纳粹德国时期，当时德国的高层都建有自己的护卫队，负责自己的安全保卫工作。比如希特勒就由贴身保镖、党卫军“警卫旗队”和国防军的“元首”护卫营负责。而作为纳粹德国第三号人物的党卫队头子海因里希·希姆莱，也有自己的安保部队：“党卫队帝国领袖”护卫营。
这些部队初期都只是护卫性质，但随着战争的深入而逐渐成为作战部队，而希姆莱本人也希望“党卫队帝国领袖”护卫营成为自己的“私人部队”，便升格为SS第16“党卫队帝国领袖”装甲掷弹兵师，该师的标志即是“党卫队全国领袖”希姆莱制服的领章。
该师包括一个拥有反坦克炮排的轻装甲连、一个机械化连和一个高射炮连（由2个20毫米高炮排和1个37毫米高炮排组成）。1941年7月，这个护卫营被编入SS第2步兵旅并前往第50军战区，于9月9日在苏联列宁格勒地区首次参战。
之后该师便一直在该地驻扎，曾先后配属给霍贝战斗群和伯克战斗群。度过了东部战线第一个冬季之后，护卫营的大部分兵力为了再度整编而于1942年6月20日回到阿莱斯训练场，其余部队则到苏联南部的捷特米尔和布拉津地区和游击队作战。
但该师虽然号称是党卫军的精锐，但普遍认为其战斗力一直低下，而且在意大利制造了多起大屠杀暴行，残杀了2000多名平民。至1941年年底，“党卫队帝国领袖”司令部麾下的部队至少屠杀了85000人。
党卫军第十六装甲掷弹兵师“ＳＳ全国领袖”，处处得到希姆莱的照顾和后门。但是它的军官和军士数量始终达不到定额、素质也极差，战斗能力低下、风气恶劣。除了历任的旅长和师长外没有一人获得骑士勋章。
1943年年底，该师的总兵力为12720人，但仍旧缺乏相应的军官，士官以及必要的装备。也就在这期间，该师大部被调往维也纳附近的巴登地区，继续训练。
这支部队在战争末期的战史可以说是乏善可陈。党卫军第十六师通常执行诸如解除意大利军队武装、武装占领匈牙利、镇压游击队这类二、三流任务，对于平民的大量暴行亦表现出该师实际的无能和残暴。
到1944年9月初，该师兵力为14683人，其在比萨以南和里窝那作战期间损失了约3000名官兵。到了1945年，在兵力上捉襟见肘的德国把这支保存完好的十六师又派往到了匈牙利参加了东线战场上的最后一次战略进攻。
这个时候的党卫队全国领袖师的装备水平，在战争末期可以说是相当优异，但显然这支不堪重用的部队无法担当起自己的责任。这次进攻在强大的苏军面前，他们马上不堪一击，在执行了一些掩护和撤退的任务之后，勉强坚持到了45年的4月底。
1945年5月6日，铁托游击队也开始北上对德军进行围剿，“全国领袖师”很清楚自己在克罗地亚和意大利都干了什么，全师上下人心慌慌。在得知自己即将被包围之后，受到惊吓后的“党卫队全国领袖”师立刻发挥自己的专长：跑！
全师上下为了自己犯下的罪行不被清算，兵分两路飞速向西线奔逃，在侥幸脱离了险境之后，却变得更加残暴，投降途中又制造了多起针对平民的暴行，最后向美国和英国军队投降，彻底结束了自己的平庸而罪恶的历史。
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