聖德太子的一系列改革，雖然取得了一定的成效，但沒能從根本上動搖日本奴隸制基礎，所以沒能徹底地解決社會危機。在他死後，隨著守舊派重掌大局，國內各方面矛盾進一步激化。
首先是部民的反抗鬥爭日益高漲。部民是日本奴隸制社會的主要生產力，他們辛勤耕作，支撐起整個國家機器的運轉，但氏姓貴族們卻視之為草芥，任意驅使他們參與戰爭、營造宮苑和寺廟陵墓等，結果一連幾年農業歉收，導致百姓饑饉，災情四起。在這種情況下，統治者依舊過著肉林酒池的奢靡生活，但部民因為沒有食物，不得不食草根，甚至出現了小孩含著媽媽的乳頭死去的悲慘畫面。於是，不堪忍受的部民紛紛逃亡，甚至聚集山林，以打家劫舍為生。
其次是統治階級土地兼併鬥爭不斷。部民的逃亡和鬥爭使社會生產進一步停滯，氏姓貴族們的土地無人耕作，於是他們想出一個新的辦法，那就是租佃制。他們把自己大片的土地分塊出租給百姓，然後收取地租，這種新的勞作方法重新調動起了人們的勞動積極性，貴族們的收入得以大增。於是受利慾驅使，貴族們展開了一場空前的爭奪土地的鬥爭，有勢者甚至還把國家的土地佔為己有。這樣，氏族與氏族之間氏族與皇族之間的矛盾就不可避免地激化了。
面對日益加重的社會危機，再對比聖德太子之前一系列改革初見的成效，越來越多的人認識到日本社會想要繼續發展，就必須徹底地廢除舊有的落後制度，重新建立起新的社會法則，改革的思想逐漸深入人心。而恰在此時，聖德太子派往中國留學的日本留學生回來了，他們帶來了中國大唐先進的政治經濟制度和思想文化，為日本的改革提了可學習的典範。
改革已是箭在弦上，不得不發，所以革新派要做的第一件事就是誅殺蘇我氏，搬開這個阻礙改革的最大腳石。
聖德太子死後，外蘇我氏更加囂張跋扈。蘇我馬子的繼承人蘇我蝦夷、蘇我入鹿父子排斥改革勢力，竟殺死了聖德太子之子山背兄王，這一暴行徹底激怒了皇族和支持聖德太子的貴族，他們開始秘密籌劃打倒蘇我氏的計劃，其中帶頭者就是中臣鐮足和中大兄皇子。
中臣鐮足自幼學習儒、佛及各學問，膽識過人。他對蘇我氏一族不顧君臣身份、挾天子以令天下的行為極為不滿，早就生出滅之以清君側之心，而中大兄皇子也一樣。所以兩人決定聯合起來，共同對付蘇馬氏。很快，機會來了。
公元645年6月12日，新羅、百濟、高句麗進貢的使者來到日本，日本天皇特意為他們舉行了進貢儀式。按照禮節，大臣蘇我入鹿必須陪席而且不可佩帶兵器，於是，中大兄皇子就安排殺手藏匿在大殿的一側。蘇我入鹿進來後，中大兄皇子第一個跳出來刺殺他，蘇我入鹿一時不防，跌倒在了皇極天皇的御座前，他連忙跪下問道:"我有何罪？請天皇聖裁。”皇極天皇不明白這是怎麼一回事，就詢問中大兄皇子，中大兄皇子大義凜然地答道:“蘇我入鹿屠戮皇族，意圖奪取皇位，理該處死。”皇極天皇聽了，沉吟半晌，知道此事已經不可挽回，就退回殿內。中大兄皇子殺了蘇我入鹿。消息傳出後，蘇我蝦夷知道自家的好日子已經到頭，就在家自焚而死，權傾一時的蘇我氏家族就此滅亡。這次歷史事件也被稱為“乙巳之變。”
乙巳之變後，皇極天皇退位，孝德天皇即位，立中大兄皇子為皇太子，中臣鐮足為內臣，從中國留學回來的僧旻和高向玄理為國博士(顧問)，建元大化，同時遷都大阪。
遷都大阪後，新政府參照唐朝制度，於公元646年元月以詔書形式宣佈王朝改斷。新政府首先是廢除部民制，建立班田收授法與租庸調製。詔書言明從此土地歸為國有，“部民”成為“公民”，從此實行班田收授法與租庸調製。班田收授法是公民享有的權利，即政府每隔6年，給6歲以上的男子分田2段，女子為男子的2/3，私奴婢為公民的1/3，公奴婢同公民數。受田人死後，所分田地重新歸公。租庸調製為公民所承擔的義務。其中租指實物地租，受田每段交納租稻2束2把。庸，是力役及其代納物，凡50戶充仕丁1人，50戶負擔仕丁1人之糧，1戶交納庸布1丈2尺，庸米5鬥。調為徵收的地方特產，分為田調、戶調、付調。田調按土地面積徵收。田1町徵收絹1丈、絁2丈、布4丈，戶調按戶徵收，其數量為“1戶貲布1丈2尺”。付調隨各鄉土特產徵收。
其次是建立起中央集權的天皇制封建國家。天皇要群臣盟誓，樹立“天覆地載，帝道唯一”的思想；廢除貴族世萎制，在聖德太子“十二冠位”的基礎上制定7色13階冠位，對於大夫以上的貴族賜予食封，以下的給予布帛，作為俸祿；建立中央機構，將原先氏姓貴族統轄的大小諸國改為地方，設國、郡、裡，分別由國司、邪司，里長擔任最高行政長官，由中央統一調度；軍事實行徵兵制，京城設立五衛府，地方設軍團，所有軍隊一律歸中央統一指揮。
大化改新後，日本社會的主要矛盾基本得到解決，社會逐漸穩定下來。新制定的經濟制度重新調動起人民的勞動積極性，生產得以恢復並迅速增長。天皇為紀念這一新的社會制度的產生，正式改國名“大和”為“日本”，意為“太陽昇起的地方”。大化改新使日本社會的階級關係發生了變化，日本開始由奴隸社會向封建社會過渡。
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