戴笠是军统时代的掌舵者，而他的死也充满争议。1946年3月17日，戴笠乘坐飞机在飞往南京的时候，由于恰巧南京上空天气复杂，雷电交加，飞机只能转飞徐州，结果飞机撞上南京西郊的岱山，机毁人亡，这个空难在当时引起一片哗然和震惊，戴笠之死到底是空难还是另有其他原因，一直众说纷纭。
戴笠死后，蒋介石马上就对军统局进行改组，军统局公开的特务武装部分与国民政府军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长，1946年7月1日军统局改名为国防部保密局，郑介民兼任保密局局长，后由毛人凤接任。
戴笠之死标志着军统时代的结束，因他死后军统庞大的特务武装被剥离出去，后来的保密局已不复往日气象，不过鲜为人知的是，和军统连为一体的戴笠至死都是军统的副局长，他的陆军中将还是死后追授的，戴笠时代，军统名义上的局长有四任。
首任局长陈立夫
陈立夫
军统的全称是“国民政府军事委员会调查统计局”，这个机构成立于1937年底，下辖两个处，第一处负责党务，第二处则负责情报，到了1938年8月，机构进行了改革，第一处分离出去成了“国民党中央执行委员会调查统计局”，也就是“中统”，至此“军统”和“中统”正式成立，严格意义上的军统就是在1938年8月这次机构重组时正式成立的。
中统局长由国民党中央秘书长朱家骅兼任，徐恩曾任副局长；军统首任局长由陈立夫兼任，戴笠任副局长。
陈立夫的父亲陈其美是同盟会元老，还和蒋是结义兄弟，1916年陈其美遇刺身亡，蒋介石赶来抚尸大哭，孙中山也立即赶来，痛哭不已，手书“失我长城”四字，陈其美死后，蒋介石对陈立夫及他的哥哥陈果夫极为关照。
陈立夫历任蒋介石的机要秘书、国民党秘书长、教育部长、立法院副院长等要职，是蒋的嫡系心腹，他和陈果夫被称为“二陈”，陈立夫是首任“军统局”局长，一般而言历任军统局长都是名义上的虚衔，实权完全由副局长戴笠执掌，但是陈立夫在的时候应该不是，一来陈氏兄弟本来就不是善茬，二来对蒋介石而言对戴笠再信任也是比不上陈立夫的，在子侄辈中除了蒋经国外，蒋最信任的就是陈氏兄弟。
不过好在陈立夫很快就不再兼任军统局长了，戴笠终于可以放开手大展拳脚了。
陈立夫于2001年病逝，年101岁。
第二任局长贺耀祖
贺耀祖
戴笠名声不好资历也浅，仅仅是个黄埔六期生，所以陈果夫之后的军统局长由贺耀祖接任。
贺耀祖是湖南省宁乡人，早年毕业于日本陆军士官学校，他资历很深，是湘军元老，1923年就已经是湘军的第1师师长，后又参加了北伐，任国民革命军独立第2师师长，蒋介石一度对贺耀祖非常的信任，1930年5月任命他为徐州行营主任，第二年又让他当选为中国国民党中央执行委员，1938年2月又让中将军衔的贺耀祖加上将军衔，同年接任军统局局长一职，不过从贺耀祖开始军统局局长都是兼任职务，军统的大权由副局长戴笠所掌握，重要事情戴笠直接向蒋介石汇报，当然包括贺耀祖在内的历任局长也都对此心知肚明，对军统的事务并不多加过问。
贺耀组在1940年4月接替张治中任侍从室第一处主任，兼任军统局局长不变，这也成为之后的一个惯例，即侍从室第一处主任兼任军统局局长，侍从室第一处主任向来都是由蒋介石的亲信来担任的，可见当时蒋对其的信任。
贺耀祖对蒋的一些做法很不满，他坚决反对蒋介石的“攘外必先安内”政策，贺耀祖在1937年担任兰州行辕主任期间，释放了红四方面军刘瑞龙、魏传统等四人和关押在兰州监狱的一些政治犯，并电请蒋介石释放扣留在西安的红军战士，对此蒋很是不满。
1942年，一架给延安运送药品的苏联飞机没有得到放行的许可命令，被迫停靠在兰州机场。贺耀祖以待从室第一处主任身份电令兰州航空站放行。事后，蒋介石暴跳如雷，下令免去了贺耀祖待从室第一处主任的职务。
从此贺耀祖便被冷处理，，成为限制使用的对象，抗战胜利后，贺耀祖反对蒋介石发动内战，辞去一切职务，1949年8月，贺耀祖在香港与龙云、刘斐等44人联合发布起义通电，同年冬来到北京。
贺耀祖于1961年7月病逝，年73岁。
第三任局长林蔚
林蔚
1942年9月受蒋介石猜忌的贺耀祖被免去了待从室第一处主任，这一职务由林蔚接任。
林蔚是浙江黄岩人，毕业于陆军大学，是陈诚的“土木系”骨干，按照蒋介石的用人标准，林蔚完全属于可以放心使用的人，1938年4月，林蔚接替钱大钧担任待从室第一处主任，1939年调任军政部次长，后又任中国缅印马军事考察团任副团长，之后又接任贺耀祖第二次出任待从室第一处主任。
林蔚第二次在侍从室第一处任职的时间是1942年9月至1944年11月，之后由钱大钧接任。林蔚当时并未被直接任命兼任军统局军长，但是当时戴笠每年还是向其汇报工作，这也算是一种默认。
林蔚后来历任国防部第一次长、代理参谋总长等职务，国民党败逃台湾省后，他任“总统府战略顾问”，被晋升为二级陆军上将，1955年，病逝，年67岁。
第四任局长钱大钧
钱大钧是国民党元老，黄埔军校建校初期他就是教官，资历很老，1925年就已经是第一军（蒋介石兼军长）第一师（师长何应钦）少将副师长兼参谋长，北伐时期他历任北路军总指挥、第三十二军军长、第3师师长等职。
蒋介石将他的侍从室在1936年1月改组，钱大钧被任命为侍从室第一处主任，他也是该处的首任主任，他在1936年1月至1938年3月期间任职。
1938年，国民政府航空委员会改组，钱大钧任主任委员，他在任职期间发生了一件丑闻，钱大钧在分配一批航空特别费时，把这笔款项和几个高级官员瓜分，事情泄露后，蒋介石一怒之下将其撤职查办，不过老蒋为人只要是自己人犯再大的错处理方式向来是意思意思就行了，钱大钧后来又被起用，还做到了军政部政务次长，之后在1944年12月再次接任侍从室第一处主任。
抗战胜利后，钱大钧历任上海市长兼淞沪警备司令、重庆绥靖公署副主任、西南军政长官公署副长官等职务，后逃往台湾省，1982年病逝，年90岁。
结语
戴笠的军统局在他生前有四任局长，即陈立夫、贺耀祖、林蔚、钱大钧，陈立夫在军统、中统分家后旋即离任，贺耀祖、林蔚、钱大钧三人只是名义上的局长，戴笠只需要每年向他们述职一次即可，军统的实际掌舵者就是戴笠。
现在网上流传有一个误传说张治中和商震也兼任过军统局的局长，给出的原因是两人也当过侍从室第一处主任，张治中当侍从室第一处主任的时候，贺耀祖就已经兼任军统局局长了，1940年4月张的主任一职由贺接任，这个时候侍从室第一处主任兼任军统局局长才成为惯例，至于商震当侍从室第一处主任的时候恰逢侍从室改革，不久就撤消了，商震也没有兼任过军统局局长。
军统在戴笠死后就被蒋介石迅速改组，可以说戴笠死后就没有军统了，后来的郑介民、毛人凤一般都认为是保密局体系了，保密局虽然脱胎于军统，但是二者实力相差很大。
戴笠虽然掌握军统实权，但是由于上面一直有一个名义上的局长，所以戴笠不喜欢手下当面叫他的职务，戴局长也就渐渐没有人叫了，手下投其所好称其为“戴老板”。
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