《西遊記》中，菩提祖師是一個十分神秘的存在。三界中，無人知曉菩提祖師的存在，就是連如來佛祖和玉帝也不知道。這是為什麼呢？且看看通臂猿猴是怎麼說的。
在原著第八回《我佛造經傳極樂 觀音奉旨上長安》中，如來佛祖在西天靈山設"盂蘭盆會"邀眾佛前來聽佛法。只聽得如來微開善口，敷演大法，宣揚正果。結束後，如來佛祖對眾佛說道："我西牛賀洲者，不貪不殺，養氣潛靈，雖無上真，人人固壽。"
這"上真"是什麼？就是"真仙"。而菩提祖師可以稱得上是一位"真仙"。
如來說他的管轄地中並沒有"真仙"的存在，而孫悟空當年正是前往西牛賀洲的靈臺方寸山斜月三星洞拜菩提祖師為師。由此可以看出，縱然是佛教的創始者、西天靈山的管理者如來佛祖也不知道菩提祖師的存在。
此外，玉帝也不知菩提祖師的存在。在原著第三回《四海千山皆拱伏 九幽十類盡除名》中，東海龍王和地藏王菩薩紛紛進表，向玉帝吐訴孫悟空的種種行為，並進諫玉帝將這妖猴速速擒拿。
玉帝召集眾文武仙卿，問曰："這妖猴是幾年產育，何代出身，卻就這般有道？"由玉帝的這番話可以看出，玉帝並不知道孫悟空的存在，也不知他師承何處。既然玉帝不知孫悟空的師父是誰，那麼就是不知道菩提祖師的存在了。
為何這三界之中無人知道菩提祖師的存在呢？當初通臂猿猴的一番話早已點破其中玄機。
在原著第一回《靈根育孕源流出 心性修持大道生》中，孫悟空破石而出，據花果山為王，享樂天真。但過了三五百載，孫悟空不免傷懷，想求得一法可以久注天人之內。
這時，通臂猿猴跳出來厲聲高叫道："如今五蟲之內，惟有三等名色，不伏閻王老子所管。乃是佛與仙與神聖三者，躲過輪迴，不生不滅，與天地山川齊壽。他只在閻浮世界之中，古洞仙山之內。"
這"只在閻浮世界之中"，說的就是在三界之外。而這"佛與法與神聖三者"，說的就是精通諸子百家的世外高仙菩提祖師。
通臂猿猴的這一番話正是說明菩提祖師是在三界之外的，三界之中的人，自然不知道他的存在。
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