摘要
N6腺苷(M6A)甲基化在多種生物學過程中起著重要作用。然而，關於M6A跨癌症類型重建的知識仍然缺乏。在這裡，我們系統地分析了代表33種癌症類型的10000多名受試者中M6A調節劑的分子改變和臨床相關性。我們發現，M6A調節器存在廣泛的遺傳改變，並且它們的表達水平與癌症標誌相關通路的活性顯著相關。此外，M6A調節因子被發現對預後分層有潛在的幫助，我們確定IGF2BP3是一個跨越多種癌症類型的潛在癌基因。我們的結果提供了一個有價值的資源，將指導對M6A調節劑在癌症中的作用的機制和治療分析。
研究結果
圖1：M6A調節子的泛癌基因和表達變化。
A：M6A調節器示意圖。
B：讀取器、寫入器和擦除器在M6A調節器中的比例。
C：M6A調節因子在33種癌症類型中的突變頻率。
D：不同癌症類型間m6A調節因子的CNV改變頻率。每個網格的上半部分顯示缺失頻率，下半部分顯示擴增頻率。17種癌症中M6A調節基因表達的改變。熱圖顯示了摺疊的變化，紅色代表上調的基因，藍色代表下調的基因。15種癌症中IGF2BP3在腫瘤和正常組織中表達分佈的F盒圖。
圖2：M6A調節劑與癌症通路的激活和抑制相關。
A：網絡圖顯示了M6A調節劑和癌症通路之間的相關性。紅色代表正相關，藍色代表負相關。節點的大小對應於鏈路的數量。
B：通路的數量與單個M6A調節子相關。上面的面板用於正相關的通路，底部的面板用於負相關的通路。
C：M6A調節因子表達之間的相關性。散點圖顯示了WTAP和RBM15之間的相關性。D M6A調節劑之間的蛋白質-蛋白質相互作用。
圖3：M6A調節劑在不同癌症類型中的臨床相關性。
A：M6A調節因子的表達與患者生存期關係的綜述。紅色代表M6A調節因子的高表達與較差的存活率相關，而藍色代表與較好的存活率相關。僅顯示p值<0.05。
B：不同癌症類型的風險比分佈。
C：熱圖顯示基於M6A調節因子表達的腎癌患者的聚集性。
D：按M6A調節因子整體表達模式分組的患者的Kaplan-Meier生存圖。
結論
我們已經證明了RNA甲基化調節因子在癌症類型中普遍存在的遺傳和表達變化。這些M6A調節因子與癌症通路的激活和抑制密切相關，也與預後相關的腫瘤亞型相關。總之，這種對M6A調節因子分子改變和臨床相關性的系統分析為理解RNA甲基化失調奠定了重要的基礎。它還將為相關治療靶點的開發提供洞察力。
DOI：10.1186/s12943-019-1066-3
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