除了行政区划和地理爱好者外，普通大众很少知道，在新疆目前还存在一个副省级的自治州。众所周知，自治州是地级市的，自治州下辖县级市和县，而地区是省级人民政府的派出机构，与地级市和自治州、盟平级。但是新疆维吾尔自治区的伊犁哈萨克自治州是全国唯一的既辖地区又直辖县市的副省级自治州，管辖塔城地区和阿勒泰地区，以及直辖2个县级市、7个县、1个自治县：伊宁市、奎屯市、伊宁县、察布查尔锡伯自治县、霍城县、巩留县、新源县、昭苏县、特克斯县、尼勒克县。伊犁哈萨克自治州行政级别的特殊性，反映在新疆维吾尔自治区下辖的伊犁哈萨克自治州不仅与新疆的其他自治州情况不同，而且也与全国其他省（区）的任何一个自治州情况不同。伊犁州是全国唯一的既管地区、又管县的自治州，在行政级别和机构设置上实际享受着副省级的待遇。但却没有任何正式的文件确定过伊犁州为副省级，为了解决这个问题，早在1988年3月28日召开的第七届全国人民代表大会上，新疆代表团31名代表联名提出在法律中明确规定伊犁州的行政地位。以下为七届全国人大民委对该议案给出的答复：
新疆31名代表提出的议案（议案第221号），要求在地方组织法和民族区域自治法等法律中明确规定新疆伊犁哈萨克自治州的行政地位。为此问题，我委派李贵副主任委员到新疆调查，并同新疆维吾尔自治区及伊犁哈萨克自治州党政机关领导同志共同研究协商。在北京，我们同国家民委、民政部以及中共中央统战部、组织部和全国人大法律委员会等单位的有关同志也共同进行了研究。
伊犁哈萨克自治州建立35年来，行政领导体制变过多次，但是管辖伊犁、塔城、阿勒泰3个地区的体制基本没有变。建国后，为了新疆的政治稳定考虑及曾经对“三区革命”领导人的承诺，党中央以这场“革命”为基础，将这三个地方融合，将原三区作为（伊犁、塔城、阿勒泰）一体，不做分开，以此为基础实行民族区域自治，将更有利于加强各民族的团结合作和促进三区经济、文化事业的发展。因此，中共中央新疆分局和新疆省人民政府报经中央批准，准备在伊、塔、阿三区建立相当于行署一级的伊犁哈萨克自治区。1953年4月，中共中央批准的《新疆省民族区域自治 实施计划草案》确定：以伊犁、塔城、阿勒泰3个专区建立以哈萨克为主的自治区，其行政地位相当于行政公署一级。1953年12月，经政务院批准成立伊犁哈萨克自治区，辖伊犁、塔城、阿山3个专区，属新疆省人民政府领导，行政地位相当于当时的行政公署一级。1954年11月，伊犁哈萨克自治区依宪法规定改为自治州，仍辖伊犁、塔城、阿勒泰3个专区。1984年9月，国务院又批文重申伊犁哈萨克自治州管辖伊犁、塔城、阿勒泰3个地区。
伊犁哈萨克自治州管辖3个专区，需要设立相应的专员公署，作为它的派出机关。为解决这个问题，1958年6月由全国人大常委会批准的《伊犁哈萨克自治州各级人民代表大会和各级人民委员会组织条例》曾明确规定：“自治州人民委员会在必要的时候，经新疆维吾尔自治区人民委员会报请国务院批准，可以设立若干专员公署，作为它的派出机关。”但是这个组织条例连同其它民族自治地方的同类条例已于1987年由全国人大常委会一并废除。1979年颁布、1986年修订的《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》只规定“省、自治区人民政府在必要的时候经国务院批准，可以设立若干派出机关”，对自治州则没有这样的规定；1984年颁布的民族区域自治法也没有自治州可以设派出机关的规定。这样，伊犁哈萨克自治州设立派出机关就没有法律根据了。因此我们认为在法律上应该解决伊犁哈萨克自治州可以设立派出机关的问题。但是，考虑到这是伊犁哈萨克自治州的特殊问题，地方组织法和民族区域自治法不便于解决这个特殊问题而作补充规定。建议在制定新疆维吾尔自治区自治条例和伊犁哈萨克自治州自治条例时作出规定：“伊犁哈萨克自治州人民政府经新疆维吾尔自治区人民政府报国务院批准，可以设立若干派出机关。”
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