(一)清代行政區劃
據〔光緒〕《新疆志》和《新疆四道志》記載，新疆瑪喇巴什廳轄地30個，其中，圖木舒克市境內有新地莊（今四十四團境內）、賽子可莊(今四十四團境內)、艾哈塔木莊（今五十一團駐地東）、圖木舒克莊（今五十一團駐地）、車底庫勒莊（今五十一團唐託格拉克以北）、筆架生莊（今五十三團駐地）6個村莊。
據《新疆圖志•建置志》記載，清末巴楚州將原來30個村莊合併為8個，領屬小村75個，其中：下五臺莊（領村9個）、上五臺莊（領村19個）、阿瓦臺莊（領村8個）的部分村莊在今圖木舒克市境內。
（二）民國時期行政區劃
1943年11月(民國32年)，巴楚縣全面推行保甲制，全縣分為1鎮6鄉58保1330甲。圖木休克為民治鄉，下轄8保123甲。
1944年（民國三十三年），巴楚實行鄉、保、甲制，全縣設1鎮6鄉58保。圖木休克行政建制為6鄉之一，稱為民治鄉，下轄8個保。
1943年11月(民國32年)，巴楚縣全面推行保甲制，全縣分為1鎮6鄉58保1330甲。圖木休克為民治鄉，下轄8保123甲。
（三）新中國成立後的行政區劃
1950年7月，巴楚縣在圖木休克成立第三區政府，下轄唐王城鄉、英買力鄉、阿克塔木鄉、唐託格拉克鄉、夏河鄉、齊幹卻勒一鄉、齊幹卻勒二鄉、皮恰克松地鄉等8個鄉政府。
1954年區劃調整，將原來的6個區42個鄉改為8個區54個鄉。圖木休克成為圖木休克三區，唐土拉克稱為唐土拉克四區。
1955年，巴楚縣、鄉人民政府改為縣、鄉人民委員會。唐土拉克區併入圖木休克區。
1958年7月 巴楚縣人民公社化，將全縣6個區改為5個人民公社，圖木休克區公所改為圖木休克公社管理委員會，下轄英曼裡管理區、阿克塔木管理區、皮恰克管理區、齊幹卻勒管理區、畜牧場、加工廠、糖廠。同年，自治區農墾廳在圖木休克組建農場，圖木休克為第一農場，巴楚縣蓋米里克農場劃歸農墾廳管理，改為圖木休克第二農場。
1960年，自治區農墾廳在圖木休克組建巴楚總場，原圖木休克第一、第二分場改為巴楚總場一、二分場。
1961年，巴楚縣行政區劃調整為4個區，18個公社。圖木休克為二區，下轄英買力、阿克塔木、齊幹卻勒、皮恰克松地、夏河5個公社和畜牧場、加工廠、糖廠。
1964年12月，巴楚縣區劃變動,將4個區改劃為8個相當於區級的公社。圖木休克是8個公社之一，下轄英曼裡管理區、阿克塔木管理區、皮恰克管理區、齊幹卻勒管理區、畜牧場、加工廠、糖廠。
1965年3月，巴楚縣圖木休克公社與農墾廳圖木休克墾區合併，成立農墾廳巴楚總場。圖木休克公社的居民和土地，除夏河林場外，都劃歸墾區。總場下轄圖木休克、英買力、唐託格拉克、齊幹卻勒、麻扎霍加、夏河、硝爾闊坦、皮恰克松地、蓋米里克、小海子等10個分場，總場場部設在圖木休克。
1965年3月 圖木休克公社與自治區農墾廳巴楚總場合並，成立農墾廳圖木休克總場。總場下轄圖木休克、英買力、唐託格拉克、齊幹卻勒、麻扎霍加、夏河、硝爾闊坦、皮恰克松地、蓋米里克、小海子10個分場，總場場部設在圖木休克。
1969年2月24日 圖木休克總場劃歸農三師建制，原總場所屬分場改為團級農場建制。硝爾闊坦改為四十四團，蓋米里克改為四十九團，麻扎霍加、夏河分場合改為五十團，圖木休克分場、英買力分場、阿克塔木分場改為第五十一團，唐託格拉克分場、齊幹卻勒分場合改為五十二團，皮恰克松地分場改為五十三團，小海子水管處改建為水利工程團。
10月15日，圖木休克總場永安壩修配廠改為師第二修配廠；農一師的下河畜牧場分別編入農三師副業隊和五十團。
10月24日，小海子水庫管理處與建築工程二團合併為農三師水利工程團。
1975年5月，撤消農三師及其所屬團場、單位轉隸喀什地區領導,地區成立農墾局，負責各團場的業務管理。
1976年2月16日，小海子墾區相繼撤團改稱農場。
1982年3月4日，水工團劃分為工程團與小海子水庫管理處，歸喀什地區農墾局管理。
2002年7月，自治區確定圖木休克市下轄四十四團、四十九團、五十團、五十一團、五十二團、五十三團、小海子水管處6團1處。市人民政府駐齊幹卻勒。
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