2006年7月4日，55岁的拉蒙·卡尔德隆许诺引进卡卡、罗本、法布雷加斯等新生代巨星为口号，当选皇马新一任主席，随后把“金牌教练”卡佩罗再次请回皇马，随之而来的还有卡纳瓦罗、埃莫森等心腹球员。同时皇马买入范尼斯特鲁伊、迪亚拉等实力派球员。
卡尔德隆
2006/2007赛季，尽管做出了赛季中途清洗罗纳尔多、封杀贝克汉姆的举动，尽管球队踢法难看，尽管大半个赛季都落后于巴塞罗那，但被认为有九条命的卡佩罗最终不负所托，依靠主场2：0，客场3：3战平巴塞罗那建立起来的血性，范尼斯特鲁伊最终以25个进球夺取西甲联赛金靴，而替补出场的大罗也发挥出色，屡屡有进球进账。当然还有贝克汉姆，贝克汉姆的职业精神感动了卡佩罗，在连败比利亚雷亚尔和赫塔菲后，卡佩罗被迫解冻贝克汉姆，贝克汉姆不负众望在之后的比赛发挥出色，屡次救主。最终这艘星际巨舰连战连捷上演大逆转，艰难地再次捧得了联赛冠军。只可惜在最后一轮西甲中范尼斯特鲁伊由于受伤被换下，错失了和托蒂争夺欧洲金靴奖的机会，那个赛季托蒂在意甲打进26球。赛季结束后，贝克汉姆转战美国大联盟洛杉矶银河队，卡洛斯转会费内巴切队，银河战舰一期时代华丽谢幕。然而由于卡佩罗的足球哲学与西甲追求漂亮足球的踢法不相容，卡佩罗在率队夺冠后再次下台。
2007~2008赛季，德国人舒斯特尔出任主帅。走了罗纳尔多、贝克汉姆、卡洛斯等人，皇马买进了罗本、斯内德、德伦特、梅策尔德和佩佩。依靠上赛季打下来的坚实基础，上半赛季，皇马以16胜2平1负积50分，有史以来半程最高分纪录成为半程冠军。凭借着这个基础，皇马提前四轮成功卫冕西甲冠军。同时，皇马以总比分5：1双杀老对手巴塞罗那，并且在主场接受巴塞罗那列队欢迎冠军的仪式，而本场比赛皇马也4：1大胜巴塞罗那，巴塞罗那直到第86分钟才由亨利打进挽回颜面的一球。这是卡尔德隆当政两年半内最辉煌的时刻。
2008~2009赛季，卡尔德隆时代积攒下的矛盾如火山般爆发：主席、主帅更迭，夏季的引援失败，球队高层混乱，球员伤病不断。这个赛季皇马不仅四大皆空，还相相继被尤文、利物浦和巴萨双杀。联赛最后的五连败更是卡尔德隆乱政的直接后果。在安菲尔德的惨败延续了连续五年未能进入欧冠八强的尴尬纪录。在这个赛季，死敌巴塞罗那获得了三冠王。更让皇马球迷痛心的是，“小猪”施因斯泰格因为卡尔德隆而无法免费加盟。承诺的C罗、卡卡也没有兑现，最终卡尔德隆因暗中操纵选票的丑闻被迫下台。2009年1月16日，这是卡尔德隆作为皇马主席的最后一天。因为一系列无法解释的问题，卡尔德隆迫于舆论压力选择了辞职。卡尔德隆时代也随着2008/2009赛季的黯淡被永久尘封。
球队也从此离开了卡尔德隆统治的时代，重新进入到了弗洛伦蒂诺的掌权之下，继续奉行“巨星政策”，买来了C罗，厄齐尔，卡卡，本泽马，迪马利亚等众多巨星和世界上最好教练之一的穆里尼奥，三个赛季分别在国王杯、西甲、超级杯三个赛场打破巴萨的垄断，在联赛还以破纪录的百分夺冠。
西班牙豪门皇家马德里前主席弗洛伦蒂诺召开新闻发布会，正式宣布将参加2009年夏天的皇马主席大选。2006年离开之后，时隔1171天，“银河战舰”的缔造者出现在全世界球迷的面前宣布：他将参加6月14日举行的皇马俱乐部主席选举。
2009年6月1日，曾经的银河战舰的缔造者弗洛伦蒂诺·佩雷斯复辟成功，并致力于打造“银河战舰二代”。2009年的夏天，皇马斥资2.5亿欧元买入了十名球员。其中包括2006/2007年的欧冠最佳射手、金球奖得主、世界足球先生卡卡，2008年的欧冠最佳射手、金球奖得主、世界足球先生克里斯蒂亚诺·罗纳尔多，法国足球先生本泽马等等。但是，“银河战舰II”在第一年并没有取得弗洛伦蒂诺预想中的成功。拥有数位巨星的皇马并没有因此而一帆风顺，反而在前进过程中艰辛万分，在国王杯上爆冷；在西甲赛场上创纪录的96分依然屈居亚军；在欧冠赛场被里昂击沉。主帅佩莱格里尼黯然下课。
皇家马德里11/12赛季全家福
经历了平庸的佩莱格里尼，银河战舰开启“狂人时间”。随着穆里尼奥成为球队的主教练，厄齐尔，迪玛利亚等更具有实力的球员加盟，皇马逐渐恢复元气。在欧冠1/8决赛次回合中，主场对阵里昂，皇马六颗黄金弹头轮流冲击，3：0完胜里昂。银河战舰首次击破里昂魔咒的同时，也终结了6年不进欧冠八强的尴尬记录。此后皇马两回合总比分5：0横扫热刺，打破了2002年以来不胜英超球队的魔咒，在2011年4月21日凌晨的国王杯决赛中凭借C罗加时赛阶段的头球破门皇马1：0击败巴萨，2008年以来首胜国家德比，重夺国王杯。唯一的遗憾是皇马失去了联赛冠军的奖杯。
2011/2012赛季，穆里尼奥率皇家马德里将士卷土重来，联赛第6轮至第15轮，白衣军团豪取10连胜为32冠奠定基础，且从第7轮至第27轮，更打出了西甲客场10连胜的骄人战绩。在第35轮的比赛中，赫迪拉和C罗帮助皇马顽强在巴萨主场诺坎普客场拿到3分，大业基本告成。第36轮他们又3：0大胜毕尔巴鄂竞技，提前两轮登顶。而皇马从17轮到38轮保持一场不败。
皇马也创造了2011/2012赛季的最后两个纪录：以100分成为西甲历史上单赛季得分最高的球队；以121球成为西甲历史上单赛季进球最多的球队，超越了托沙克的皇马创造的107球的纪录。
2012年8月30日，皇家马德里队在西班牙超级杯两回合总比分4：4（客场2：3，主场2：1），客场进球多优势击败巴塞罗那，第9次夺得西班牙超级杯。
2013年5月21日，皇家马德里宣布穆里尼奥赛季结束后离开伯纳乌。
卡西举起皇马第十座欧冠奖杯
2013年6月5日“银河战舰之父”弗洛伦蒂诺再次不战而胜，连任主席成功；6月26日安切洛蒂代替穆里尼奥成为银河战舰的新船长，进一步改造第二代银河战舰。
2014年4月17日，2013/2014赛季西班牙国王杯决赛在梅斯塔利亚球场展开角逐，皇马第19次夺得国王杯冠军，5月25日，2013/2014赛季欧洲冠军联赛决赛在葡萄牙里斯本的光明球场举行，皇家马德里4比1战胜马竞，第10次获得欧洲冠军联赛冠军。 8月12日，皇马2-0击败塞维利亚，夺得欧洲超级杯冠军。
拉莫斯举起第十一座欧冠奖杯
2014年12月21日，皇马2-0击败圣洛伦索，夺得世界俱乐部杯冠军 。9月17日到12月21日，皇马豪取22连胜，创造连胜新的纪录 。
2015年6月3日，皇马官方宣布新任主帅贝尼特斯上任，合同签约3年。然而不到一年，2016年1月5日，皇马官方宣布战术大师贝尼特斯下课，齐达内将担任皇马的新主帅，齐达内是皇马史上第一位法国籍教练。5月29日，2015/16赛季欧冠决赛在意大利米兰的梅阿查球场举行，皇马常规时间内1-1战平马竞，点球大战5-3击败马竞。历史上第十一次获得欧洲冠军联赛冠军。
拉莫斯捧起第十二座欧冠奖杯
2016年8月10日，第41届欧洲超级杯在挪威特隆赫姆举行，皇马通过加时3比2击败塞维利亚，第三次夺得欧洲超级杯。2017年5月22日，皇马客场2-0完胜马拉加，夺得本赛季联赛冠军，这是皇马近5年来首个西甲冠军，俱乐部历史上第33次联赛捧杯。6月4日，皇家马德里4-1大胜尤文图斯，夺得本赛季欧洲冠军杯冠军，这是皇马近4年来第3个欧冠冠军，俱乐部历史上第12次欧冠冠军，也成为欧冠改制以来第一支成功卫冕欧冠冠军的球队。
2017年8月9日，2017年欧洲超级杯中，皇马2-1击败曼联，史上第4次获欧超杯冠军，也是1990年后头一支成功卫冕的冠军队。也是历史上第3支做到这点的球队 。8月17日，西班牙超级杯次回合，皇家马德里以2-0（首回合3-1），总比分5-1击败巴塞罗那夺冠，第10次捧杯。12月1日，皇家马德里入选2017年环球足球奖最佳俱乐部候选名单。12月17日，皇家马德里1:0小胜南美洲冠军格雷米奥，成史上首支蝉联世俱杯冠军的球队。
伟大的第十三冠 伟大的三连冠
2018年5月26日，皇马在欧冠决赛中3比1战胜利物浦，拿下了队史第十三座欧冠奖杯，同时也完成了改制之后首次三连冠的伟业，这也是皇马在近五年间的第四次夺冠。 5月31日，齐达内宣布辞去皇马主教练一职，急流勇退。 7月5日晚，皇家马德里俱乐部宣布奥德里奥索拉将正式加盟。 7月10日，皇马宣布C罗离队，1亿欧元转会尤文。至此，银河战舰二期度过了最辉煌的时光。
豪门秘史-皇家马德里篇，到此告一段落，期待银河战舰的再次起航！
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