黑水城，蒙古語稱為哈拉浩特，又稱黑城，位於的額濟納河下游北岸的荒漠上，距阿拉善盟額濟納旗旗達來庫布鎮東南方向25公里。當年西夏的開國皇帝李元昊於甘州大破破回鶻。為確保河西走廊的安全，於是在黑水河的下游居延海以築城，稱“亦集乃”城，即 黑水之意。西夏時期一直為邊防重鎮，並將大批人口遷到黑水城一帶定居，讓他們在當地屯墾造田、生產糧食，並且繁榮了接近200年。
1226年蒙古高原興起的蒙古人在成吉思汗帶領下，揮師南下，開始了第五次進攻西夏。大軍首先攻克黑水城，並由此南下，直取西夏的國都中興府。次年西夏滅亡，但是據非正規渠道的歷史描述成吉思汗由於一些不可描述的原因也死在了這次進攻中，成吉思汗留下遺言將西夏屠滅，從此西夏消失在歷史中。而且在元代修史書唯獨不修西夏曆，党項也消散在歷史中，由此可見非正規渠道的歷史還是有可信性的。但是黑水城並沒有廢棄在元代稱“亦集乃路”元朝在這裡設置了亦集乃路總管府，管轄這一地區及西寧、山丹兩州。因為這裡的地理位置還是非常重要。
元朝時期的黑水城，人口眾多，經濟發達還是當時“北走嶺北、西抵新疆、南通河西、東往銀川”的交通要衝和元朝西部地區的軍事、政治、文化中心。名副其實的交通要道一度十分的繁華。居住在黑水城一帶的固定人口約有七八千人之多。但是隨著人口的增多，對於糧食的需求也逐漸變多，而大量的開墾已經讓環境不堪重負，沙漠過來了。1350年前後，這裡的情況發生了巨大的變化。昔日的綠洲，被沙漠吞噬，變成了一片荒漠。昔日繁華昌盛的黑水城也變成了一座廢城。從此埋在了沙漠裡。
俄國探險家波塔寧，他在1884—1885在在我國西北探險時從當地的土爾扈特人口中聽到了在沙漠中埋藏著一個寶藏古城叫額爾克哈喇布魯克”。額爾克哈喇布魯克就是蒙語中的“哈喇浩特”，即黑水城。但是沒人給他帶路。
1908年，沙俄上校、俄國皇家地理學會會員科茲洛夫帶著全副武裝的俄國軍隊，來到了這裡，要求當地人帶路，但是當地人拒絕給他們帶路，不論是威逼還是利誘都沒人帶他們去。科茲洛夫找到了當地的蒙古王爺巴登札薩克，採取恐嚇威脅和行賄的辦法，進入黑水城。
他們達到以後開始了野蠻的盜掘，大量的佛塑、麻布和絹質佛畫、錢幣被挖掘出來打包。最終心滿意足的帶著十大箱子珍寶離開了。在俄國得知這一批寶藏以後遇事繼續命令科茲洛夫繼續挖掘。在1909年科茲洛夫返回開展了更大規模的挖掘。在城外矗立著大量的佛塔近這些近千年的佛塔80%就這樣在一個考古強盜手中毀於一旦。能帶走的打包帶走，這次的東西用幾十頭駱駝才能帶走，這次收穫比上一次更為豐厚，不能帶走的精美的佛像雕塑便全部破壞。科茲洛夫在日記裡寫道：“我們挖呀、刨呀、打碎呀，都幹了。”
在西方人知道這個寶藏後更是蜂擁而至，1914年，探險家斯坦因率英國考察探險隊來到了這裡。1923年，美國人蘭登·華爾納、雷勒斯·傑恩又在黑水城進行了10天的發掘工作。1927～1928年，貝格曼率瑞典考察探險隊也對黑水城進行了考察。1927年，瑞典人斯文·赫定率領的中德西北科學考查團在黑水城掘得一部元刊本《大藏經》，進入了黑水城。經歷了數次的盜掘整個城已經被挖空了。
新中國成立後，中國政府組織考古隊對黑水城地區進行過多次考察發掘，其中規模最大的是1983年中國內蒙古文物考古研究所聯合阿拉善盟文物工作站共同進行的發掘。這兩次發掘，基本上將全城勘察完畢，所得文書近件，現主要藏於內蒙古文物考古研究所。
因為從城裡發掘的大量的西夏和元代文書，從而也催生了一門新的學問，西夏學。但是下載中國人研究西夏學還要千里迢迢的跑去俄國研究。大部分的藏品都被藏在了俄羅斯的博物館裡，比如最重要的一本書 《番漢合時掌中珠》就是西夏文字和漢文的翻譯字，典中這不得不令人嘆息。
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