近日，一名信息学的博士生将研究过程中所使用的工具进行了总结，希望对其他研究者有所助益。
环境
笔记本电脑用MacBook Pro，平板电脑用iPad Pro + Apple Pencil，另外，以接入Ubuntu外部服务器为前提。
阅读论文
在写论文之前，我会使用GoodNotes对每个研究主题或项目的论文进行总结。如果iPad和Mac同步使用，则可以根据终端的特点来使用。比如，iPad更适合边写边读论文，Mac更适合根据主题整理多篇论文。
使用Mendeley来管理我的论文。Mendeley本身的支持不怎么好，使用起来很麻烦，但仅需通过拖放就可将PDF和bib文件存入bib文件了。另外，从PDF文件中提取信息的准确性也很高。
写论文
在写论文的时候，我通常使用TeXPad，它在键入的同时可以进行排版。
随着合著者数量的增加，Overleaf使用起来也很方便。Overleaf有很多会议的模板，如果是日语原稿的话，使用Overleaf版会比较轻松。不过，在大型会议的截止日期之前，Overleaf有时会瘫痪，所以完全依赖Overleaf是很危险的。
我将同时使用Overleaf与Dropbox，用TeXPad编写Dropbox上的文件。这样就可以舒服地在Mac上写作了，并且可以让合著者检查最新版本。但是，如果共同作者也使用Overleaf进行编辑，那么，它将移至Overleaf以防覆盖。
另外，TeX的环境构筑通常很麻烦，使用TeXPad和Overleaf的话基本就不会有问题了。
编写代码
自从我进入研究生院以来，大多数编码都使用Python。PyCharm主要用作集成开发环境。它有很多功能，在插值和重构功能强大并且支持测试和调试。
当编写带有一个或两个文件的简单程序时，我也使用VSCode。VSCode还具有在远程服务器上编辑文件的功能，我曾使用过一段时间，但最终还是回到了rsync操作。
使用hydra 以 yaml总结实验设置。由因为能够记述汇总了多个yaml文件的设定，所以我觉得会减少设置的错误。
写“打开功能”标志，不要写“关闭功能”标志
写“打开功能”标志，不要写“关闭功能”标志，这样以后写设置会很容易。通常，你可能会遇到覆盖实验日志的问题，但是hydra很有用，因为它会将实验的输出收集到outputs下的良好目录中。
将Pytest用于测试，最好为可能出错的功能进行测试。
实验配置
由于实验室中有多个服务器可用，因此我们在Mac上进行开发，并使用rsync将开发资源库与当前可用的服务器同步。
但是不想同步删除实验日志，因此在.rsync_exclude中汇总了不希望被rsync处理的目录和文件。
使用conda和direnv为每个项目构建不同的虚拟环境。conda用于构建Python环境，direnv更改目录下的环境变量。例如，以下代码创建了一个名为envname的虚拟环境，而project_dir使用了envname环境。
在远程服务器上，可以使用tmux进行多个实验，以对终端进行划分。即使连接断开，处理也不会结束。
使用rclone下载大量数据集和备份权重等，并将其复制到实验室的Google Drive中。rclone可以使用rsync之类的命令与Google云端硬盘和Dropbox共享文件。
管理学
研究想法、Todo以及主管会议等文件均在Dropbox Paper中进行了汇总，能够显示数学公式、链接到其他文档、列出文档中的待办事项以及可由多人进行编辑，这非常方便。
原文链接：
https://note.com/moskomule/n/nce6af4cf88cd
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