唐元和四年（809年），為掌控大運河漕運，確保王朝生存命脈，將原屬徐州的符離、蘄縣，原屬泗州的虹縣合併為州，因該地域古屬“宿國” 之地，故取名“宿州”。
夏商時屬徐州之域，春秋時屬宋國、徐國，戰國中期以後屬楚國。秦統一後，此地分屬碭郡、泗水郡。西漢改碭郡為梁國、改泗水郡為沛郡。東漢時今宿州轄區分屬梁國、沛國、下邳國。
三國兩晉時屬魏譙郡、沛國、梁國和下邳郡。東晉十六國時，該地先後隸屬前秦和前燕後燕，東晉北伐盡復宿地。唐元和四年（809年），置宿州，以該地古屬“宿國”地面，故以“宿”命名。屬河南道徐濠泗節度使轄區。五代十國時期，宿州先後為後梁、後唐、後晉、後漢、後周所轄。自梁後皆屬武寧軍節度使轄區。北宋曾於宿州置保靖軍，屬淮南東路。公元12—13世紀，宋金對峙之際，宿州地面屬金朝，屬南京（今開封）路。元代宿州地面屬河南江北行省歸德府。
明代宿州及所屬靈璧縣和虹縣均屬南京直隸區鳳陽府；蕭縣、碭山縣則屬南京直隸區徐州。清初，行政區劃沿襲明制，將南京直隸區改為江南省，今宿州所轄各縣區名稱及隸屬關係不變。康熙元年（1662年），江南省被分置江蘇、安徽兩省，宿州為不轄縣的散州，與靈璧縣同屬安徽鳳陽府；碭山縣、蕭縣屬江蘇省徐州府；虹縣在清初屬江南省鳳陽府泗州。
康熙元年（1662年）改屬安徽省鳳陽府泗州。康熙十九年（1680年） 原泗州城沉沒於洪澤湖，泗州寄治今江蘇盱眙。乾隆四十二年（1777年），泗州移治虹縣城，同時撤銷虹縣改為泗州。1912年，中華民國將宿州改名宿縣，泗州改名泗縣，與靈璧縣，同屬安徽省淮泗道；蕭縣、碭山縣則屬江蘇省徐海道。1932年，改道為行政督察區，宿縣、靈璧、泗縣3縣屬安徽省第六督察區，專員公署駐泗縣；碭山縣、蕭縣屬江蘇省銅山行政督察區，專員公署駐徐州。1938年5月，今宿州轄區各縣先後淪陷於日本侵略軍，日偽、國民政府和中共抗日民主政府三方政權並存，轄區互有交叉。汪偽政權曾於1942年以徐州為中心，設立偽淮海省，今宿州轄4縣1區皆在其範圍。抗日戰爭勝利後，宿縣、靈璧、泗縣3縣屬安徽省第四行政督察專員公署，公署駐宿縣城；碭山縣、蕭縣則屬江蘇省徐州專員公署。
1949年10月1日，中華人民共和國成立後，今宿州市轄區屬皖北行政公署宿縣專區，專員公署駐宿縣城。1952年，安徽省建置恢復，宿縣專區歸轄。1956年2月，宿縣、滁縣兩專區併為蚌埠專區。1961年3月，蚌埠專區撤銷，宿縣專區恢復。1971年宿縣專區更名為宿縣地區。1979年10月，析宿縣城關鎮及城郊、城西區各一部分設置縣級宿州市。1992年12月，原宿縣，縣級宿州市合併組建縣級宿州市。1998年12月，撤銷原宿縣地區，設立省轄宿州市。1999年5月，省轄宿州市正式成立。
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