淮南子說，神農嘗百草的滋味，一天中七十次毒，醫方從此興起。大抵古來有神農嘗百草的神話，因而民間歷代積累起來的藥物知識都託名“神農”。藥物主要是草藥（鄭玄注周禮五藥：草、木、蟲、石、谷），所以稱為是《本草》或《神農本草經》。自漢武帝起，朝廷召集方士，其中有本草待招若干人。樓護家世代做醫師，樓護誦習醫經本草方術書數十萬字。漢成帝漢哀帝時，他出入京師權貴人家很有聲名。公元五年，王莽召集全國通方術本草的人到京師考校技能。漢書《藝文志》不會記錄《神農本草經》，但西漢確有這一部名叫《本草》的藥物書。書中多見東漢時地名，當是東漢醫家有較多的補充和說明。
擬圖 東西市
東漢末年，屢起大疫。南陽士人張機深研醫學，著《傷寒雜病論》合十六卷（北宋時所傳《傷寒論》十卷，附方十卷，又有《金匱要略方論》三卷，當即《雜病論》）。他在傷寒論序裡說：“看當今醫生，不肯探求醫經（素問、難經等），推演新知，各承家傳，始終守舊。問病狀務在口舌敏捷，辨脈象按寸不按尺，按手不按足（足脈）。草率處方，難治大病。” 和這些醫生相反，他是以極嚴肅的態度治病的，在他的著作裡陰陽五行說（命理，非醫理）基本上被排除了。後世醫學者稱張機為醫聖，稱傷《寒金匱》為醫經，是有理由的，因為他脫離陰陽五行的束縛，推動醫學向科學發展。
東漢竹簡
《靈樞經》所傳用針治病法，東漢時有顯著的進步。廣漢隱士涪翁著《針經診脈法》，傳弟子程高，程高傳弟子郭玉。漢和帝時，郭玉做太醫丞，治病多有效應，針法傳授更廣。郭玉喜為貧賤人治病，盡心竭力，應手見效。治貴人病卻常不愈。漢和帝責問郭玉，郭玉答道：“貴人威風太大，好自作主張，不聽從醫者的法度。骨節又柔弱，用了針不能再用藥。有時用針難免要出些血，我心裡恐怖，那裡還顧得治病。”
馬王堆三號漢墓出圖《導引圖》
譙縣人華佗精針法，尤精外科手術。將動手術，先使病人飲麻沸散，失去知覺，刳割腹背後縫合創口，塗敷藥膏，四五天便合口。華佗又教人作五禽之戲（模仿虎、鹿、熊、猿、鳥的動作），使身體輕便，血脈流通，可以預防疾病，延年不老。曹操患頭風病，要華佗治療斷病根。華佗說只能緩治延歲月，不能斷根（好個直男，何妨婉言其因思慮過甚難醫）。曹操發怒，殺華佗。華佗兩個弟子，吳晉擅長外科，樊阿擅長針術。關羽左臂中箭毒，醫師刳肉刮骨，關羽言笑自如；司馬師目上生瘤，讓醫師割去。這種局部割治，大概也用麻醉藥。
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楊鉄先生作品：宮廷紫檀坡頂小百寶櫃
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