在上古時代，醫師就是巫師，差不多全世界各民族都是一樣。巫師運用他的法術，驅使鬼神，為人民解災、救難、治病。他們甚至能起死回生。所以，在古代，“巫醫”兩個字總是連在一起的。到後世，用藥物治病的醫道發明了，出現了不用巫術的醫師，於是“巫”與“醫”才分了家。
祝由科是巫師的後裔，他們的來源很古。東漢時，張道陵創立“道教”，其法術融合了一部分方術、巫術的內容。祝由之術是傳統道法的一個重要分支，祝由科是對祝由之術的一個統稱，源自祝由天醫十三科的說法。
“祝由”一說，從現存典籍來看，最早見於《黃帝內經》中的《素問》和《靈樞》。據這兩本書的描述和“祝由”一詞的本義，“祝”是指“祝禱”，多半是由“巫”來承擔的，因為“巫”和“祝”在古代基本上具有同樣內涵。“由”則指病因、病由。因此“祝由”就是根據病因之所在，用祝禱去治病的方法。
《素問》說它是一種“古之治病”的方法，是通過“移精變氣”的手段來達到其去除病因的目的。由此可知，“祝禱”只是人們可以目睹的表面形式，真正實質性的除病過程是在超越感觀以外的“移精變氣”中去進行的。
又據《靈樞》，祝由這種治病方法，自來就善治那種突如其來、既無外因又無內因的怪病。這種病一般人都歸於鬼神所為，因此由巫來祝禱就是理所當然的了。但歧伯認為，其中也有病邪留在體內“未發”，一旦病者心中情志波動，“血氣內亂”、正邪“兩氣相搏”而成病的。由於這種病的病因(物質結構)極其微細，“視之不見、聽而不聞”，因此就像鬼神引起的一樣。
當黃帝問為甚麼可以祝禱而治癒時，歧伯回答說，古代那些巫，由於知道各種疾病的剋制方法，又預先看到病是從哪裡來的，因此用祝禱來治療就能奏效。按《歷代職官表》所載，“祝由”治病的方法在周代至唐代以前的官方醫療機構中都沒有被提到，但是在唐代的“太醫署”中卻是四大科之一，只不過名字叫作“咒禁”，更加強調其“祝禱”的內涵以及禱詞的“咒語”性質。唐代的“太醫署”既是醫學教育機構，又是醫療單位，在編制上分為四科：醫科、針科、按摩科、咒禁科。每一科中設“博士”、“醫師”、“醫工”等，在當時的“咒禁科”中設有“咒禁博士”、“咒禁師”、“咒禁工”等。
元代以後醫事更加的分化，分為十三科，即；祝由科、大方脈科、小方脈科、雜脈科、風科、產科、眼科、口齒科、咽喉科、正骨科、金瘡腫科、針灸科、禁科（指使用禁方、禁藥和單方重劑治療病邪的方法），故民間有“中醫十三科，不識祝由科，別稱十三科之說”。
明代的最高醫療管理和教育機構是“太醫院”。太醫院中設有十三科：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、接骨、傷寒、咽喉、金鏃、按摩、祝由。因祝由科排在十三科之末，所以有“祝由十三科”之稱。到了清初，太醫院的科別設置減為十一科，祝由科被排斥出了太醫院。
由於祝由科和氣功治病有某些相同點：都不使用藥物；治病機制都不能用通常的醫學理論來解釋等等，因此也有些人便把它和氣功治病混同起來。
清朝人許叔平在《裡乘》卷三中說：“祝由氏治疾不用藥，唯以清水一碗，以手捏劍訣，敕勒書符水面，以飲病者，亦無不效。”《裡乘》中還說，“祝由氏為湖南辰州府人，故今辰州人，多擅此術，名曰‘祝由科’。為人治病，誓不受錢幣之謝，或酬以酒食既可。然擅此術者雖多，而真得秘傳者甚少，如得真傳者，實有起死回生之功”。
故事一：
有一篇趙海濤先生寫的《祝由科的邪門邪術》，報告他對祝由科的親身所見與體驗，文筆雖不免有些傳奇性，卻不失其真實性。趙海濤先生這樣寫的：
小時候，我們家住在江蘇常州禮嘉橋。禮嘉橋是個僅有百餘家鋪面的小鎮，瀕運河支流北岸。每隔半年，準有一位光頭，穿長袍布鞋的祝由科郎中出現。每次來就住在我們家隔壁的一小客棧裡。清早起身，先在院子裡焚香燒紙，膜拜天地，然後再開始街邊擺地攤。
這位祝由郎中就坐在一張小破書桌後面，悠遊自得地搖著摺扇，大吹法螺。破書桌上面，擺著幾本不知名的藥書和幾疊黃裱紙。每本書都是破舊不堪，字跡模糊難辨。
如有人身上長瘤、長皰、長瘡，不論部位在哪一處，他從不叫患者揭開衣服來詳細檢視。只是以手指在患部大約估量一下尺寸，然後用黃裱紙剪一人形，吐把口沫，往門板上一貼。用毛筆在紙人上之相同部位畫一圓圈，取銀針一枚，輕輕插進那圓圈裡，只聽得患者大喊一聲“哎喲”，血水與黃濃立刻自患部流了出來。這時，他趁機拿一副膏藥賣給患者，讓患者自行貼上，沒幾天就好了。
鎮上有家豆腐店小孩子，約有七、八歲，面黃飢瘦，腹脹如鼓。找了很多醫生看，服了不少的藥，都不見效。最後孩子的母親，以“不防試試”的心情，將他牽到這位祝由郎中跟前。
祝由郎中將孩子眼皮翻翻，在大肚皮上略略一按，然後對他的母親大聲說：“快拿馬桶來！”“什麼”他母親有點莫名其妙：“拿馬桶來派啥用場？”這時圍觀的人，也都是轟然大笑。祝由郎中不再說話，照樣用黃裱紙剪個人形，貼在門上，拿起銀針往紙人腹部一戮。不一會，只見那孩子雙眉緊皺，兩手棒著肚皮直嚷痛，他母親見狀，趕緊將他挽著回家，剛走到豆腐店門口，那孩子“樸”的放個響屁，接著一股黃水，像陣瀑布似的從肛門裡瀉了出來，流滿一地，臭不可聞，從此腹脹也就霍然而愈。
我那時頭上長有瘌痢，每天放學回家，總愛擠在那位祝由郎中的攤子跟前看熱鬧。他一看見我，就用扇子指著我，陰陽怪氣的笑著說：“XX瘌痢頭，趕快向我求。若要瘌痢好，給我嗑個頭。”氣的我轉身就跑。
有一次，他拉著我說：“你拿一枚銅板給我，變個把戲給你看，銅板仍舊還給你，不要磕頭，瘌痢也會好。”
於是我當著眾人，疑信參半的掏了一枚銅元給他，他將銅元用一張黃裱紙包起來，放在我的右腳下面，要我踩著。一邊用摺扇輕敲著我的腦袋，一邊輕聲念那四句話：“XX瘌痢頭，趕快向我求。若要瘌痢好，給我磕個頭。”
唸完叫我鬆開腳，撿起紙包打開一看，銅元沒有了，只有很小一包黃色藥粉。
“把藥粉拿回去泡一杯水，抹在瘌痢上。”他說。
“銅板呢？”我說。
“銅板在你家後院的一棵桃樹下面，趕快回去撿！”他說著把我推出了人群。
我拿著藥粉跑回去一看，果然在桃樹下面拾到了那枚銅元。而頭上的瘌痢塗了藥粉以後，不到幾天就漸漸好了。
故事二：
在一本筆記類的書籍中看到過一篇小標題就叫“祝由科”的短文：
民國初年，作者認識一位教會醫院的院長，是個德國醫生。這人從德國來到中國行醫治病，同時宣揚基督教。一天，作者去看望這個院長，院長說他自己病得很厲害，要回德國去做手術，以後能不能再來中國都很難說了。
作者問他得了什麼病？他說背上長了一個巨大的癤瘡，中間已經開始潰爛，手頭的針和藥都沒有效果，必須回國做手術，再拖下去怕潰爛感染就保不住這條命了。
作者說我們中國人治療瘡癤之類的小病，有的是辦法呀，你要不要試試。這個德國院長本來是不相信中醫的，事到如今也只好拜託作者為他找個中醫來看看，作者就給他找了一個祝由來看病。
怎麼看呢？讓這個德國人對著一顆樹面東閉目而站，醫師拿毛筆蘸了硃砂在樹上畫一個圈。然後站在德國人背後，嘴裡唸唸有詞，一邊唸叨一邊拿硃砂筆在那個癤瘡上畫圈，越畫越小，最後畫到中心用筆一點，嘴裡再念叨幾句說聲“好了”。
結果神奇的事情發生了：德國人說背不痛了，作者上前查看那個大癤瘡已經不見了，只留了一點痕跡。德國人摸著背納悶地問：大癤瘡哪裡去了？醫師說：你們往樹上看。這時候再看樹上那個硃砂畫的圈裡，原來平整的樹皮硬是鼓起一個包來，形狀與德國人背上原來的大癤瘡幾乎一模一樣，中間也是發黑的。可以想象到那個德國人的驚訝程度。
作者在文章最後寫到：這是他所知道的中西醫對抗中，中國祝由科的一次偉大勝利。
故事三：
王亭之先生對祝由科感興趣，是由於有一家姓鄔的街坊，是番禺富戶，他們家有一位小姐，生來駝背，後來曾一度為祝由科治好。後來這家人的十五少爺，恰恰與王亭之做同班同學，彼此來住甚密，聽他的敘述，便更知道事情的始末。
他親眼看著姊姊治駝背。祝由科醫生來到，啟壇畫符唸咒一番，然後在大廳正中擺放一個“豬腰盤”──這種盤，上四十歲的人一定見過，用鋅鐵製造，給小孩子洗身，就用這種盤。
祝由科在盤內放下一隻田雞，吩咐主人家往盤內添上一寸水，然後在盤邊放一矮凳，那就是廣府人稱為“凳仔”那一種。
擺設完畢，又在盤內燒一張符，便教人帶那女孩出來，站在矮凳上。吩咐主人家，他一邊唸咒燒符，一邊要叫女孩自動跳下盤內，不得推她。當時主人家見他準備一大疊符，心想，就這麼一跳就完事了，要這麼一疊符幹嗎？
誰知，那女孩子一站上矮凳，往盤中一望，就硬是不肯跳。女孩已經七八歲，照道理，就這一尺不到的高度，跳下去應該沒有甚麼可怕。全家人拼命鼓勵她，她不跳就是不跳，眼見祝由科手上的符，已經燒了大半疊，眾人不由得心焦。那祝由科半閉著眼睛唸咒，也念得滿頭大汗。
就在這時，那祝由科便大喝一聲了。
駝背女孩忽地臉色慘白，隨即尖叫，人卻已掉下盤中去了。眾人才鬆一口氣，皆大歡喜。
祝由科又往盤中燒符，不住唸咒，良久事畢，吩咐主人家就用這個盤替女孩沖涼。可是，由於那女孩子的緣份不夠，因此她必須終身不得吃田雞，如若不然，駝背會復發。
說來奇怪，女孩經此一跳，慢慢就覺得她的脊骨長直了。一家人自然非常歡喜。
可是，他們是富戶，講究不時不食，每到田雞肥美之時，自然享受田雞食制，番禺人特別喜歡生滾田雞粥，那時種田不下農藥，田雞便特別鮮美。
他們家孩子多，便不懂忌諱，吃田雞必嘖嘖稱好，那女孩只好聽著，幹流口水。她到底是女孩子心性，不知厲害，便老是纏著媽媽，要試一試田雞的滋味。
如是捱了兩年，又到田雞當造的季節了，那母親畢竟心軟，有一次，就在田雞腿上撕下小小一塊肉，放在那女孩嘴中，讓她嗒嗒味道。誰知這樣一來，就闖出大禍。那女孩背骨，從此便愈長愈曲，過得一年，駝得比從前還要厲害。再去找那祝由科時，祝由科拒絕再醫治。
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