花魁小紫酱
纵观名侦探柯南，历时最长的一个推理就是，谁是黑衣组织的boss，根据柯南的部分剧情，本人作出以下猜想:
猜想一：阿笠博士
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
APTX—4869，一种会使人死亡的毒药，同时又是一种可以让人返老还童的秘药。返老还童这个人类究极的梦想我想黑暗组织的BOSS也不例外！按灰原哀所言这种药是自己发明的，并且能够使人缩小的现象也只有自己知道，但我不认同，能够成为琴酒的老板可想而知其人的心思缜密度和洞察力有多么强！而且这种人往往都有很大的疑心不会相信除自己之外的任何人,往往会时刻紧盯着组织里的任何人,或许这个现象BOSS也同样知道，但是APTX—4869这种药的危险度非常高而且或许还存在着潜伏的未知的强烈副作用！所以BOSS虽有还老还童之意却未敢服用！而工藤新一机缘巧合之下竟然变成了小孩，说白了就成为一个BOSS重要实验白老鼠，所以在其身边细细的观察其今后一段的反应就成了BOSS今后的动向，而有关自己性命的事我想BOSS会亲自行动，不会假手于人！
所以想想能够时刻紧盯着柯南，能够观察到他的一举一动会又可能是黑暗BOSS的人只有一个—阿笠博士！我怀疑他是BOSS还有一个原因，那就是他非常喜欢小孩这一点，这或许是他的性格所致，但还有可能这一点正折射出了他想返老还童的欲望！！
工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。 其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。 猜想二：黑羽盗一
在工藤新一NY事件中，我们得知有希子和贝尔摩德是在一个著名日本魔术师手下成为同门师姐妹，这个魔术师教会了她们化妆术，并多交了贝尔摩德一项技艺：变声。所以当沙朗（即贝）成功地化妆为警长替有希子解了围。
这样一个会变声的魔术师是谁？难道不是黑羽盗一吗？
这样一想，黑羽盗一便存在着许多嫌疑。
他是宠爱贝尔摩德的，否则不会只教给她变声术，却不教给有希子。
七个孩子的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。
从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
盗一一开始就很少正面出现，73也未明确盗一已死，只是失踪，另一部漫画《魔术快斗》里，说快斗的父亲是因为一个黑衣组织才销声匿迹，可能是他通过这个组织把自己隐藏起来，只是失踪了一样,大概在以后的剧情中会亮相吧.或者就是传说中那位先生(BOSS)..
猜想三：工藤优作
在《江户川柯南诱拐事件》中，我见到了柯南如此害怕的表情，那份恐惧不是来自死亡的威胁，而是他充分感受到对手强大的力量，平时那双充满自信和正义的眼神荡然无存，也是在那个时刻，我第一次看到了他的失败，他的眼神绝望而无奈。
他想用这种手段让新一知道现在的日本有多么危险，让儿子知难而退，而后又极力劝说儿子跟自己离开日本，此举不得不说很可疑。
工藤新一在TV1中 因为目睹黑衣人(伏特加)交易,没有注意到后面的Gin 被打晕过去 罐下APTX-4689.Gin 杀工藤新一的方式是给他吃组织实验中的药品,难道Gin能肯定这药一定能杀死新一,即使用枪会被还未离去的警察发现，难道就没有其他方法了吗?
311 同黑暗组织的接触(决死篇)中,Gin识破柯南的陷阱正在搜寻放陷阱的人(柯南).由于他们一排排找了,没找到,Gin就打开保险柜的箱子察看. Gin打开保险柜箱子,外面的光随着箱子门的打开 光已经照射到柯南的眼睛.换句话说!Gin已经看到柯南了(大家都知道一个常识我们眼睛看到的东西 其实都是光的反射 既然已经照射到柯南了 Gin也一定看到了 ) Gin说居然什么也没有? Gin有意放过柯南,因为柯南在组织的计划中.
311 同黑暗组织的接触(决死篇) 这是柯南冒充板仓先生去伏特加与交易. 这图的话说:进来这里的只有一个醉汉和一个小孩? 接上图:既然他们知道进来的是一个小孩(柯南)与一个醉汉.他们已经知道这些情报.当Gin搜寻的时候 就应该知道有个小孩子.还特意去打开保险柜箱子.说没看到,其实Gin已经看到了居然说没看到.有意放过?
早在第一集中新一就说过看这个人看这个人好像杀多少人都不在乎的样子，在之后的一系列行动中我们也的确发现了gin为人冷酷无情，杀人时没有丝毫犹豫，对知道组织秘密的人会毫不留情地灭口，即使对自己也能狠下心来。他的性格成熟、谨慎、果断，警觉性高，遇事冷静且疑心较重。同时他也是为数不多的带有文艺腔特征的杀手，其睿智程度绝非普通杀手所能达到。但是这样一个杀手，为什么会对新一这个对组织的存在造成极大威胁强势对手一再的手下留情呢？如果gin不是卧底的话，那只能说是接到了boss的命令，而工藤新一就是这位boss（工藤优作）的宝贝儿子。
因为知道儿子正义感强，又有超强的推理能力，留在日本会破坏自己的计划，而gin等我行我素的手下，在执行任务是也不可避免的会伤害到儿子，于是让他离开日本就是上策。
猜想四：Vodka
大家一定很好奇，就算一定要从组织的现有已知成员中选一个boss，也应该是gin或Vermouth这些具有领导才能和个人能力的人，Vodka虽然长得非常壮，但头脑简单，遇事没有主见，但完全服从Gin的话，想必在组织中地位并不高。做事稍嫌不细密，全听Gin的，称gin为“大哥”，各方面能力都远不及Gin，平时主要是Gin的司机。为什么这样一个人会可能是boss呢？
放下Vodka不说，我们先来分析gin。Gin擅长枪法，能短时间瞄准至少700码以外的人物(425黑暗冲击！被组织的魔爪触碰的瞬间)，推理能力极强；观察力、洞察力、随机应变能力等均超人一等，在组织成员中也有极高的威信，但他不是boss。因为在581 《红色的摇摆目标》中Vermouth最后骑着摩托出现在Gin的保时捷旁边，向Gin传达boss的命令，让gin放弃只杀最后一击的射杀赤井秀一计划，看到gin当时的表情，就可以断定boss另有其人。
那么会不会是Vermouth呢？虽然组织成员都称呼boss为那位先生，但是对于有着千面魔女之称的Vermouth来说，易容变声根本不是难事。但从345 《与黑暗组织正面对决满月之夜的双重推理》最后，Vermouth接到boss短信来看，她也不是boss。
纵观黑暗组织的其他成员可以看出，他们个个都不是盖的，Chianti和Korn都是出色的狙击手赤井秀一和水无怜奈也分别是FBI和CIA的卧底，宫野志保如果不是黑暗组织的成员，那她也一定能凭借APTX4869成为世界著名生物学家。而Vodka只懂得执行任物，一点知识和常识都没有，而且做事鲁莽，整天跟在琴酒屁股后面，像这样的人没被组织消灭还真是奇迹啊。虽然相比普通人来说是机警了一点，但必竟在一个那么恐怖的组织里混了那么多年，还有高智商的琴酒天天不辞辛苦的栽培，还混成这样。不得不说很可疑，多次差点破坏组织的计划，以gin的性格早把他做掉了，但他还一直混到现在，也只能推理这是boss的命令了。装成大智若愚的样子，混在组织成员中间，其实是在考验他们，让他们放松警惕，而Vodka就是boss
猜想五：青山也不知道呢
也许青山老师一开始就没想画这么多集，都是读者的需求啊，结果尤其是侦探题材的作品，内容越多漏洞也就越多，现在弄得自己也说不好boss是谁了，所以决定放长线钓大鱼，让读者们猜，要知道柯南迷们也都不是盖的，看了这么多集柯南，就算不是侦探也变成侦探了，何况不爱好推理的人，谁会看柯南啊，所以青山老师想听听画迷们的推理，谁的更和逻辑，继在情理之中又在意料之外，还能让其他人心服口服就用谁的，所以大家一定要开动脑筋，说不定你就是那个boss的发现者啊
猜想六：其他
工藤新一，毛利兰，毛利小五郎，铃木财团，吉田步美，kid等人也都有人猜，但都因为理由不足，可能性微乎其微。
至于日本首相和天皇以及美国恐怖组织，由于涉及政治问题，本人认为大概不会成为这部影响力大，波及面广又历时长久的经典漫画作品的大结局。
热爱动漫的飞
黑衣组织的最终目的是：
可能是开发某种药物，已达到使人永葆青春，或使时间倒流，死人复生的目的。
现尚不明确APTX4869是否就是此药物，因为琴酒本身是坚信APTX4869是杀人毒药，而且开发者宫野志保也曾打算用APTX4869自尽。
名言：We can be both of God and the Devil.Since we are trying to raise the dead against the stream of time. （我们既是上帝也是恶魔。因为我们要逆转时间的洪流，让死人复生）
委托他人（如板仓卓）开发一款用途不明系统软件。板仓卓透露，自己“为了全人类”而决定终止软件开发。
柯南大概就清楚了研究跨越时空的药物简单来说就是长生不老药或者返老还童药看看贝尔摩德，再看看柯南灰原领妹再看看大 boss.上个世纪的乌丸莲耶【不知道死没死】这种研究必然要花费大量金钱甚至非法实验。【活体实验之类的】所以黑衣组织对外大概是个敛财性质的。
我推测，出生在日本（在日本刚开国拥有一套真金打造的欧式建筑，极可能是定居），有欧洲（意大利）血统，与意大利黑手党有联系。乌丸从其父母那里获得包括A药（可能只是理论）在内的东西，便想研究出来（不可能只是A药），但是自己年事已高，便成立组织来继续研究，比期望研究成功来复活自己。贝姐则是希望用AI来代替，如果A药是唯一，贝姐不可能在不背叛组织下还阻止A药的研究，A药可能只是部分，而另外的部分才是关键。
主要是看A药的效果！！或者就是自己已经凉了
活绍动漫
很高兴能回答您的问题！
大家都知道《名侦探柯南》里面的黑衣组织是最大反派组织，尽管大家都知道这一点，但问题的关键是黑衣组织的幕后大BOSS却迟迟没有浮出水面，别看现在的琴酒等人蹦跶得挺欢的，可实际上琴酒等人始终都只是一个小一点的头目，那么，幕后大BOSS到底为什么迟迟不肯露面呢？
首先，我是不太愿意让最终BOSS浮出水面的，原因不是别的，就是一旦柯南的幕后BOSS浮出水面了，也就意味着柯南的剧情就差不多要说拜拜了，也就临近大结局了，对于我来说，我是有点舍不得的，尽管，我经常吐槽现在的柯南是动作片，已经没了推理的味了，可一旦要说分开了，真的有点不舍！
回过头来，为什么大BOSS不浮出水面的原因，可能跟青山老贼脱不了关系，前边我也说了，露出来了也就意味着大结局差不多了，柯南也就差不对了，青山这老贼不会不明白这样一个事情，所以，干脆一直就这么掖着藏着，这样的好处，自己又可以水很多剧情了，你说他会不会干了。
我曾经怀疑过柯南身边的人会不会是BOSS，比如说阿笠博士，在早前的时候，我对于自己的这个怀疑是深信不疑的，因为阿笠博士具备了黑衣组织BOSS的几个可能性，比如发明家的身份，知道柯南和小哀的身份，柯南的外挂装备，这些都是阿笠博士给的，由此，阿笠博士的嫌疑很大。
但转念一想，阿笠博士要是BOSS的话，傻乎乎在一个智商拉满、推理能力超强的人身边，难免会露出马脚，所以，基本不可能，所以，我后来又排除了这个可能性，不过，我后来又把目光瞄准了毛利小五郎，毕竟，小五郎看起来傻乎乎的，实际上的能力却能拉满，只是隐藏得极深而已。
但考虑到小五郎是一个有家室的人啊，剧中的设定就是一个极度看重家庭的人，这样的人，你让他坏，恐怕他也坏不起来，所以，他基本上是不可能是反派的，至于大BOSS是谁，恐怕还得等青山刚昌这老贼慢慢水剧情了，毕竟都水了1000多集了，再水个几百集，恐怕一点都不多吧！
温酒小先生
在最新一话的《名侦探柯南》动画版剧情中，正式揭晓了黑衣组织的幕后BOSS：黄昏别馆的主人、半个世纪前的大富豪乌丸莲耶，生前以收集世界上的艺术品为主要活动。而背了这么多年锅的阿笠博士、毛利小五郎也终于是可以洗刷冤屈了。
据了解，在这一话中，柯南和父亲工藤优作共同对案情进行推理。
工藤优作点出思路称，不要把羽田浩司被杀害现场留下的8个字母分开作为两个单词思考，而是将它们共同组成一个名字。这果然点醒了柯南，他又联系到此前犯罪嫌疑人临死前吐露出来的信息，很快就推出这个人的名字就是乌丸莲耶。
乌丸莲耶，可以说是《柯南》系列中十分神秘的一个角色了，在动画片中已经是第二次出现。
此前一次在单行本第30册中以名字和剪影形式登场，当时讲述的是黄昏别馆的故事。
40年前，以纪念乌丸莲耶逝世为由在别馆内举行一场大型拍卖会，邀请了世界各地的政界名流前来参加。拍卖的乌丸莲耶生前收集的珍贵艺术品多达300多件，因而拍卖会要持续进行3天。就在第二天晚上，别馆外风雨大作，突然有两名男子登门，以暴风雨迷路为由想要在别墅里避雨、求宿一晚。
主办人一开始并没有同意，之后两名男子递给主办人一包白色的“烟”，希望当做收容他们的谢礼。
这个主办人抽了一支后忽然精神大振，于是同意了请求并邀请他们进屋。屋内的其他人随后也在两名男子的劝诱下抽起了“烟”。过了没有不久，宾客们虽然仍然处于亢奋的喧闹之中，但是情况却发生了变化，有女宾客像是在哀求原谅似地不停哭泣；还有一个男人兴奋地拿起手上的钢笔不断地朝自己的手腕猛刺。
很快，屋内的宾客们开始争夺艺术品，并拿起会场里的刀剑等利器互相砍杀，整个会场顿时变成人间炼狱！一夜之后，会场上只留下八名死者和十多名昏睡的宾客，而那两名神秘男子连同会场上的艺术品都消失得无影无踪。
这就是黄昏别馆的故事。
除此之外，这40年间一直有消息说乌丸莲耶这个大富豪当时并没有去世，而是活过了百岁，直到20年前才真正死亡。
但是从现在来看，似乎并不是那么简单，而工藤优作也称其为全日本最强大的人，足见其可怕程度了。工藤优作还表示，柯南接下来要与整个黑衣组织对上，所以他跟柯南的母亲有希子会留在国内一起想对策，共同帮助柯南（工藤新一）。
柯南表现得也是十分兴奋，一副求之不得、战意满满的样子。
最终boss已经浮出水面，让人不由得更为期待接下来的剧情。
柯南与黑衣组织之间，胜负结果到底会是什么样子的呢？虽然这一切都还是未知数，不过对于整个《柯南》系列而言，既然黑衣组织boss出来了，那么离完结应该不远了吧。不少观众都表示，现在还不想让这部动漫完结，毕竟陪伴了自己20年。
事实上，早在去年8月时，青山刚昌就说他之前忙于柯南新剧场版《唐红的恋歌》《魔术怪盗快斗》《太阳的光晕》和1000话纪念文章，导致个人身体状况不好并被医生要求休息。 为了养病，青山刚昌宣布《名侦探柯南》将无限期休刊。
在休刊前的最后一话中出现了一个大爆炸点，柯南幕后大BOSS、黑色组织的领导者乌丸莲耶曝光，此番再在动画版剧情中出现，加重了粉丝对于漫画完结的悲伤感。
