科隆群岛的海鬣蜥共分7个亚种。这种爬行动物的身躯比较长，最长的可达150厘米以上。不同岛屿上的海鬣蜥在大小上也有不同。在费尔南迪纳岛及伊莎贝拉岛上的是体型最大的，而在赫诺韦萨岛上的则是最小的。成年雄性平均体长0.75米，体重1.5千克；雌性平均体长0.6米，体重0.5千克
在陆地上，海鬣蜥较为笨拙，但它们在水中却很灵活，以强壮的尾巴来游泳。海鬣蜥的爪子长而尖，这样，它们不仅能牢牢地攀附在岸边的岩上，不被大浪卷走，而且还能在有大海流的海底稳稳当当地爬来爬去，寻找食物。海鬣蜥尾巴的长度几乎等于躯干的两倍。长长的尾巴在游泳时能够提供足够的动力 。
头顶部有一瘤状突起而且还带着一个“小白帽”。原来，在海鬣蜥的鼻孔与眼睛之间，有一个盐腺，能把海鬣蜥进食时带进的盐分贮存起来。当盐腺被装满后，海鬣蜥就高高地昂起头，打一个强劲的喷嚏，而含盐的液体就被射向空中，又会落在自己头上，等盐液变干，固结成壳时，就成了一层“小白帽”。
海鬣蜥的全身都是深灰色的。但是，正在求爱的海鬣蜥身体的颜色会从灰色变成黑色，而且身上会长出红色的斑点。海鬣蜥并非一定是黑色的，幼蜥的背鳍较为淡色，雄性在不同季节的颜色也有所不同。在南方岛屿正值繁殖期的雄性较为鲜艳，会呈红色及绿色；在圣克鲁斯岛的则会呈砖红色及黑色；而在费尔南迪纳岛的呈砖红色及暗绿色。群岛东南部的艾斯潘诺拉岛的海鬣蜥与群岛其他6种鬣蜥有着明显的差别，其雄性海鬣蜥身上有红、黄、黑3色相间的斑，腿、足和冠则呈暗绿色，而群岛其他岛屿的海鬣蜥身上没有花斑，通身呈绿色或黄色。
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