深圳是國家鐵路樞紐城市，貫穿中國大陸的兩條主要鐵路幹線—京廣鐵路和京九鐵路在深圳交匯，基本明確了深圳“東西貫通、南北終到”的鐵路佈局，並新增西麗站作為深圳第二座高鐵主站。 廣九鐵路、廈深鐵路、穗深城際鐵路建成通車。贛深客專廣東段於2016年底開工建設，徵地拆遷工作已同步啟動；深茂鐵路深圳至江門段已納入中國鐵路總公司“十三五”鐵路規劃項目，並計劃2018年啟動建設；福田—汕尾捷運化列車成功開通，坪山等東部片區出行條件得到改善。
火車站有深圳站、福田站、深圳北站、深圳西站、深圳東站（原布吉火車站）、深圳坪山站、深圳機場站、深圳機場北站、光明城站等。
1、深圳站
深圳站（Shenzhen Railway Station），位於中國廣東省深圳市羅湖區，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的一等站，為深圳鐵路樞紐的重要組成部分，是中國鐵路的大型口岸車站之一，也是廣深鐵路城際列車的始發終到站之一。
深圳站始建於1950年，時稱羅湖站；1990年6月，深圳站新站房動工建設；1991年10月，深圳站新站房投入運營。
截至2018年8月，深圳站總建築面積9.6萬平方米，候車室面積1萬平方米，可同時容納1萬名旅客候車，站場規模4臺8線，單日可發送旅客10多萬人次、接發列車200餘趟。
2019年7月10日，深圳站始發首趟長途動車組列車。
2、福田站
福田站（Futian Railway Station）位於中國廣東省深圳市福田區，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的一等站，是深圳市接駁功能齊全的交通樞紐，也是深圳鐵路樞紐“三主三輔”中的“三輔”之一； [1-2] 在廣深港高速鐵路中，福田站的功能定位是城際站。
2006年8月22日，福田站工程立項；2008年8月20日，福田站開工建設；2015年12月30日，福田站開通運營。
截至2018年9月，福田站建築總面積為14.7萬平方米，候車廳層面積4.6萬平方米，站場規模4臺8線，地下二層候車室可同時容納3000名旅客候車。
2019年12月7日，福田站啟用電子客票。
3、深圳北站
深圳北站（Shenzhenbei Railway Station）位於中國廣東省深圳市龍華區民治街道，由中國鐵路廣州局集團有限公司管轄，是深圳鐵路“四主四輔”客運格局的核心車站，也是廣深港高速鐵路中間樞紐站和杭深鐵路的始發站。截至2016年5月，深圳北站是深圳市規模最大、接駁功能最為齊全、設備技術最先進、客流量最大的特大型綜合鐵路樞紐。
深圳北站於2007年開工建設，2008年12月正式命名為深圳北站，2011年12月26日正式投入使用。
截至2011年12月，深圳北站佔地240萬平方米，設11個站臺20條股道，預計年發送旅客達到5200萬人次。
2019年12月7日起該站將實施電子客票。
/4、深圳西站
深圳西站（Shenzhenxi Railway Station）位於中國廣東省深圳市南山區，隸屬於中國鐵路廣州局集團有限公司，為平南鐵路的三等站。
5、深圳東站原名布吉站
深圳東站（Shenzhendong Railway Station）位於中國廣東省深圳市，是中國鐵路廣州局集團有限公司管轄的三等站，是深圳市東部地區接駁功能齊全的交通樞紐，也是深圳鐵路樞紐的重要組成部分。
深圳東站原名布吉站，始建於清宣統三年（1911年）； 2004年11月24日，布吉站改造工程啟動； 2012年12月21日，布吉站改造完成並投入運營，改名深圳東站。
截至2018年9月，深圳東站總建築面積6.7萬平方米，主站房建築面積2.1萬平方米，可同時容納7000多名旅客候車； 截至2018年9月，車站站場規模為4臺11線，設計日均最高客流量9萬人次，每日始發列車77對、通過列車115對。
6、深圳坪山站
深圳坪山站（Shenzhen Pingshan Railway Station）位於中國廣東省深圳市坪山區西部與龍崗區東部交界處，隸屬於中國鐵路廣州局集團有限公司，為廈深鐵路的客運二等站，也是深圳市東部片區的交通樞紐。
深圳坪山站於2012年動工建設，原稱深圳新城站；於2013年11月改名深圳坪山站；於2013年12月28日竣工運營。
截至2019年2月，深圳坪山站總建築面積9992.78平方米，站場規模4臺8線。
7、深圳機場站
深圳機場站（Shenzhen Airport Railway Station），位於中國廣東省深圳市寶安區，當前是穗深城際鐵路上的一座車站，隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄。該站於2019年12月15日正式開通運營。
按照相關規劃，該站未來將建設成為粵港澳大灣區內聯外通的一個交通集散地。
8、深圳機場北站
深圳機場北站（Shenzhen Airport North Railway Station），位於中國廣東省深圳市寶安區，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。
2019年12月15日，深圳機場北站正式開通運營。
9、光明城站
光明城站（Guangmingcheng Railway Station）位於深圳市光明區光明街道三十八號路8號，隸屬於中國鐵路廣州局集團有限公司管轄，是廣深港客運專線上的一個站點，是廣深港客運專線進入深圳的第一站，已於2011年12月26日正式開通啟用。
2019年12月7日起，光明城站實施電子客票。
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