《三國演義》在闡述華佗死因的時候，意圖非常明顯，就是為了加強曹操"多疑善變"這一形象，將華佗塑造成為一個無辜的受害者。但是根據《三國志》的記載，華佗的死因並非那麼簡單，華佗的死因有非常複雜的因素。在華佗為曹操治病期間，曹操多次作出了讓步，忍無可忍才將華佗殺死的。
華佗作為當時的神醫，他的醫術是不容置疑的，曹操親眼目睹了陳登之死，對於華佗的醫術，可以說他是完全信服的。但是華佗並沒有治好曹操的頭痛，這種長期困擾曹操的疾病經常復發，可以說，這一點引起了曹操的懷疑和不滿。
華佗是有政治傾向的，而且是偏向劉備那一方。《三國志》中記載的華佗是儒士出身，這種背景出身使得他的政治立場會倒向劉備一方。尤其是華佗在治療關羽時的態度，和治療曹操時的態度很不一樣。三番五次的復發，不置可否的回答，使得曹操認為華佗是在敷衍自己，這也是人之常情。
曹操第一次作出讓步是延請華佗作為自己的私人醫生，不再追問徹底治癒的事情。但是華佗卻拒絕了他，這使得曹操大為惱火，更加肯定華佗不想治好自己。《三國志·華佗傳》裡面記載，華佗雖然醫術高明，但是當時的社會地位相當低微，原因就是華佗屬於不入流的"方士"一類。
華佗拒絕曹操並非是風霜高潔，而是另有目的。《華佗傳》明確地記載了華佗曾經說"此近難濟，恆事攻治，可延歲月"，以此來向曹操討要官職。很明顯，華佗沒有把曹操的病放在心上，而是作為一樁生意。華佗明確表示了自己入仕的願望，多次表明自己選錯了職業，這一點與《三國演義》裡近乎道士的華佗形象出入很大。
曹操在這裡第二次作出了忍讓，隨後又作出了第三次忍讓。華佗在尋求官職無果後，欺騙曹操自己的妻子生病了，要趕緊回家。曹操心中已經明白了七八分，華佗這是藉機逃跑，但他仍舊讓華佗回去了，只不過留了個小心眼。果然，華佗欺騙了曹操，三次忍讓之後，曹操勃然大怒，將華佗關進了監獄。
可以說，華佗從一開始見到曹操到被關押，都是自己咎由自取，怪不得曹操。而華佗被殺，則是他過於高估了自己。華佗才給周泰、關羽等人治療外傷的時候，已經是石破天驚，讓當時的人難以相信。限於當時的認知條件，曹操在聽到華佗要給自己做開顱手術的時候，起疑心是很正常的。換句話說，華佗被殺，不能歸結為曹操多疑，而是曹操的正常反應。
華佗，一個有敵對勢力政治傾向的人，一個身份低微的江湖方士，一個三番兩次敷衍自己的人，一個以治病作為籌碼來獲取官職的人，一個公然欺騙自己的人， 曹操對他已經相當禮讓了。這樣的一個人居然要開自己的腦袋，換作是任何人都不能接受吧，更何況是飽受頭痛困擾的曹操，華佗死得著實不算冤枉。
可以說，是華佗的不知趣和傲慢自大害死了自己。曹操的再三忍讓，他完全沒有放在眼裡，繼續我行我素，這樣一個人物，對於識人無數的曹操來說，簡直不值一提。出於治病的迫切，曹操還是容忍了他，然而華佗過高地看重了自己的醫術，觸碰到了曹操的逆鱗。這樣的人，曹操不殺他，還等什麼？你要是曹操，你也會這麼做。
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