現代醫學源於斯賓塞等的實證主義，將哲學的任務歸結為現象研究，以現象論觀點為出發點，拒絕通過理性把握感覺材料，認為通過對現象的歸納就可以得到科學定律。
古代中西醫都是源於經驗主義和古老的宗教下的巫術，說白了就是在對世界完全未知的情況下，用一套自以為能解釋的理論去解釋萬物，比方說四元素理論，五行八卦，各種神魔等。
傳統中西醫都是在不斷嘗試後將嘗試結果納入自己建立的體系的一種表現。人類有解釋一切的傾向，從小就喜歡為什麼？對於解釋不了的東西就會創建一個虛擬的東西去解釋，比方古代用龍等解釋雨，用五行解釋人體，現代用外星人解釋生命起源和UFO，用神解釋起源。某種程度上這些都是哲學。
科學源於哲學但並不同於哲學，區別是哲學不可證偽，科學可證偽。科學要求任何理論在任何人同樣條件下可重複驗證，所謂大樣本雙盲對照實驗就是繼續可證偽的原因，在不清楚藥理的條件下，通過大數據對照去驗證藥理是否存在。傳統中西醫和宗教一樣都不可證偽，因為對想象出來含糊的說法，不管怎樣都能解釋，這和算命的沒有本質區別，科學需要有的清晰的概念描述在哲學中是不存在的。
隨著對萬物理解的，一旦科學進入解釋了原來哲學解釋的領域，哲學就從中退出。不管是對下雨等自然界的解釋還是後來對宇宙的解釋，同樣是下雨，土著人還會相信神產生了雨，而對於我們則是覺得可笑。兩者交集就是那些不完全瞭解的領域中，比方說醫學。傳統中西醫通過經驗主義是能總結出一些正確的結果的，不管是中醫，藏醫，還是西醫都有，但是其背後的解釋卻是錯的，而且始終認為其理論體系是從一開始就是絕對正確，就好像排他的堅持只有自己神存在的那些人，這就叫原教旨主義。
試圖去說服這些人相信科學和傳統醫學對立是不可能的，因為目前對人體的不能深入瞭解，其實某種意義上大家都是通過自己臆想在對人體做出解釋，只是現代醫學有實證要求基礎比較紮實，但是大樣本雙盲對照本身就是源於對真正機理的不瞭解的基礎上，試圖用外部黑盒測試方法在不瞭解的情況下去實際使用和歸納結論。
恰恰相信中醫的人由於有經驗藥方的可用性和民族主義情緒的影響拒絕認為現代醫學的正確，因為確實現代醫學本身由於技術原因就不能徹底解釋所有人體現象。只有徹底瞭解人體才可能讓傳統中醫徹底消失，就好像現在沒有人相信下雨是有神明灑水一樣。
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