八旗是清代最具特色的一種政治體制，關外時期它既是一種軍事組織，又是一種經濟組織，並且帶有一定的私屬性。入關後，在八旗內部，依據不同的從屬關係，逐步確立了兩層關係：第一層是上三旗與下五旗的關係；第二層是內務府三旗與外八旗的關係。這裡就此兩個問題分開來講。
一、上三旗與下五旗
清太祖努爾哈赤晚年，沿用過去的遺制，將八固山（八旗）作為家族的私產，在親近子侄中分配。領旗的旗主（和碩貝勒）享有經濟、政治上的特權。清太宗皇太極即位以後，為強化自己的統治，在八旗內增設管旗大臣，由大臣牽制八旗諸王，又陸續削奪阿敏、莽古爾泰兩大旗主，直接統轄正黃旗、鑲黃旗、正藍旗，但其餘各旗仍分別由和碩親王執掌。
順治元年（1644年），世祖福臨沖齡即位，叔父多爾袞以旗主身份攝政，實際秉執國家的最高統治。多爾袞與阿濟格、多鐸是親兄弟，原領有實力雄厚的兩白旗。順治五年，多爾袞加豪格（皇太極長子）以莫須有之罪名，將其囚死獄中，並乘機將隸屬皇太極一家的正藍旗奪為己有。
多爾袞兄弟實領兩白一藍三旗，威權自專，形成對皇權的巨大壓力。兩年後，多爾袞病死，福臨親政，時年十四歲，濟爾哈朗對多爾袞一系展開反擊，迫令阿濟格自縊（此前，多鐸已病死），追論多爾袞悖逆之罪，下詔追削封爵，又興起大獄，處死了多爾袞親近貴族重臣數十人。
順治帝福臨通過這些努力，沉重打擊了宗室強藩，鞏固了皇權。他在原有兩黃旗的基礎上，又把隸屬多爾袞的正白旗劃歸己有，成為新上三旗，即正黃、鑲黃和正白三旗。從此，正式形成了上三旗與下五旗的體制。
上三旗歸皇帝親領，地位高貴，人多勢眾，構成了八旗的核心。下五旗各司其職，成為諸王、貝勒等宗親的分封之地。上三旗與下五旗的分治，是八旗制度的一次重大變革，是以皇權為代表的中央集權進一步加強的明顯標誌。
康熙元年（1662年），聖祖玄燁繼位以後，陸續分封諸兄弟子侄為下五旗王公，與原有本旗王公共同管轄每一旗人丁，於是一旗中便有王公數人，不再存在一個旗主專擅一旗的局面。
康熙十八年（1679年）確定王公府屬官員名額，並規定王公府屬佐領下人在各王公門下行走。至於各王公名義上領有的旗分佐領，則歸各旗都統管理。都統掌“宣佈教養、整詰戒兵，以治旗人”，直接接受皇帝令旨，各旗王公從此無權干預旗務。
上三旗下五旗制度，形成了正身旗人社會地位事實上的差別。上三旗守衛皇城，挑選侍衛，皇帝外出時擔任扈從，是皇帝最倚重的親軍。下五旗除守衛京城外，被大批派往各地駐防戍衛。康熙帝沖齡即位時，以索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆、鰲拜（鑲黃旗）為四輔政大臣，均出身上三旗，這說明上三旗人在參與政治方面享有優勢。
為了破除上三旗與下五旗之間的隔閡，鼓勵下五旗人為皇帝建功立業，清廷特別建立了“抬旗”制度，由
“滿洲下五旗，抬入上三旗者，謂之抬旗”。其本支子孫准許一同抬旗，同胞兄弟仍隸原旗。皇太后、太后母家在下五旗者均准予抬旗。以後，抬旗形式又趨於多樣化，上三旗漢軍可以抬入同一旗分滿洲旗。康熙母家孝康章皇后一家，佟佳氏原隸屬漢軍鑲黃旗，後抬入滿洲鑲黃旗，後族抬旗之例自此始。包衣旗人也可以撥出抬入滿洲旗。不同形式的抬旗，成為清代滿、蒙、漢軍旗人間，上三旗人與下五旗人、正身旗人與非正身旗人間成分流通的一種特殊途徑。
康熙年間，以下五旗為王公貴族的分封之地，和碩親王不再像清初那樣領有全旗，而是由皇帝從上三旗撥給十五個滿、蒙漢軍旗分佐領和包衣佐領作為私屬，親王以下諸王、貝勒，也分別領有若干佐領。
此舉雖然破除了旗主專擅一旗的積弊，但王公貴族仍以所得佐領為私產，在子孫中世襲。他們對所屬佐領的旗人任意差遣役使，遇有過失，動輒鎖禁，籍沒家產。下五旗旗人身為國家官屬，卻處在諸王私人支配之下。
雍正年間，滿洲都統五格，在雍正帝面前奏對時，對已經獲罪削籍的允禟，仍口口聲聲稱之為“主”。故主尚有如此淫威，足見下五旗旗人對舊日領主的人身依附關係之強。
胤禛在諸兄弟傾軋中最終奪嫡而得皇位，即位後便採取嚴厲措施對待兄弟，進一步激化了矛盾。當時親王各有五六個佐領，兵丁三四百名，六個親王所屬兵丁多至二千四百至二千五百名，加上其他若干王公的兵丁，總數竟達四千餘名。雍正帝為鞏固地位，不遺餘力打擊諸旗王公權勢，以杜禍患。
他藉口“五旗之人，竟有二主，何以仰生”，嚴禁諸王對所屬旗人擅行治罪；規定除王府護衛仍由本主升擢外，其餘官員升擢皆歸有司，諸王特權至此削弱。又禁止諸王私遣人役，需要時必須列名請旨。雍正帝通過裁抑宗藩，使自己的統治地位得以鞏固。
從此，不但上三旗人為皇帝控制，下五旗人“雖各自有該管之主，而其心亦只知有君上，不知有管主”。此後，儘管八旗王公仍舊享有尊崇的政治地位，經濟上領取優厚的俸祿，但對旗人已失去了昔日的權力。正身旗人不再是領主私屬，成為皇帝的旗下平民。
二、內務府包衣三旗
上三旗下五旗分治後，各旗所有的包衣隨之分為兩個系統：上三旗包衣稱“內務府屬”或內府旗人，為皇傢俬屬，編為內務府鑲黃、正黃、正白三旗，俗稱“內三旗”，亦分滿、蒙、漢；下五旗包衣稱“王公府屬”，為各王私屬，編為府屬佐領、管領。
內三旗與八旗（指的是上面所述的外八旗）是兩個獨立的組織體系。有別於八旗佐領統屬於各旗都統，內三旗初隸屬領侍衛內大臣，康熙十三年（1674年）該歸內務府，從此終清之世不改。
內三旗的構成與外八旗有所不同。內三旗以下，各設內參領；內參領下設有內府佐領、旗鼓佐領、內管領。內府佐領，即皇家所有的滿洲佐領，成分為滿洲平民；旗鼓佐領即皇帝所有的漢人佐領。康熙朝《大清會典》中，又把“旗鼓佐領”直接寫成為“內務府漢軍佐領”。
內管領原系家奴，在內三旗中地位最低，又稱“辛者庫牛錄”意思是“內管領下食口糧人”。編入內管領的最初都是奴僕，以後內部成分又有變化。
清朝初期，內府旗人的身份地位較低，但由於他們是皇帝奴僕和私屬，一旦為其寵信也能外放肥差、執掌重權，進而成為世家望族。內府旗人允許入學、考試、為官，旗鼓佐領下人在內務府的仕途升遷與滿洲人同，升至九卿，亦佔滿缺。
《八旗滿洲氏族通譜》中，內務府旗人被列為“滿洲旗分內漢人”，在《八旗通志《中，他們被列入滿洲官員志，而八旗漢軍，則別列一門。因此，又可將內務府旗人視為八旗內部滿洲化程度最高的漢人。
內務府旗人在一定條件下可以抬旗或改旗。順治九年（1632年）議定：內務府三旗佐領、內管領下官員，有軍功勞績，奉特旨令其開出內府佐領、內管領者，各歸上三旗旗下佐領。清中葉以後，內務府旗鼓佐領下人如大學士高斌、高晉等人，皆改隸外滿洲鑲黃旗。當然，在人數眾多的內府旗人中，能有如此殊榮者，只是鳳毛麟角。
內務府三旗的形成，是滿洲皇族獨掌三旗，並在八旗中確立其經濟、軍事、政治絕對優勢的產物。同時，又保留著滿人早期蓄奴的殘餘。內三旗與八旗並行存在，構成了清代旗人社會組織的一大特色。
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