孵化率高低受到内部因素和外部因素的共同影响。内部因素是指种蛋自身品质，主要由遗传和饲养管理因素决定：外部因素是指种蛋保存的环境和孵化条件。影响孵化率的因素除了孵化过程中造成胚胎死亡的原因外，还有以下一些因素：
(1)遗传因素物种、品种、品系均会影响种蛋的孵化效果。通常体形较小的品种(系)孵化率比体形大的品种(系)高；体形较接近的品种(系)杂交所产种蛋孵化率要比体形差异大的品种(系)杂交所产种蛋孵化率高。
(2)年龄初产期间种蛋孵化率低一些，随着产蛋量逐步上升，孵化率也在提升，产蛋高峰期间所产种蛋孵化率最高，随后孵化率又开始呈下降趋势。
(3)营养水平胚胎的生长发育所需养分均由种蛋供应，而种蛋的养分是种鸭将日粮中的营养物质分解、吸收、转化而成。一旦日粮中某种营养成分缺乏，就会导致胚胎无力破壳、体弱、先天性营养不足而使死胎明显增加。如维生素A缺乏可以引起蛋黄颜色变浅、死胎多、生长迟缓、肾及其他器官有盐沉积、眼部肿胀、雏鸭出现眼病、胚胎无力破壳或破壳出不来；维生素B:缺乏可引起营养不良、胚胎体小、颈弯曲、绒毛卷缩、脑膜水肿，出壳雏鸭侏儒体形、绒毛卷曲、脚麻痹、趾弯曲(鹰爪)等；维生素D缺乏可引起胚胎营养不良、皮肤水肿、肝脏脂肪浸润、肾脏肥大而出现死亡，胚胎出雏时间拖延，初生雏软弱：钙缺乏时，蛋壳薄而易碎，蛋白稀薄，雏鸭骨骼小且易畸形，颈部水肿，腹部突出。
(4)管理水平 种鸭舍的环境状况与孵化率有关，若通风不良、温湿度高，种蛋收集不及时等都会导致种蛋较胜，影响孵化率。因此，必须科学管理，为种鸭提供良好的环境条件。
(5)种鸭的健康状况种鸭的健康状况 直接影响种蛋的质量，如果种鸭患有疾病，会导致蛋品质严重下降，孵化率降低。在产蛋期间给子种鸭疫苗接种也会影响种蛋的品质。
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