春秋戰國時期，此地先後屬吳、越。秦時建東陽縣，屬東海郡。漢為東陽、平安、射陽三縣地，先後屬臨淮、廣陵郡。隋初置安宜縣。唐上元三年農曆四月十六日（762年5月14日）因真如獻寶，肅宗傳旨上元三年改為寶應元年，安宜縣更名為寶應縣。南宋期間，先後升為寶應州、寶應軍，領寶應、鹽城、山陽、淮陰等縣。
明隸高郵州。清屬揚州府。民國期間先後屬淮揚道、淮陰行政督察區。縣境解放時，屬蘇皖邊區第二行政區。中華人民共和國建立初，先後屬蘇北行政公署揚州、泰州專區。1953年1月寶應隸屬江蘇省揚州專區。1960年初，析寶應湖以西置金湖縣。1983年3月，隸屬揚州市。
1996年，寶應縣面積1467.5平方千米，人口91萬人。轄13鎮17鄉：城鎮、子嬰河鎮、天平鎮、射陽湖鎮、山陽鎮、小官莊鎮、夏集鎮、望直港鎮、魯垛鎮、西安豐鎮、氾水鎮、曹甸鎮、廣洋湖鎮、黃浦鄉、石橋鄉、黃塍鄉、城郊鄉、氾光湖鄉、長溝鄉、郭橋鄉、蘆村鄉、韋鎮鄉、下舍鄉、柳堡鄉、小尹莊鄉、水泗鄉、涇河鄉、中港鄉、獐獅蕩鄉、沿河鄉。縣政府駐城鎮。
2000年，寶應縣進行鄉鎮行政區劃調整：撤銷中港鄉，將其原轄區域併入安宜鎮；撤銷天平鎮，將其原轄區域併入射陽湖鎮；撤銷子嬰河鎮、郭橋鄉，將這兩個鄉鎮的原轄區域併入夏集鎮；撤銷廷柏鎮（即小尹莊鄉）、蘆村鄉、柳堡鄉，將這三個鄉鎮的原轄區域合併，設立柳堡鎮；撤銷氾光湖鄉、石橋鄉、韋鎮鄉，將這三個鄉的原轄區域併入氾水鎮；撤銷獐獅蕩鄉，將其原轄區域併入望直港鎮；撤銷下舍鄉，將其原轄區域併入曹甸鎮；撤銷長溝鄉，將其原轄區域併入山陽鎮；撤銷黃浦鄉，將其原轄區域併入涇河鄉。調整後轄14個鎮、2個鄉。
2000年第五次人口普查，全縣總人口869972人，其中：安宜鎮171789人，氾水鎮77769人，夏集鎮58721人，柳堡鎮51202人，射陽湖鎮54942人，廣洋湖鎮31601人，魯垛鎮34014人，小官莊鎮29223人，望直港鎮56440人，曹甸鎮63782人，西安豐鎮33630人，山陽鎮55526人，黃塍鎮26092人，涇河鄉57492人，水泗鄉32204人，沿河鄉35545人。
2001年，江蘇省民政廳（蘇民區[2001]61號）批准同意撤銷涇河鄉，以原轄區域設立涇河鎮，實行鎮管村的體制（2002年揚府復[2002]6號文件和2002年1月17日寶應縣人民政府寶政發[2002]6號文件批覆同意）。
2002年，寶應縣總面積1461平方千米，其中建成區面積13.09平方千米；轄15個鎮、1個鄉：安宜鎮、範水鎮、山陽鎮、曹甸鎮、魯垛鎮、西安豐鎮、望直港鎮、小官莊鎮、夏集鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、柳堡鎮、黃塍鎮、涇河鎮、沿河鎮、水泗鄉，共有53個居委會、235個村委會。
2003年10月，射陽湖鎮與水泗鄉合併設立新的射陽湖鎮。合併後，射陽湖鎮面積194平方千米，人口9.35萬人，轄33個行政村、3個居委會，鎮政府駐橋南村。2003年底，寶應縣總面積1461平方千米，其中建成區面積13.09平方千米；轄15個鎮：安宜鎮、範水鎮、夏集鎮、柳堡鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、魯垛鎮、小官莊鎮、望直港鎮、曹甸鎮、西安豐鎮、山陽鎮、黃塍鎮、涇河鎮、沿河鎮，共有51個居委會、234個村委會。
2004年底，寶應縣總人口91.99萬人，轄15個鎮：安宜鎮93.91平方千米/93000人，範水鎮167.55平方千米/84058人，夏集鎮122.00平方千米/61074人，柳堡鎮167.34平方千米/54028人，射陽湖鎮面積181.50平方千米/92899人，廣洋湖鎮面積90.20平方千米/37935人，魯垛鎮61.30平方千米/34809人，小官莊鎮面積46.00平方千米/30774人，望直港鎮面積90.00平方千米/59843人，曹甸鎮100.00平方千米/70984人，西安豐鎮面積58.54平方千米/36742人，山陽鎮123.43平方千米/57786人，黃塍鎮42.00平方千米/28323人，涇河鎮83.17平方千米/60790人，沿河鎮47.44平方千米/39302人。（數據來源於《江蘇省統計年鑑》）
2005年10月，經江蘇省政府批覆同意（蘇政復[2005]89號文件），沿河鎮與安宜鎮合併設立新的安宜鎮，鎮政府駐安宜。行政區劃調整後，新的安宜鎮行政區域面積153平方千米，人口19.95萬人，轄21個居委會、21個村委會。至此，寶應縣轄14個鎮：安宜鎮、範水鎮、夏集鎮、柳堡鎮、射陽湖鎮、廣洋湖鎮、魯垛鎮、小官莊鎮、望直港鎮、曹甸鎮、西安豐鎮、山陽鎮、黃塍鎮、涇河鎮。
2009年末，寶應縣總面積1461平方千米、總人口29.98萬戶、91.61萬人。其中：安宜鎮141.35平方千米/126000人，範水鎮167.55平方千米/90151人，夏集鎮122平方千米/63000人，柳堡鎮167.34平方千米/51787人，射陽湖鎮181.5平方千米/90220人，廣洋湖鎮90.2平方千米/36706人，魯垛鎮61.3平方千米/33339人，小官莊鎮46平方千米/30736人，望直港鎮90平方千米/60645人，曹甸鎮100平方千米/61671人，西安豐鎮58.39平方千米/35588人，山陽鎮122.77平方千米/55011人，黃塍鎮42平方千米/27275人，涇河鎮83.17平方千米/59536人。（數據來源於《江蘇省統計年鑑》）
2012年4月11日，寶應縣政府寶政發[2012]79號文件：經省、市批准，同意範水鎮恢復原名氾水鎮。經縣政府研究決定，從2012年5月1日起，正式啟用氾水鎮名稱。
2003年寶應縣行政區劃（根據《江蘇省2003年底村及村以上代碼》整理） 安宜鎮 2003年，轄個社區和個行政村。閘北、羅巷、劉溝、東門、學墩、城中、安宜、畫川、牌樓、桃園、蘇中、安民、泰山東村、白田、大橋、鐵橋、東昇、世紀園、齊心、三里）；村委會（花莊、北港、西郊、西港、北閘、南閘、西劉堡、湖漁業）。 範水鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。東園、紅旗、勝利、東風、花園、西園、北園）；村委會（成莊、郎兒、長沙、戈店、石橋、龍河、太平、江寶、新陽、高陽、韋北、柘溝、京杭、五里、牌坊、範西、新蕩、新民、蘇律、迎豐、宋埠）。 夏集鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。鎮中、郭氏橋、虹橋）；村委會（雙琚、蘇雅、夏集、雙塘、蔣莊、趙雍、潼口、塘北、友映、相莊、三洋河、王營、衛星、王橋、豐收、萬民）。 柳堡鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。亞寶、豔陽天、蘆村）；村委會（迎湖、鄭渡、柳堡、團莊、雍尹、廷柏、壽林、王通河、建設、仁裡、張元、新安、聯豐、清元、蘆東、鄔陽、塘新）。 射陽湖鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。臧陳、天平、水泗）；村委會（橋南、油坊、王坤、高夏、四聯、廖徐、戴莊、平江、風車頭、姬風、馬墩、泗河、槐樹、大橋、柳樹、趙勤、平南、射南、吉新、蔣堡、林上、落潮、姜莊、鵝村、錢溝、黃蕩、潘舍、戴堡、刁夷、衝林、魏蕩、新農、向陽）；射陽湖漁業村委會。 廣洋湖鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。興洋）；村委會（鶴灣、葛莊、嚴橋、橋頭、白鼠、蒯家、西溪、三聯、東溪、肖家、蘭亭、東進）。 魯垛鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。魯垛集鎮）；村委會（陶林、賈林、朱鬥、魯垛、三新、鑑青、五頃、盪口、魯莊、崔王、陳幸、何家）。 小官莊鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。小官莊集鎮）；村委會（小官莊、誠忠、祖全、南場、範溝、石先、王圩、雙閘、楊蔣）。 望直港鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。興港、獐獅蕩）；村委會（北河、國強、火花、張樓、興旺、大樹、和平、軍師、蛤拖、馬垛、吳堡、西蕩、月蟾、望直、仲墩、獅莊、牌樓、南沙、北沙）。 曹甸鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。曹甸、下舍）；村委會（曹甸、曹南、溪北、茆舍、金吾、李溝、康莊、屈舍、舍新、下舍、官河、夏莊、甄莊、梁沙、三元、新南、郝舍、崔堡、周管、陸莊、黃家、古塔）。 西安豐鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。西安豐鎮、集豐、天亭）；村委會（朱郭、崔渡、南舍、花亭、林溪、張吉、苗圃、太倉）。 山陽鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。山陽、萬緣）；村委會（興同、龔陳、沿湖、金莊、春光、楊河、徐莊、合心、吳壩、大東、徐楊、中南、順河、光輝、頌陽、公民）。 黃塍鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。黃鎮）；村委會（徐甸、小垛、新豐、聯合、江跳、大陸、大李莊、魚橋）。 涇河鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。涇河、張橋、黃浦集鎮）；村委會（涇河、涇農、錢莊、大同、黃浦、劉家潭、曹壩、劉上、陳東、臺許、東紅、虹橋、松竹、灶戶、左堡、蔡橋、陳橋、張北）。 沿河鎮 2003年，轄個居委會和個行政村。南窯）；村委會（鄭河、劉堡、賈橋、陳家、潘橋、劉莊、官溝、郭莊、船閘、三團、白田）。 開發區管委會：轄村委會（七里、金灣）。
《江蘇省政府關於寶應縣部分行政區劃調整的批覆》（蘇政復[2003]88號 2003年10月15日）
揚州市人民政府：
你市《關於撤銷寶應縣水泗鄉併入射陽湖鎮的請示》（揚府發[2003]112號）悉。現批覆如下：
同意將寶應縣射陽湖鎮與水泗鄉合併設立射陽湖鎮，鎮政府駐射陽湖鎮橋南村。行政區劃調整後，射陽湖鎮行政區域面積194平方公里，人口9.35萬人，轄3個居委會、33個村委會。
行政區劃調整涉及面廣，政策性強，請你市切實加強領導，精心組織，周密部署，確保社會穩定。《江蘇省政府關於同意調整寶應縣部分行政區劃的批覆》（蘇政復[2005]89號 2005年10月17日）
揚州市人民政府：
你市《關於撤銷寶應縣沿河鎮併入安宜鎮的請示》（揚府發[2005]124號）悉。經研究，批覆如下：
同意將寶應縣沿河鎮與安宜鎮合併設立新的安宜鎮，鎮政府駐安宜。行政區劃調整後，新的安宜鎮行政區域面積153平方公里，人口19.95萬，轄21個居委會、21個村委會。
行政區劃調整工作政策性強，望你市切實加強領導，精心組織，周密部署，確保社會穩定。
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