1949年上海解放後，上海市軍事管制委員會接管上海市立吳淞水產專科學校。1951年學校更名為上海水產專科學校，教學管理機構也相應發生一些變化，增設輔導室、生產實習指導室和3個實驗室。此時教務處管轄註冊組、課務組、教學檢查組、體育組、輔導組、圖書館、生產實習指導室、化學實驗室、生物實驗室、漁撈航海室、漁具實驗室和製造工廠。1952年開始學習蘇聯高校辦學經驗，大學教學科研的基層單位由學院改為系，系按學科劃分．在系下設專業或課程教研組(室)，教研組為由一門或由數門性質相近課程的任課教師共同組成的最基本的教學組織，是教學科研的基層組織。
1952年上海水產學院成立後，隨著學校教育事業的發展，校級教學管理組織和各系教學組織均有較大的發展變化。1952年學校第一次院務會議上討論《上海水產學院院章》。根據擬定的學院院章。學校採取院長負責制，主持學院的教學、科研工作，下屬教務處設正、副教務長。全院設置海洋漁業、養殖生物、水產加工3個系和海洋漁業研究室，以及圖書館、體育組、政治課和基礎課等教學科研單位，這些教學科研組織根據院長授權，在教務處直接管轄下進行工作，學校還設有9個系屬教學小組。1954年學校將教學小組改為教研組，設有捕撈、航海、水產加工、水產養殖、水生生物、化學、數理、機械、政治、俄文、體育11個教研組。
1955年制訂的《上海水產學院各級機構的任務與職責》明確：教務處負責學院的教學與研究工作，下設教務科(包括出版組)、註冊科，各系、研究室、圖書館仍受教務處的領導。1957年經院長辦公會議決定，將教務處下設的職能機構調整成教務科、學生科、生產實習科、教材供應科4個科。同年12月又決定將教務處所屬的4個科撤併成教學科和教材供應科。隨著學校教學規模和師資人數的擴大，1958年全校教研組從1956年的15個發展到20個。到1966年全校教研組有進一步發展，達到27個。1972年學校遷廈門後，行政管理及辦事機構設置為：院辦公室、政治處、教務處、總務處等，在基層
教學組織管理上先後設五系一部兩室，即海洋漁業系、水產加工系、水產養殖系、漁業機械化系、造船系和基礎部、馬列主義教研室及魚類研究室，基礎部下有數學、物理、力學、外語、體育和漁業經濟教研室。學校1979年從廈門遷回上海辦學後，設置水產養殖、海洋漁業、水產加工、漁業機械4個系。1982年根據學校教育發展及專業設置，將原漁業機械化系與海洋漁業系合併成海洋漁業系。1984年在漁業經濟教研室的基礎上．成立漁業經濟與管理系。
原上海水產大學校徽
1985年學校教學管理體制經改革調整，學生管理(學生科)、實驗室管理(設備科)、研究生教育(研究生科)等部分職能從教務處分離。校級教學管理機構除教務處外，還設立研究生辦公室、實驗設備管理辦公室等、全校系(部)調整發展為四系(水產養殖系、海洋漁業系、水產加工系和漁業經濟與管理系)、一部(基礎部)、兩室(馬列主義教研室、德育教研室)。
從20世紀80年代後期開始，為適應學校管理體制和教學改革的需要，全校教學管理機構陸續進行調整。1988年海洋漁業系更名為漁業工程系，水產加工系更名為食品科學技術系．在馬列主義教研室基礎上成立社會科學部。1989年全校設置水產養殖、漁業工程、食品科學技術、漁業經濟管理、基礎部、社會科學部四系二部，教務處下屬管理部門調整為教務科、教材科、職教科、電教室。
1993年7月經農業部批准，全校教學管理機構進行較大調整。教務處和學生處合併成立教學辦公室，原來的水產養殖、漁業工程、食品科學技術等三系改為學院．全校設置漁業學院、食品學院、工程技術學院、成人教育學院、經濟貿易系、外語系、基礎部和社科部等四院二系二部。同年秋，海洋漁業專業和漁業資源與漁政管理專業劃歸漁業學院；冷凍冷藏工程專業劃歸工程技術學院。
1995年經濟貿易系與外語教研室合併，成立國際經濟貿易學院，海洋漁業專業和漁業資源與漁政管理專業劃歸工程技術學院，冷凍冷藏工程專業劃歸食品學院。當年學校教學辦公室在體制改革中撤銷後，恢復設置教務處，下設辦公室、教學研究室、教務科和考試中心。原教務處下屬的電教室劃歸新成立的校信息中心。
為加強學校計算機學科建設和人才培養，1996年學校與聯想計算機集團簽訂聯合辦學協議，成立聯想計算機學院。1997年在原社科部、基礎部、德育教研室以及經貿學院的英語系、日語系基礎上成立人文與基礎科學學院。同年國際經濟貿易學院更名為經濟貿易學院。1998年學校終止與聯想集團公司的聯合辦學後．原聯想計算機學院更名為計算機學院。
1999年學校與上海水產集團、上海水產學校聯合成立高等職業技術學院。2000年學校在原工程技術學院的基礎上，依託學科辦學特色和學科優勢．組建成立海洋學院。這是上海第一家以培養海洋高級人才、發展海洋科技為主的專業學院。屆時學校院(系)設置發展為漁業、海洋、食品、經濟貿易、計算機、人文與基礎科學、成人教育、高等職業技術8個學院。2001年學校在上海南匯科教園區設立學海路校區。為探索兩校區辦學條件下的教學管理運行機制和管理模式，在學海路校區曾實施“121工程”三級教學管理體制改革試點，即實行一年級學生統一由人文與基礎學院管理，二、三年級進入專業學院主要學習專業基礎課程和專業課程，四年級進入學院研究室、實驗室。主要參加實踐教學訓練。
為借鑑國外先進的辦學經驗，學校積極推進中外合作辦學。2001年與澳大利亞塔斯馬尼亞大學合辦信息管理與信息系統(環境信息系統)專業的申請．獲得上海市教委批准。2002年與塔斯馬尼亞大學、上海愛達投資管理公司聯合成立上海水產大學愛恩學院，作為中外合作辦學的實體。
2003年學校決定將人文與基礎科學學院的數學、物理教研室和原計算機學院合併，組建信息學院，同時將人文與基礎學院更名為人文學院。為適應教育國際化的發展。學校於2005年組建成立國際文化交流學院。
2006年學校院(系)又有較大調整，英語系、日語系、大學英語教學部從人文學院分離出，組建成立外國語學院；在原海洋學院機電工程系和工程基礎系的基礎上，組建成立工程學院。同年原經濟貿易學院更名為經濟管理學院。通過這些調整發展，當年學校形成生命、海洋、食品、經管、信息、工程、人文、外語、高職、成教、愛恩、國際文化交流12個學院；學校教務處下設機構調整為行政管理辦公室、教學運行管理辦公室、註冊中心、考試管理辦公室、實踐教學管理辦公室、教學研究與質量管理辦公室。隨著學校學科專業和辦學規模的發展，學校基層教學組織有新的發展。到2006年全校各學院基層教學組織達50個。根據各學院學科專業設置及師資配備，這些基層教學組織設置及其名稱有所不同，有的按學科專業或課程設置教研室，有的按學科專業設置系。2006年各學院基層教學組織情況：生命科學與技術學院、海洋科學學院、食品學院、工程學院、信息學院、經濟管理學院、人文學院、外國語學院
2008年學校搬遷到滬城環路校區．結合教學管理新型體系的建設和遠郊辦學的特點．在學生事務中心設立教務、學生、招生就業、財務等部門為一體的面向學生的一站式服務。教務處下設機構調整改名為綜合行政辦公室、教學運行、教學考試、教學實踐、教學評估和教學研究中心5箇中心。到2010年學校初步確立遠郊條件下新校區本科教學新秩序和教學運行新模式。
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