在人类历史上，瘟疫是一种十分重大的自然灾害，几乎各个民族都受到过瘟疫的侵害。我国历史上有记录的瘟疫也是多不胜数，而明代更是瘟疫危害比较严重的时期。根据一些统计数据，明代共发生瘟疫187次，整体呈现一个上升的趋势，在明末，瘟疫灾害则达到了顶点。
在这种背景下，促使当时的人们积极摸索救治瘟疫的方法，并形成了一些比较有特色的瘟疫救治思想，其中对瘟疫救治理论贡献最突出的就是吴有性了。
吴有性画像
吴有性，字又可，是明末江苏吴县人，是"瘟疫学派"的创始人。1642年，崇祯15年，全国瘟疫横行，南北直隶、山东、浙江等地发生瘟疫。吴有性亲历了每次疫情，积累了丰富的资料，根据治疗经验，撰写了《瘟疫论》一书，对疫病提出了许多新的认识，开创了我国传染病学研究的先河。
当然，古人的认知程度有限，不能与现代的认知水平和医学体系相比，但是作为几百年前的古人，对待瘟疫的一些看法和经验还是值得推崇的，我们不能一概而论的认为古人只懂得迷信而不知道一些科学的方法。
瘟疫论
《瘟疫论》中将瘟疫的病源归结为"戾气"，因为古人是无法认识到病毒这种看不见的存在的，所以无非是个名字而已。关于瘟疫的传染途径，《瘟疫论》认为有两个"邪之所著，有天受，有传染"，所谓天受就是指通过自然界的空气感染，而所谓传染就是指通过接触患者而被感染。此外，《瘟疫论》还认为，戾气感染人体后，只是具备了使人致病的可能性，但被感染者不一定都发病，即使发病也不全是马上发作，这是因为戾气的感染量和被感染者的身体状况不同所决定的。身体健康，就能虽受感染而不发病或者晚发病，只有戾气过于强大或者人体衰弱的时候才容易发病。书中是这么说的"凡人口鼻之气通乎天气。本气充盈，邪不易入。本气适逢亏欠，呼吸之间，外邪因而乘之。昔有三人冒雾早行，空腹者死，饮酒者病，饱食者不病，疫邪所著又何异耶！若其年气来之厉，不论强弱，正气稍衰者，触之即病，则又不拘于此矣。其感之深者，中而即发，感之浅者，邪不胜正，未能顿发，或遇饥饱劳碌，优思气怒，正气被伤，邪气始得张溢"。由此看来，《瘟疫论》中对瘟疫的认识还是很准确的。
补注瘟疫论
而关于瘟疫的种类和发病的不同，《瘟疫论》中也有描述"是气也，其来无时，其着无方，众人有触之者，各随其气而为诸病焉。其为病也，或时众人发颐，或时众人头面浮肿，俗名为大头瘟是也；或时众人咽痛，或时声哑，俗名为虾蟆瘟是也；或时众人疟疾，或为痹气，或为痘疮，或为斑疹，或为疮疥疔瘇，或时众人目赤肿痛，或时众人呕血暴下，俗名为瓜瓤瘟，探头瘟是也；或时众人瘿痎，俗名为疙瘩瘟是也。为病种种难以枚举，大约病偏于一方，延门合户，众人相同者，皆时行之气，即杂气为病也。为病种种，是知气之不一也。盖当时适有某气专入某脏腑、某经络，专发为某病，故众人之病相同。"总的说来，就是认为戾气有不同的种类，所侵犯的脏器部位不同所引起的疾病各有不同。
温病患者
《瘟疫论》还认为，使人和禽兽致病的戾气是互不相同的，使各种禽兽致病的戾气也是互有区别的，其原话是这样的"至于无形之气偏中于动物者，如牛瘟、羊瘟、鸡瘟、鸭瘟，岂但人疫而己哉！然牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异也。"这种观点在古代来说是正确的，但是到了现代，一些变异病毒的出现，不同物种间也有发生传染的可能性了。例如近年来出现的禽流感，也会使人感染，并且具有致命性。
发斑战汗
《瘟疫论》中还总结了一些治疗瘟疫的原则，比较重要的有三点：及早治疗、因人因病制宜和抓住发病的原因。关于及早治疗和因人因病制宜原则，《瘟疫论》中是这么说的"大凡客邪贵乎早遂。乘人气血未乱，肌肉未消，津液未耗，病人不至危殆，投剂不至掣肘，愈后亦易平复。欲为万全之策者，不过知邪之所在，早拔去病根为要耳。但要量人之虚实，度邪之轻重，察病之缓急，揣邪气离膜原之多寡，然后药不空投，投药无太过不及之弊"。而关于抓住发病的原因的原则，《瘟疫论》中说"今时疫首尾一于为热，独不言清热者，是知因邪而发热，但能治其邪，不治其热，而热自己。夫邪之与热，犹形影相依，形亡而影未有独存者"。
温病学派
总体上来看，《瘟疫论》对瘟疫的论述已经是十分全面的，虽然从认识上还存在着一些局限性，但这是300多年前的时代，以那个时代背景来看，这已经说明当时对传染病的认识达到了一个新的阶段，而且对后世的影像也是非常大的。其创立的瘟疫学说系统的论证了温热病学，并形成了独立体系，对我国古代医学做出了突出的贡献。
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