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石河子大學的臨床醫學專業，目前具有非常強大的專業實力，已經啟動了石河子大學醫學院士工作站的建設。它的醫學院設有臨床醫學系，基礎醫學系，護理預防醫學系，病理學系，口腔學系，醫學檢驗系，醫學影像學系共8個系，開設臨床醫學，護理學，預防醫學，口腔醫學，醫學影像學醫學檢驗技術6個本科專業，其中國家級特色專業是臨床醫學專業。
學校的基礎醫學，臨床醫學，護理學三個學科設有一級學科碩士點，臨床醫學碩士，護理碩士和口腔醫學設施三種設施專業學位類別。擁有理學與病理生理學，生物化學與分子生物學，生理學，神經生物學，人體解剖與組織胚胎學，流行病與衛生統計學，社會醫學，衛生事業管理，免疫學，病原生物學，外科學，內科學，兒科學，老年科學，神經病學，精神病與精神衛生學，皮膚病與性病學，影像學與核醫學，臨床檢驗診斷學，婦產科學，眼科學，耳鼻喉科學，腫瘤學，康復醫學與理療學，急診醫學，麻醉學法，醫學，醫學生理學，醫學，分子生物學，運動醫學，臨床病理學，重症醫學，醫學社會學，醫學心理學全科醫學34個碩士學位授權點。
石河子大學的醫學類的研究生第一志願的考生要按照當年全國碩士研究生招生成績的基本要求，調劑考生初試成績符合第一志願報考專業，在調入地區的全國初試成績基本要求，具體的學科調劑分數線劃定了具體的規定，要求調劑考生的選擇，綜合考慮畢業院校，志願報考學校，考分擇優錄取，同等條件下優先考慮英語六級，執業醫師通過者，獲得各類國家級，省級競賽獎，發表論文學術的作者，總之是非常嚴格的，它堅持的原則是"按需招生，寧缺勿濫“。所以你必須要品學兼優，才能夠有錄取的可能，它的口腔醫學，公共衛生，護理三個專業還不接受調劑的學生，而且對外語的成績都有嚴格的規定。
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