裡敢去統治？
康熙認識到，天花已經成為清朝統治的嚴重威脅，必須積極應對。康熙在太醫院下專門設痘診科，廣徵名醫，在北京城內設專門的“查痘章京”，負責八旗防痘事宜。他還興建了歷史上最有名的避痘所——承德避暑山莊，作為皇族幼童專門的庇護地。
康熙十七年，皇太子胤礽出痘，當時正值吳三桂等三藩叛亂的緊要時刻，但康熙為護理太子，竟然連續12天沒有批閱奏章。
太子出痘期間，候選知縣傅為格照料有功，被提升為武昌通判。兩年後他奉召進了京。這個傅為格，後來成了防治天花史冊上的一個關鍵人物。
傅為格懂得種痘之術——這正是當時一種先進的天花治療方法。這種起源於南方的民間種痘法，又叫吹鼻種痘法，最早起源於明朝隆慶年間，一般有兩種方式，一種叫旱苗法，一種叫水苗法。
所謂旱苗法，就是把天花患者的痘痂取下磨成細末，加冰片、樟腦吹入種痘者鼻中；水苗法則是把患者痘痂用人奶或水稀釋，植入種痘者鼻中。
種痘法使種痘者輕微染上天花症狀，然後出天花，再通過中醫精心護理，使他們安全經過天花期，種痘者就會對天花有了免疫力。
儘管這種種痘法並不能保證百分之百的成功，甚至可能導致病人死亡，但康熙仍然命傅為格在皇子們中開始了種痘試驗。
從此，皇子種痘防天花也作為制度正式確立下來。由於種痘，自康熙二十年以後出生的20位皇子有17位健康長大——而此前的15位皇子長大成年的僅有7位。
隨著種痘法在宮中的成功，康熙帝開始了大規模地推行天花預防工作，把它從宮中推廣到八旗百姓，直至漠南、漠北、蒙古大草原等北方邊境。
此後的一百多年，宮中很少再傳出關於天花的消息。滿族人四處避痘的倉皇日子暫告一段落。“戰痘”的成功，開創了清朝的鼎盛時代。
從1661年到1697年短短30多年，心無旁騖的康熙相繼平三藩、收臺灣、抗沙俄、平定噶爾丹，穩定了清王朝在中國的統治。
種痘法在中國的成功引起了外國的注意。那時，深受天花危害的並不僅僅是中國人，歐亞各國每年都有數百萬的人被天花奪走生命，行之有效的天花預防技術為世界各國渴求。
1688年，俄國醫生來北京學習種痘及檢痘法。18世紀，此法又由俄國傳至土耳其。英國駐土耳其大使夫人孟塔古1718年返英後，在國內大力提倡種痘，從此人痘接種在英國盛行起來。
人痘接種在世界各地的傳播拯救了數以千萬計的生命。但是，這種方法即使在最理想的醫療條件下，仍然會有2%的死亡率，嚴重的時候甚至會造成將近一半的種痘者死亡。
幼時也種過人痘的英國鄉村醫生詹納，偶然發現，牛也會得一種類似天花的“牛痘”，但病情會比人得天花平穩很多。而擠牛乳的婦女很容易傳染上牛痘，一旦得過牛痘後就不會再生天花。
詹納由此得到啟發，想到這可能是牛痘使他們對天花產生了抵抗力。1796年5月14日，詹納首次從正在患牛痘的擠奶女孩手上，沾了一些痘漿接種在一個8歲的未患天花的男孩手臂上。
6周後詹納特意給這個男孩接種天花痘漿，結果這個男孩安然無恙，證明他對天花有免疫力。比人痘法更加安全有效的牛痘接種法由此面世，並不斷完善。
約10年後，葡萄牙醫生哈威脫將牛痘疫苗從馬尼拉帶到澳門。此後，東印度公司的英國醫生亞歷山大·皮爾遜，又把牛痘疫苗由澳門帶到廣州。
從中國傳出去的人痘接種術，經過改良成為牛痘接種法，在世界轉了一個大圈子之後，又回到了它的故鄉——中國。
已經有人痘接種經驗的中國百姓對更安全經濟的牛痘接種法表現出空前歡迎的態度。許多地方官員也參與了牛痘接種的推廣，他們在許多地方成立了種痘局，為老百姓免費接種。
1815年，廣州成立種痘處。1828年，北京設立京都種痘局。牛痘接種迅速在中國大地上推廣開來。
但是，也許是由於某種奇怪的大國心態作祟，宮廷的御醫們對源自西方已在民間流行的牛痘接種法充耳不聞，仍舊抱著祖傳的人痘接種法為皇室貴族種痘。
另一方面，天花的威脅也已經大大降低，御醫們也因此日益懈怠。嘉慶以後，皇子種痘制度變得形同虛設。
咸豐帝在兩歲時，種痘險些失敗，雖經御醫精心調理保全性命，可在臉上卻留下了無法抹平的麻點，成了繼康熙之後的第二位“麻子皇帝”。
御醫們仍然無意、或者不敢改進已經落後的人痘接種。1874年10月30日，咸豐與慈禧唯一的親生兒子，19歲的同治皇帝被確診感染了天花。
面對同治越來越嚴重的病情，慈禧太后只會率領文武大臣，依照祖上傳下的規矩，在宮內外“供送痘神”。
同年12月5日，滿身瘡痍的同治皇帝在一片求神拜佛的喧囂中，悽慘地告別了人世。而他駕崩的養心殿，恰恰是113年前順治皇帝命喪天花的地方。
歷經兩次鴉片戰爭的清王朝，此時已是氣數將盡。
建國之初，一些西方人士曾經斷言，天花等瘟疫，是新中國難於解決的問題之一。1950年10月，新中國全面推廣牛痘接種。
經過11年的努力，1961年6月，中國最後一名天花病人胡小發痊癒出院。自此，天花在中國徹底滅跡。
1979年10月26日，聯合國世界衛生組織在內羅畢宣佈，全世界都已經消滅了天花病。此後，天花病毒只保留在8個實驗室中，供研究之用。
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