木叶在2代和3代的治理下，形成了两个至关重要的部门：暗部和根部 。他们有着很多的相似之处，特别是外貌上的服装和面具，让一些朋友对暗部和根部傻傻分不清，其实两者还是有很多明显的区别，下面我们就来看一下都有哪些主要区别。
①两者的创立时间和创立者不同
暗部是在二代火影千手扉间上任之初，由扉间主导创办的，对木叶的发展都带来了不错的推进作用。
而根部的成立是在三代火影猿飞日斩上任后，由团藏一手创立的一个组织，后来随着团藏的死亡，木叶在向着和平发展的整顿过程中废除了这一组织。
②两者创立的目的不同
扉间相对柱间在管理上确实要有天分的多，在那个战乱时代，暗部成立的初衷对外是说保护影和预防敌人入侵忍者村的工作，本质其实就是木叶直属于火影的特殊战斗（暗杀）部队，有着他存在的绝对必要性。
而根部的成立，虽然团藏是以为暗部培训部作为借口获得了许可，但事实上根部的成立原因主要是团藏在与日斩的火影之争败下阵后，为了巩固和扩大自己的力量和权利所采取的措施。
③两者在人员补充方式不同
暗部的人员主要是通过在木叶的优质上忍或有特殊能力的一些忍者中进行选拔，其中作为木叶的上忍也可以自行申请进入暗部，暗部挑选成员的考量并不局限于实力，还有性格方面是否合适暗部的工作特性，迈特凯就是那个申请无数次都被拒之门外的上忍。
根部的人员或许主要是通过团藏以养蛊的方式进行残酷培养的一批又一批孤儿，以及从各个家族中寻找有潜质的小孩以威逼利诱地方式进行招纳。
④两者成员的生活方式不同
暗部的成员大都是木叶的上忍，暗部这一职位对他们而言其实本质上就是一项工作，在没有工作的时候，他们与正常忍者是没有区别的。
而根部的成员，那些孤儿从小到大就被残酷的方式进行培养，生活单一，在他们的生命里，只剩下遵守团藏命令这一个选项，生命中只有两个状态，一个是执行团藏命令，另一个是等待团藏下达命令。是一个没有姓名没有感情的工具。
⑤两者的直接领导者不同
暗部是直属于现任火影管理的组织，随着木叶火影的更迭，管理者也一直在随之变化，所以暗部的直接领导者是火影这个职位，而不是某一任的火影。
根从创立到结束，管理者一直是团藏一人，而且里面很多成员都是从幼年开始进行封闭式培养，这些人的资料团藏并没有与木叶高层公开，完全自己一人掌握。
⑥根部更为神秘，某种程度上是对暗部的补充
上文提到暗部的管理方式造成了暗部成员的神秘只是相对于敌方势力或者木叶的普通民众而言，对木叶的一些高层或者朋友间并没有秘密可言，这使他们在执行任务过程中，面具有时候形同虚设，对于一些比较见不得光的任务，顾及很多，有时候不能彻底地完成任务。
而根的存在很大程度上弥补了这方面的问题，根在团藏的授意下，做了许多三代想做而不能做的事情，而且不用担心事情败露或者败露后牵扯到自己，所以虽说根提高了团藏与自己抗衡的能力，但同时，三代也从中获利不少，这也是三代一直没有彻底取缔根这个组织的原因。
03最后总结
总结起来就是暗部的忍者本质上依然是木叶的上忍，暗部对于他们是一个能更好为木叶做出贡献的工作。他们能选择进不进入，也能选择什么时候退出，一切的功绩都会被记在个人名义下。
而根部的人，已经沦为团藏为了牟取利益的工具，不再是正常人，不能拥有情感和自己的是非判断，还被强制施加咒印，一切只能以团藏为首是从，即便做损害木叶的事也不会有任何犹豫，他们的功绩会被认为是团藏的，而一旦进入根部，除非有特殊机遇，否则是很难从里面脱身而出。
做一个比较形象的比喻，就如同一个是特种兵，而另一个是思想被洗脑的特殊教徒。
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