黑河市由黑龍江而得名，歷史上曾有大黑河屯、安巴薩哈連之稱。
黑龍江歷史上曾稱為浴水、黑水、望建河、室建河、烏桓水、石裡罕水。蒙語稱哈拉穆連，滿語稱薩哈連烏拉，鄂溫克語稱卡拉穆爾，皆是“黑水”“黑河”“黑江”的意思
清康熙二十二年（1683）十月清政府於黑龍江左岸（當時為中國屬地，今屬俄羅斯阿穆爾州）舊璦琿城置黑龍江將軍衙門，為黑河地區置政建制之始。清康熙二十四年（1685）黑龍江將軍衙門遷至黑龍江右新瑗琿城（今黑河市愛輝區璦琿鎮）。清康熙二十九年（1690）黑龍江將軍衙門移駐墨爾根城（今嫩江縣城），置璦琿副都統留守原城從屬於黑龍江將軍。清宣統元年七月（1909）裁撤璦琿副都統，改設璦琿兵備道。1912年8月26日璦琿兵備道遷入黑河，改稱黑河兵備道，屬黑龍江省都督府。1913年9月1日改稱黑河觀察史。1914年5月23日改稱黑河道。1929年2月15日改設黑河市政籌備處，屬黑龍江省。1933年1月25日日本侵略者佔領黑河，並於當年5月撤銷黑河市政籌備處，改設黑龍江省駐黑河辦事處。1934年12月1日置偽黑河省公署，屬偽滿洲國中央政府。1945年8月10日蘇聯紅軍出兵解放黑河。1945年11月中旬黑龍江省工委派王肅等人到黑河開闢工作，成立第一個民主政權——黑河地區行政辦事處，屬嫩江省，12月4日改屬黑龍江省。1946年9月7日黑河地區行政辦事處更名為黑河地區行政督察專員公署，為省政府派出機構。1947年2月7日改稱黑嫩省第五行政督察專員公署。同年9月17日改稱黑龍江省黑河行政督察專員公署。1950年1月16日再改稱黑河區專員公署。1955年4月19日黑河地區專員公署更名為黑河專員公署（簡稱專署）。1979年2月8日成立黑河地區行政公署（簡稱黑河行署）。1992年被批准為全國首批沿邊開放城市，設有黑河、遜克、孫吳三個國家一類口岸及國家級邊境經濟合作區和中俄邊民互市貿易區。1993年3月黑河地區改設黑河市（地級），原黑河市（縣級）改設愛輝區。
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