在一次巡查任務中，馬克和塔爾瑪發現了叛軍的秘密隱藏基地。然而因為飛機靠得太近，遭到了叛軍基地防禦系統的攻擊。馬克命令塔爾瑪迅速返航並呼叫部隊前來支援，自己則去破壞叛軍的通信裝置。本來馬克的計劃一直都比較順利，但是卻突然收到總部的求助呼叫。似乎總部那邊正在遭受某種力量的致命攻擊。
當馬克返回總部時，這裡已經被夷為平地，正規軍幾乎全軍覆沒。馬克完全無法接受這一事實，叛軍何時已經發展到擁有殲滅正規軍的實力了？總部倖存者告知馬克，叛軍的到來完全避開了正規軍的雷達系統，神不知鬼不覺的就將坦克部隊帶到了眼皮子底下。正規軍甚至來不得反應已被打得措手不及。塔爾瑪、英里和菲奧雖然也參加了戰鬥，但是面對強烈的炮火攻擊，三人似乎也未能倖免，成為失蹤人員。
馬克有點懵逼了，到底發生了什麼事？
另一邊，情報部門負責物質配送的“相川留美”居然在叛軍的轟炸之下活了下來，而且毫髮無傷。這到底得有多少的幸運才能次次化險為夷？在總部被殲滅之後，相川留美髮揮了她情報部門獨有的能力，為馬克提供了一手資料和戰略物質，並在馬克的授意下重新編制殘存的部隊。
根據相川留美提供的資料，馬克發現了一些端倪。叛軍之所以擁有了碾壓正規軍的實力，或許就是因為他們和一家名為“奧格瑪”的公司合作。“奧格瑪”公司的首腦就是奧格瑪，一個看起來像是“博士”的老頭，他的公司為叛軍提供了最先進的高科技和資金。而他的目的和動機無人得知，到目前為止並沒有關於“奧格瑪”公司更深一步的資料。
隨著劇情的深入馬克先後遇到了塔爾瑪、英里和菲奧。鐵四角再次重組，成為正規軍部隊的核心力量。而另一邊相川留美將殘存的正規軍進行了編制，併成立了作戰指揮中心，肩負著正規軍最後的使命。在深入叛軍的基地之後，馬克等人發現了叛軍基地中竟然擁有大量超越這個時代的科技。這顯然不是目前的人類可以達到的技術。難道這也是“奧格瑪公司”的傑作？
在相川留美的幫助下，馬克等人捲土重來，帶上最後的裝備衝向叛軍的基地。經過連番苦戰成功的摧毀了摩登基地。然而對於摩登來說，基地被毀並不代表失敗，因為他還有一處秘密的隱藏基地，那裡擁有他最後的底牌：Alator（阿拉托爾）。不過，摩登似乎並不知道“Alator（阿拉托爾）”的來歷。
十年前，正規軍在南極發現了一個遠古的遺址。其中有一個奇怪的機器，也就是後來被命名為：Alator（阿拉托爾）的控制器。當時正規軍負責調查此事的正是摩登將軍，那時候他還沒有叛變。而Alator中存在的信息以人類目前的科技是無法解讀的，因此摩登最終無功而返。不過在這個遺址中也發現了不少有價值的信息。在摩登叛變之後，這裡被打造成為秘密基地，多年來摩登的人一直都在研究“阿拉托爾”。但始終無法參透，甚至無法進入到核心部位。
基地被毀之後，摩登帶領奧格瑪進入了這個秘密基地。讓奧格瑪驚喜的是，居然在這裡找到了失落多年的文明：阿拉托爾。摩登並不知道，奧格瑪擁有啟動“阿拉托爾”的能力，因為這臺控制器本來就是奧格瑪族人的文明。倒黴的摩登再次被盟友背叛，奧格瑪在發現“阿拉托爾”後當場反叛，並放狗驅趕了摩登，掌控了整個秘密基地。在劇情中“阿拉托爾”就是古代人用來記錄歷史的控制器，奧格瑪就是來自3億年前的古代人，也就是“達南族人（全稱是：圖阿汗.德.達南）”。而“阿拉托爾”正是“達南族”創造的文明，用來開啟歷史記錄器，記錄這3億年的歷史演變。
在2億九千年時，整個“達南族”即將消亡之時，為了讓族人可以永遠的延續下去。“達南族”製造了歷史記錄器“魯格斯”和“夫留”，用來記錄未來3億年曆史的演化。而“阿拉托爾”就是歷史記錄器的控制器。達南族的目的在於選擇一條正確的進化之路，這樣的話達南族人就永遠不會消失。他們穿越到3億年後翻閱歷史記錄器，查看這期間生物進化過程是否存在永久性。如果沒有的話就再次回到3億年前，重新開始歷史。而每次歷史重演的時候，他們只需要在其中投下一個小小的契機，歷史就會猶如“蝴蝶效應”一樣展開，如果最終生物進化在3億年後仍然沒有終點的話，就說明這次的歷史可以作為“達南族人”演化的參考，只要按照相同的歷史進程就可以得到相同的結果。
最初的幾次歷史都比較順利，然而反覆的歷史實驗讓時空扭曲，出現了大量無法預料的事件。達南族也就是在這一段歷史中，遺失了控制器“阿拉托爾”。而在經過億年的沉寂，“阿拉托爾”控制的歷史記錄器“魯格斯”、“夫留”居然出現了自我意識，成為擁有無限進化能力的“怪物”。
奧格瑪啟動了“阿拉托爾”，準備收回歷史記錄器“魯格斯”和“夫留”，並抹殺這三億年的歷史記錄重新開始。
然而如果重新開始的話，那麼這段歷史將不復存在，人類的整個進化史都會被抹殺。得知真相的馬克四人奮起反抗，這可是關係著整個地球的命運啊！經過艱苦的一戰後，正規軍勉強擊敗了歷史記錄器之一的“魯格斯”。然而令奧格瑪意外的是，另一個歷史記錄器“夫留”突然吞噬併合並了“魯格斯”，成為一個巨大的“肉球”，將正規軍四人吞噬，而且還在不斷進化。
難道這就是進化的最終秘密？
馬克開始質疑奧格瑪的理論。生命的進化本來就存在無限可能性，為什麼要阻止？為什麼要改變？順其自然不是很好嗎！達南族最終走向沒落，這似乎就已經說明了不會存在永遠的種族，只有通過不斷的進化才能建立更好的生命秩序。
如果任由歷史記錄器進化下去，或許整個世界都都會被吞噬。相川留美將她的運氣送達給每一位正規軍成員，在她的幫助下最新型的Metal Slug直接穿透了肉球來到馬克眼前。而另一邊發現事態嚴重的奧格瑪，最終選擇和正規軍一條陣線，希望可以控制“夫留”。
然而似乎一切都太晚了。人類根本無法對這隻怪物造成任何傷害。
這，已經不是人類可以抗衡的了。
為了營救正規軍成員，相川留美親自駕駛飛機衝進了肉球。奧格瑪望著眼前不斷膨脹的“夫留”，此時他才明白馬克說得沒錯，自然進化才是生命的真諦。於是他通過族人的科技將“夫留”短暫的控制住，為正規軍創造了逃離的空間。馬克勸奧格瑪一起走，然而奧格瑪不願放棄屬於“達南族”的文明。
隨著一陣爆炸，整個基地被夷為平地，“夫留”也徹底消失。奧格瑪一族不知所蹤。
人類的命運將何去何從？沒人知道。進化就是一個取代過程，沒有人可以真正的控制萬物的生長。
在彩蛋中，完成歷史使命的相川留美悄悄的溜出了指揮所，繼續履行她的職責，當一名物資配送員。擁有幸運之神眷顧的相川留美，在任何時候都是非常走運的。這一次她又遇到了大難不死的奧格瑪，看來奧格瑪已經成功的控制了“夫留”，然而他卻將歷史記錄器交給了相川留美。“我們也是一個無法抗拒滅亡的種族啊，希望你們人類可以找到答案。”說完之後奧格瑪進入了時空之門。
遊戲的最後字幕：歷史的長河，生生不息
一切似乎又回到了原點，正規軍和叛軍的戰鬥永無止盡。而這段故事僅存於《合金彈頭3D》中，並沒有被載入正統劇情。
小編的圖文主要專注於街機遊戲和紅白機，希望可以喚起這代人的美好回憶。
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