在1992年，後期為馬三立捧哏的合作者王鳳山也去世了。風格獨特、技藝爐火純青的大師級演員，能夠找到一位功力相當、與之配合默契的搭檔是非常不容易的，況且老來插科打諢，還有年齡匹配的因素。有評論稱“馬、王二位合作配合默契、精逗嚴捧、人藝合一，他們合作表演的每一段相聲都是傳世經典。”痛失臂膀，馬三立的痛心、惋惜可想而知。
但那時的馬三立沒有多少閒餘傷感，相聲、觀眾都需要他。王鳳山逝後，他就只說單口的小段節目了，這一來倒另闢蹊徑，開拓了又一藝術天地，隨著《家傳秘方》《八十一層樓》《講衛生》《練氣功》《賣魚》《內部電影》《老頭醉酒》等小段的廣為流傳，他的保留節目增添了新的內容。他以老者的神態、語氣講笑話，往往從大家熟悉的生活瑣事說起，乍聽起來絮叨細碎，茫無頭緒，可就在你不知不覺間流水無痕地轉入正題了，他仍舊不慌不忙循循善誘峰迴路轉，直至“包袱”設就，從容“抖”開，讓你先怔一下才幡然醒悟忘情失笑，而且越笑越有味道，有時還會依稀咀嚼出一絲哲理來，這就是大師的功力和境界了。
大師的幽默又是不受舞臺限制的，晚年的馬三立似乎隨時隨地能夠抓出笑料，足跡所到之處信手拈來，得心應口，激起笑聲一片。接受採訪或出席活動，往往有人要求拍照，當時還沒有數碼相機，人家剛把照相機舉起來，他隨意問道：“膠捲是正品嗎?”沒等對方反應過來，接著要求：“現在騙人的事太多，不行，先打開看看！”拍照者急了：“一打開膠捲不就……”話到半截，他和在場的人就都樂了，原來是個“包袱”。
馬三立大師去勞教所向失足少年講話，走下汽車就有兩位女警察從兩邊攙扶，記者一路追隨照相，走著走著，馬三立忽然溫和地對女警察說：“能不能由一位扶著我？”女警察不解：“馬老，您年紀大了，兩人扶著走不是更穩當嗎？”他顯出為難的樣子回答：“是，這樣是穩當，可你們看這麼多記者照相，明天一準見報，群眾看見我讓倆警察架著往裡走，會說馬三立這麼大年紀還犯案，這不，被警察押著進監獄了！”此話一出，據說扶著他的兩位女警察彎下身，半天沒直起腰來!
馬三立經常在臺上說相聲時自稱“馬大學問”，其實生活中的他確實愛讀書，到老仍手不釋卷，並且興趣廣泛，博聞強記。他早年的名作多是“文段子”，以擅長文哏著稱，內容離不開引經據典之乎者也，雖然往往是“歪批”，原文卻是貨真價實的。他說來流暢自如，一氣貫通，斷句、語氣準確妥帖，和他在古書上下過很深的功夫是分不開的。他讀書涉獵的面很廣，從古詩文到演義、評話、野史、傳奇、誌異、“笑林”以至科普讀物都讀，為了在相聲中譏諷算卦迷信，還讀了許多相書。他認為相聲演員“肚子是雜貨鋪”，為此他一直忙中偷閒見縫插針勤讀不已。
除了讀書，他還喜歡看戲。戲曲和曲藝歷來不分家，看戲是他的老愛好，結交了許多梨園行的朋友，還能粉墨登場，晚年偶爾在慶典或聯歡性的合作戲中“客串”角色，雖然嗓音欠佳，卻總能為之增色添彩。他還愛好國畫、書法，愛看足球。
1998年，馬三立在中國大戲院參加全市抗洪救災募捐義演，時年84歲。
這是他最後一次登上這家歷史悠久的名劇院舞臺。在此前後，他開始越來越明顯地感覺到身體和精力的變化了。
民間有一種“三短”的說法：春寒、秋暖、老健。指的是這三個現象都難以持久，春寒料峭，接下來就將轉暖入夏;秋日和煦，離凜冽寒冬已然不遠;人老猶健，實際上身體機能衰落的步伐一直沒有停止，到一定時候還會“加速度”。馬三立在紙上寫下了：“風前之燭瓦上的霜 珍惜聲望 莫追時尚”。
前兩句，像是戲中常用來形容桑榆暮景的唱詞，比喻形象而意境蒼涼。後面兩句則是鄭重的自勉，強調老人最後要珍惜和堅守的藝術和人生的準則。
晚年的馬三立始終律己甚嚴，曾經自擬“養心安神十一條不該”和為人處世的“三別、三不、三對、三要”。“十一條不該”中，有“不該辦的事情，莫辦;不該去的地方，不去;不該用的物品，不買;不該要的禮物，不收……不該得的報酬，不要”，“三不”是“不為名利得失傷腦筋，不羨慕妒忌大款大腕，不在藝術上消極灰心”，“三對”是“對自己的聲望，珍惜;對道德品行，端正;對衣食住行，知足。”誰能想到，盛名之下的相聲大師，老來給自己立下這麼多嚴格的規矩。
馬三立晚年，先是住進天津市第一工人療養院，後轉入以他命名的老年公寓，間或也應邀到津郊東麗區“馬三立老人園”小住。
2000年，因身體不適住進醫院檢查，確診為膀胱癌。
2001年接受第一次手術。術後病情緩解，體力虛弱，把吸了五六十年的香菸戒掉了。住院期間仍然樂觀、豁達，笑口常開。術後傷口疼痛，醫生說實在太疼就打止疼針，他問是打杜冷丁嗎?醫生稱是，他知道杜冷丁類麻醉藥容易上癮，忍著疼痛不讓多打，告訴醫生：“少打這樣的針，回頭病好了 出院沒回家，從醫院直奔戒毒所就麻煩了！”在場醫護人員都忍不住笑。
馬老生前，曾借宋人程顥的詩抒懷：“雲淡風輕近午天，傍花隨柳過前川，時人不識餘心樂，將謂偷閒學少年。”
他原為讓人笑的，他堅持到了最後。
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