西域地區自漢朝至唐朝前期一直由中原王朝統治或者影響、而中原王朝因為統治需要所以也極力發展佛教隨著時間的推移、西域自然佛教盛行、玄奘西行天竺路過西域時所過之地佛寺甚多。
據史書記載魏晉南北朝時期西域有大大小小佛寺不下4000餘座、可見佛教傳播之盛。然而唐玄宗後期安史之亂後唐朝由盛轉衰、國力迅速衰退、吐蕃趁機崛起強行佔領西域
吐蕃的主要疆域位於我國現在西藏、建國時間和唐朝幾乎一樣公元618年建國、之後和唐朝戰爭頻繁互有勝負。
唐朝疆域廣闊國際環境複雜樹敵太多、無法集中全部力量滅吐蕃、吐蕃滅唐更是不可能。
安史之亂給了吐蕃一個大好機會、唐玄宗安史之亂時急入四川、調集全國之兵平叛、無暇顧及西域吐蕃大舉入侵甚至一度佔領長安。
安史之亂平定後唐朝國力大衰無力奪回西域、西域被吐蕃阻斷。
然而好景不長、吐蕃的強盛剛好遇到阿拉伯帝國的急速東擴、迎面直接撞上吐蕃。吐蕃那個恨、兩線作戰必然失敗、還好唐朝內亂此時正好全力迎戰大食帝國（黑衣大食）。
吐蕃借大唐安史之亂後衰落，完成夙願佔據西域，馬上在蔥嶺以西與東進的大食對峙。唐朝勢力退出西域以後，吐蕃在蔥嶺以西地區與大食爭奪的具體情況記載較少、但至少進行了三次大規模戰鬥吐蕃慘勝、阿拉伯帝國對吐蕃的三次戰爭記載也是不多但從後來再也沒有進攻吐蕃來看應該是肯定受阻。
吐蕃與大食帝國的三次大戰、阻止了阿拉伯帝國的東擴挽救了吐蕃、但同時也重創吐蕃（吐蕃開始內亂）、吐蕃勢力退出西域
唐朝與吐蕃的勢力相繼退出西域後、阿拉伯帝國繼續擴展、以伊斯蘭為首的一些勢力開始進入西域。
宋朝建立以後疆土嚴重收縮、無力控制西域、伊斯蘭教進一步深入。而西遼的統治者起初信仰佛教，所以對伊斯蘭教一度採取敵視態度。後來，為確定和鞏固在西域的統治，西遼對伊斯蘭教採取了寬容政策。
蒙古帝國進入西域後、成吉思汗對所有宗教一視同仁、此時佛教尚有一線生機、而等到西域察合臺汗國的統治者禿黑魯帖木兒統治時情況急轉之下、因為禿黑魯帖木兒皈依了伊斯蘭教也是第一個皈依伊斯蘭教的蒙古汗國統治者、禿黑魯帖木兒掌權之後對西域佛教大肆破壞對異教徒極力打壓佛教在西域幾乎絕跡。
1514年賽義德登汗位，定都葉爾羌，是一個虔誠的穆斯林，他把伊斯蘭教傳播到新疆的幾乎每個地區。
明朝建立後因為北疆蒙古殘部始終未能消滅使其無力 攻取西域、西域不在其統治範圍內所以只能望而心嘆、西域進一步伊斯蘭化、明軍退出哈密後佛教在西域的最後一個據點也最終失守。
清朝時期西域一直動盪不安直到乾隆時期才最終平定、而對於新疆的宗教政策、相比其他王朝宗教控制更加薄弱、且西域伊斯蘭化已經徹底結束
新中國成立以後、對所有宗教一視同仁、平等對待、使得伊斯蘭教在新疆地區繼續發展、而佛教的迴歸之路依舊漫長
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