崇禎十七年(1644年)三月，“闖王”李自成帶著他的數十萬農民軍浩浩蕩蕩、聲勢兇猛，直逼大明首都北京城。
李自成兵臨城下後，立馬派使者杜勳與崇禎皇帝朱由檢談判，企圖訂立和議，“割地講和”，讓崇禎帝封李自成為王，李自成可以分部分國土而治，因為李自成的大順軍也沒有把握能夠打下固若金湯的北京城。
自崇禎六年始，山西出現鼠疫疫情，一直沒有得到有效控制。到崇禎十三年（1640年），北京城附近的順德府、河間府開始鬧鼠疫。崇禎十六年（1643年），通州、昌平、保定均有大規模鼠疫並且傳入北京。崇禎十七年（1644年），北京城的鼠疫進入高峰期，此時正值三月。
當時流行一句民謠：“東死鼠、西死鼠，人見死鼠如見虎”，這個諺語說明鼠疫鬧的嚴重性。當李自成兵臨城下時，恰巧是北京城鼠疫的大規模暴發期。北京人滿為患，正好利於鼠疫流行。鼠疫在生活環境差的百姓和士兵中流行，官僚家庭受波及小，所以在深宮裡的崇禎不知道，在城外的李自成也不知道。當時守城的士兵們已經被鼠疫折磨得身體虛弱，往往是“鞭一人起，一人復臥如故”，人心渙散。
明崇禎自認為自固守北京的“精兵強將”足以抵抗李自成，只要等待吳三桂援軍，就可大敗李自成的軍隊，果斷的拒絕了議和。李自成無奈，箭在弦上不得不發，只得冒險攻城。待李自成開始攻城時，北京的守城士兵們就主動獻城了，李白成做夢也想不到自己就這樣輕易拿下了北京城。
明崇禎帝在煤山自縊，李自成的大順精兵就進入北京城中駐紮，不是住兵營就是住民居，降卒也要收編，無數人的密切接觸使鼠疫便開始在李自成軍隊的這些外地人中流行起來，使李自成的軍隊迅速喪失了戰鬥力。據史料記載是帶了十萬兵馬，但是等到山海關之戰，他去攻打吳三桂的時候，李自成只帶了六萬兵馬，因為鼠疫流行，所以大順軍隊減員嚴重。
鼠疫的潛伏期很長，可以長到二十多天，也就是說感染了二十多天才發病。這種長潛伏期的烈性傳染病未發病時和正常人一樣，並且還可以繼續感染別人。李自成帶到山海關的部隊，正是剩下的還未發病的那部分人，這批人在山海關戰死了一部分，逃回來的又陸續發病，於是李自成手下全是鼠疫病人。李自成一路退敗，離開北京後一路退一路把鼠疫傳播開來，“凡賊所經地方皆大疫，不經者不疫”，他的無敵大順軍就這樣被鼠疫消滅了。
歷史記載，鼠疫在北京流行到公元1644年9月，可是滿、漢分治，滿人和漢人沒有雜居，接觸的機會少，加上滿人入京時天氣已經開始熱了，離開人體的細菌不容易存活，鼠疫便沒有像大順軍那樣大規模地在滿人中傳播。鼠疫在其後幾年也只是小規模流行。此後開始風調雨順，大規模鼠疫就沒有了。鼠疫這個黑暗中看不見的手，在冥冥中影響了歷史，改變了歷史的走向。
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