清朝平定阿古柏，不僅僅是和叛軍作戰的問題，在戰爭的同時，和英俄兩國的政治經濟激烈角逐也異常激烈，
雖然英俄兩國在南疆攫取利益方面有競爭，但在企圖保存阿古柏政權，分裂中國這一點上的看法高度一致。他們共同向清政府施加壓力，企圖維持阿古柏的統治。可以說，清朝能夠收復新疆、收復伊犁，在近代史上是十分不易的，左帥、曾紀澤及其他將士的貢獻功不可沒。
19世紀中後期，清朝面臨嚴重的邊境危機
戰爭的過程，可以分4個階段：
一是戰爭準備階段：1875年2月28日，清政府授左宗棠欽差大臣督辦新疆軍務，籌備戰爭的進度大大加快，左宗棠準備了1年後，清軍開始進疆；
二是收復北疆：1876年4月13日令劉錦堂率清軍主力從出師肅州到進軍北路，歷時兩個月。6月29日收復烏魯木齊，9月21日，收復瑪納斯，北路全部收復。修整6個月之後，清軍繼續南進；
三是收復天山南麓：1877年4月14日，劉錦堂率清軍從烏魯木齊出發，越天山向南進軍。3月7日，攻克達坂城，13日攻克吐魯番，23日，攻克托克遜城，清軍收復吐魯番後，修整4個月；
四收復南疆：1877年8月，劉錦堂率清軍從托克遜繼續向南進攻。先後收復庫爾勒、阿克蘇、喀什噶爾等南疆地區。
綜上，收復新疆之役持續了1年半時間，作戰準備共用了11個月，而實際征戰時間不到6個月。古牧地之戰歷時6天，達坂城之戰歷時4天，吐魯番之戰歷時15天。南疆西四城克復後，為防止敵人逃竄,，清軍深人人跡罕至之地，在全體將士的努力下，取得非凡的戰績。
收復新疆全過程
北疆攻勢
隨著清軍主力陸續進駐新疆，打響了收復烏魯木齊的戰役。當時清軍在新疆有92營兵力，約4.6萬人。兵力部署是哈密1萬人，巴里坤1萬人，古城2.6萬人。此外，清軍在甘肅有4萬到4.5萬人的駐軍，隨時可增援新疆。這些駐軍主要是負責後方的防務，新疆前敵將領們完全不用管哈密與巴里坤以東的交通線，能夠集中全部精力向西作戰。
1876年6月1日，劉錦堂率所部各營進抵濟木薩，與金順協商，協同作戰，共同西進。沿途各要隘，均派營駐守，確保後路安全。當時的敵我勢力情況是：防守北疆是投降阿古柏的馬人得、白彥虎和馬明等人，兵力約2萬人，分守古牧地、烏魯木齊、昌吉、呼圖壁、瑪納斯等地，其主力6000餘人防衛烏魯木齊東北角的古牧地，企圖以天山為依託，以烏魯木齊為中心，以古牧地為外衛，阻止清軍西進。
清軍由劉錦堂、金順率領約3萬人，擬首攻古牧地，再取烏魯木齊，爾後，劉錦棠部防守烏魯木齊，準備對付阿軍可能的反撲；派出金順部向西取昌吉、呼圖壁、瑪納斯，肅清殘敵。
北疆從陝甘地區來的回民軍和維吾爾軍之間矛盾很深，雙方在防守問題上發生爭執。前期，雙方曾因糧食問題而內訌。維吾爾軍擁有大量從清軍手中搶來的糧食，陝回要求分糧，遭到拒絕。維吾爾軍在伊犁仗著自己人數多，在巴彥岱打敗並屠殺了大部分陝回。1867年2月，500名陝回來到伊犁地區祝賀當地反抗清軍取得勝利，由於擔心有詐，500名陝回被全部殺害，無一倖免。5月，2000陝回前來複仇，一半被消滅。這種內訌從來沒停止，也給清軍提供了機會。
劉錦堂克復烏魯木齊等地後，瑪納斯北城“逆目”餘小虎，己於六月底先後翻山鼠竄南路，瑪納斯南城土回頭目黑寶財於七月一日向南逃竄，餘敵踞城死守。官軍屢次猛攻，均未得手，且有傷亡。劉錦堂派譚拔萃、羅長祜、董福祥等率步兵6營，馬隊5旗前往助攻。
二十九日夜，方春從關廂內挖掘地道埋設炸藥，九月一日，將城牆轟塌兩丈餘。清軍同時釋放開花大炮，將為元帥韓刑膿擊斃。九月初二、十二日雙方又進行激戰。十六、十七等日，守敵乘夜越壕，被清軍擊退。十九日夜，“賊眾”約3000人突出西門，老幼婦女居中，悍黨持槍械排隊夾護，清軍發起進攻，將城內及逸出之賊擊斃，老幼婦女全部釋放。當日，瑪納斯城克復。
瑪納斯的陷落成了傳遍中亞細亞一帶的一個沉重打擊，消息傳來，所有中國土耳其斯坦和準噶爾地區的人民無不驚惶萬狀。
水草肥美的瑪納斯
此時北疆西部的伊犁地區還被俄國佔據，是先收復伊犁還是先收復南疆？1876年8月17日，清軍收復古牧地，18日收復烏魯木齊，11月6日收復瑪納斯。不到90天的時間內，收復北疆大部，北疆只剩下伊犁地區被俄佔據。很多人認為，應該要求俄國人歸還伊犁。
左宗棠清醒的認識到俄國人不會輕易放棄伊犁，應收復南疆後在商談伊犁。實際也是如此，俄國認為“歸併這個被視為東方強大的堡壘的、肥沃的伊犁地區，將對我們有很多好處，而且對中國形成一種威脅”。
經過權衡，清政府決定暫緩進軍伊犁，全力向南進攻阿古柏。瑪納斯戰役結束後，正值大雪封山，冰凌凝結，不便行軍，清軍統帥劉錦堂也患病，加上後勤供給不足，清軍將向南路進軍的時間定在來年春天。
天山攻勢
天山攻勢指的是清軍南下進攻天山腳下的吐魯番地區。當地主要六個城市：吐魯番、闢展（今鄯善縣）、魯克沁（今鄯善縣西）、七克騰木、托克遜（今托克遜縣）、哈拉和卓（今吐魯番東）。
天山腳下的大好河山
雖然北疆逐步被清軍收復，但阿古柏主力沒有遭到大的損失，力量不容小覷。首先，阿古柏得到列強的支持。1872年6月，俄國同阿古柏簽訂商約五條，公開支持阿古柏。同年阿古柏同土耳其蘇丹達成秘密諒解，獲得步槍3000枝，大炮30門，土耳其派3名軍事教官負責阿古柏的步、騎、炮兵的訓練。
1874年12月，英國同阿古柏簽訂商約，正式承認阿古柏合法性。英國為阿古柏提供的武器有幾百枝斯奈德式後膛槍，扣扳機的恩菲爾德式來復槍，手槍和幾挺機關槍。同時，阿古柏加強了防禦力量。命令其次子海古拉在吐魯番修建堅固的堡壘，在托克遜又新建兩城互為犄角，派精幹力量守衛。後來將兩城移到達坂新城兩山之間，城牆高厚，被譽為“黑虎城”，由大通哈愛伊德爾呼裡率重兵據守。阿古柏本人自擁重兵在嘻喇沙爾策應。
天山攻勢中，清軍執行了左宗棠制定的“三路並進”的作戰方案。劉錦棠部為北路，烏魯木齊南下進攻達坂城；張耀部為東路，哈密出發，向鹽池推進;徐佔彪部為東北路，巴里坤出發，過木壘河，越天山南下，在鹽池同張曜部會師後，合攻吐魯番。最後三路清軍5萬餘人合擊阿古柏政權的心臟--托克遜。
1877年3月1日，劉錦堂率馬步各營及開花炮隊從烏魯木齊出發，越過天山向南進軍。
阿古柏在托克遜駐紮4000騎兵和2000步兵，大炮5尊，在進攻托克遜的路上，劉錦堂接到托克遜維吾爾群眾報告：安集延入侵者見達坂城失守，大小頭目無一漏網，驚懼不已，急於逃竄；白彥虎四處搶掠，脅迫當地維吾爾民眾隨同奔逃，報信的維吾爾群眾向官軍哭泣，請求官軍迅速救援。並稱，清軍所遣免死回目馳歸，宣佈官軍威德，回眾無復疑懼，倶延頸以待官軍。
官軍迅速追擊，一路追殺，快到托克遜城時，敵人舉火自焚存糧、火藥，棄城而逃。二十三日，收復托克遜城，解救被裹挾當地群眾兩萬餘人，擊斃敵人約四百人。
阿古柏在吐魯番部署3500名騎兵和5000步兵，20尊炮，絕大多數是陳舊武器。進攻吐魯番的清軍也很順利。十三日，譚拔萃、羅長祜等抵達吐魯番，當時張曜、徐佔彪兩軍同日從東路趕到，兩路夾擊，將吐魯番滿、漢兩城克復，守軍統領阿奇木伯克馬投降。
南疆攻勢
南疆是阿古柏軍隊主力所在，兵種主要有沙爾巴茲（步兵）、託普奇（炮兵）、吉杰特（騎兵）三種，還有一種抬槍部隊，武器是火繩槍，每杆槍有4人操作。除了這些正規軍外，還成立由農民組成的民團。阿古柏軍的武器是：步兵使用火槍，騎兵使用火槍和腰刀，內地來的陝甘回民使用長矛。
阿古柏兵力部署：各卡倫1500人，達坂城900人、火炮2門，吐魯番稱吉杰特3500人、沙爾巴茲5000人、團練10000人，托克遜城吉杰特4000人、沙爾巴茲2000人、大炮5門，葉爾羌城共4000人，和田3000人。各地兵力合計約35000名士兵和10000名團練。
達坂、吐魯番之役結束後，清軍考慮到各種困難，沒有立刻向南繼續進攻。主要因為路途遙遠，籌糧不便。吐魯番距離喀喇沙爾1020裡，托克遜距離180裡，沿途產糧不多，需要裹糧而行。又值青黃不接，採購運輸都很困難，進軍南疆還需要準備一段時間。
1877年7月，劉錦堂率兵從托克遜繼續向南推進。進軍喀喇沙爾的部隊分兩支：二十七日，餘虎恩、黃萬鵬率馬步十四營，取道烏沙塔拉，傍博斯騰淖爾西行，出庫爾勒之背，是奇兵；二十八日，劉錦堂率領隊從大路向開都河進發，為正兵。為了阻擋清軍，白彥虎將開都河掘開，河水氾濫，闊百餘里，深的地方滅頂，淺的也到馬背。清軍只有堵河架橋，才緩慢通過。九月初一日，劉錦堂入喀喇沙爾城，城內水深數尺，官署民舍蕩然無存，所有當地維吾爾民眾都被裹挾走。在當地蒙古民族的協助下，初三日，渡過哈爾哈阿滿溝。當天，餘虎恩從小路趕到庫爾勒，發現是一座空城，人煙全無，而行糧已磬，後路轉運車駝未到，軍中斷糧。
劉錦堂令軍士覓掘窖糧，得數十萬斤。東四城喀拉沙爾、庫車、阿克蘇、烏什克復後，劉錦堂原計劃，十月初五日開始，通過一系列戰爭，將東四城收復。十一日，將庫車以南堅持抵抗清軍的沙雅兒收復。突然收到南路情報：一是和闐伯克呢牙斯聽說官軍西進，率領其部攻打葉爾羌，後被阿古柏長子伯克胡裡從嘻什噶爾帶5000士兵打敗，和闐失守。二是原換防官軍何布雲等報告，急求反正。眼看清軍節節勝利，原投降清軍的嘻什守軍將領何步雲率500士兵將喀什噶爾漢城佔據，向清軍求援。
關於西四城，劉錦堂原計劃先取葉爾羌、次規喀什噶爾、英吉沙爾、和闐。但看到喀什噶爾兵民反正，已經佔據漢城，機不可失。則令兵分兩路：一路是餘虎恩率領步兵三營，騎兵一隊，桂錫楨馬隊一營一旗，從阿克蘇取道巴爾楚克、瑪納巴什進軍，是正兵；黃萬鵬等人從烏什取道布魯特，是奇兵。十一月十三日收復喀什噶爾。十七日，收復葉爾羌。二十日，收復英吉沙爾。二十九日收復和闐。至此，除了俄國佔領的伊犁地區外，清廷將新疆全境收復。
英、俄、土勢力的介入
俄國對伊犁的侵佔圖謀己久。1853年12月，俄國外交大臣通告西伯利亞總督：由於太平天國運動興起，中國西部各省免不了發生騷亂，其結果不僅喀什噶爾，就連伊犁地區從中國分離出來，也不是不可能的。
19世紀中期以後，英國和俄國在中亞展開激烈的爭奪，英國企圖控制新疆，獲取除了從東南侵略中國以外的通道，俄羅斯也想吞併新疆，擴大自己的領土，進一步蠶食中國，兩個帝國主義國家矛盾重重，但兩個國家在保存扶持阿古柏政權，利用“哲德沙爾國”將新疆從分裂出去的思路卻是高度一致。此外，當時的土耳其也對阿古柏進行了扶持。
英俄兩國爭相拉攏阿古柏政權，企圖從新疆獲取各種利益。首先，是經濟方面的利益。1866年，英印政府通過克什米爾土王做媒介，同阿古桕發生了最早的接觸，此後英國對南疆的貿易額迅速增長，據英印官方統計，1864-1866年共約10萬盧比，1867年升至55萬盧比，1868年達104萬盧比，其中不少是武器和軍火，用以支持阿古柏的軍事擴張。
英國認為南疆是一個非常廣闊，幾乎具有無限潛力的市場；其次，打通了進入中國的陸路通道。當時幾乎所有同中國的陸路交通中斷了，這對印度茶葉打入中亞市場是個天賜良機。英屬印度對南疆的貿易額到1873年升至177萬盧比。
阿古柏也極力討好英國，經過雙方多次密謀協商，1874年2月，英國福塞斯使團代表英國政府與阿古柏簽定《英阿條約》，規定英國“在需要的時候，能夠有充分的權利進行外交干涉”。此後，英國的武器、生產武器的設備、工匠源源不斷地從印度輸送到阿古柏管轄區，僅1874年一次交易中就有兩萬多支滑膛槍。
俄國認為侵佔伊犁可以獲得大量利益。1866年，俄國眼見新疆局勢混亂，清政府在新疆的統治基本瓦解，就企圖佔據伊犁。1871年5月，俄國以“保護邊界”為名，進攻伊犁地區。7月4日，俄國強行侵佔伊犁地區。
此外，俄國認為，新疆的混亂局勢對俄國是件好事。1872年6月，阿古柏與沙俄訂立了《俄阿通商條約》。
1876年6月，清軍平定阿古柏的戰爭在北路進展順利，俄國總參謀部的另一位軍官普爾熱瓦爾到南疆給阿古柏打氣，為他提供防禦清軍的策略。同時，以庫羅帕特金為首的俄國官方代表團也到了嘻什噶爾，企圖同阿古柏談判，在其垮臺前，獲取更大的利益。
此外，1873年奧斯曼土耳其帝國的蘇丹賜封阿古柏為“艾彌爾”（教主），承認阿古柏是新疆地區的統治者，並送來大批軍火，派教官幫助阿古柏訓練軍隊。
艱難的《中俄伊犁條約》
新疆伊犁
英國、俄國為了保存阿古柏勢力，做了大量工作，也有一些中國人被其花言巧語所蠱惑，如當時的駐英國大使郭嵩燾上奏清政府說，應乘英國“調處之機，妥立章程，為保境息民主計”，再則用兵新疆，“窮兵縻費”，轉不如“捐數城之地”予阿古柏“立國自存”，清朝反而可以利用其兵力平定南、北疆。並使沙俄認為清軍收復新疆永遠不會到來，企圖長期霸佔我國伊犁地區的美夢徹底幻滅。
當時，俄國不相信中國能消滅阿古柏，侵佔伊犁地區後，曾虛偽的表示“久佔之意，只以中國回亂朱靖，代為收復，權宜派兵駐守，俟關內外肅清，烏魯木齊、瑪納斯各城克復之後，即當交還”。
中國取得平定阿古柏戰爭勝利之後，向俄國提出收復伊犁地區，俄國卻一再推遲，在清政府的緊逼下，最後，俄國威逼利誘清政府的代表崇厚簽訂了喪權辱國的《裡瓦幾內條約》。規定中國賠償俄國佔領費500萬盧布（合銀280萬兩），並割讓伊犁地區及霍爾果斯河流域一萬九千餘平方公里的土地。
消息傳出，全國譁然，紛紛要求懲辦崇厚、武力收復伊犁。有志之士認為，“有必戰之心，然後戰無不勝，有必勝之勢，然後事無不成。反中國積弱之弊，消俄人蠶食之謀，懾外洋覬覦之心，振志士奮發之氣，未嘗不在此舉也。”
張之洞也認為此事關係重大，“不改此議，不可為國”。左宗棠指示前線將士，做好武力收復伊犁的準備。俄國在中國的壓力面前，同意重新談判。1880年2月，曾紀澤作為駐俄公使，赴俄交涉。經過6個月的談判，曾紀澤不為俄國的恐嚇所動，於1881年2月24日簽訂了《中俄伊犁條約》，最大限度地為中國挽回損失。當時西方的外交官曾說：“中國逼使俄國做了她從沒有做過的事，那就是吐出了她已經吞進的土地。”
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