在2017年發生了很多事情，其中很多我已經忘記，但是有一件事，直到現在我都難以平復當時的心情。
那件事緣起於一篇發表於世界最頂尖生物技術期刊《自然-方法》（Nature Methods）上的論文，名為《CRISPR/Cas9在體編輯後妹想到的基因突變》（Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo）[1]。
這篇論文一經發表，就在生命科學圈裡掀起了一場地震，據說當天就讓基因編輯領域兩大泰斗張鋒和詹妮弗·杜德娜的公司股價暴跌。因為它提出了一個非常可怕的觀點——用CRISPR/Cas9編輯過基因的小鼠身上會出現一千多個無法預測的基因突變！
那時候，CRISPR/Cas9正在朝著醫療領域大踏步前進。醫療技術最重要的是啥？安全！治不好人大不了不用，治出問題來那就出大事了。學界一直認為CRISPR/Cas9是一種極其精確且安全的基因編輯技術，能夠高效可控地改變生物的基因[2,3]。這篇文章的橫空出世，幾乎要徹底葬送這個有著數萬億美元產值的朝陽產業。真是杜德娜看了會沉默，張鋒看了想打人有木有。
而我們，作為這個領域的從業者，自然也在第一時間看了這篇文章。看完之後，心中唯一的感受是……
只不過我們震驚的不是它嚇死個人的結論，而是，
這項研究實在是做得太不像話了……
其實對於這個結論我們一開始就是拒絕的，畢竟2017年已經是CRISPR/Cas9開始大規模應用的第五個年頭，同時也是我讀研的第五個年頭了（哭），全世界已經有成千上萬的實驗室做了成千上萬的研究了，這得多心大才能集體疏忽這麼多基因突變啊。
然後再看研究的內容，整個實驗室的人瞬間都不好了。
這些人幹了個什麼事呢？簡單來說，他們用CRISPR/Cas9技術編輯了兩隻小鼠的基因，然後把這兩隻老鼠和同一個“近交系”的老鼠比對了一下基因，結果發現除了CRISPR/Cas9靶向的位點以外還有一千多處基因的差異，於是得出結論，CRISPR/Cas9會導致意料之外的基因突變。
誒？乍一看好像沒啥問題嘛。問題大了，要理解問題在哪，首先要明白啥叫小鼠近交系。我們都知道，大多數情況下，你和隔壁老王基因差得比較遠，而你和你父母兄弟姐妹的基因則比較接近。那麼人和人的基因還能更相似一些嗎？可以，比如兄弟姐妹之間近親結婚，生下的小孩之間的基因就會更加相似。
而人類對小鼠做的事情更加誇張一些，有些小鼠家庭被連續近親繁殖了十幾代，那麼這些小鼠家族的基因就會非常非常非常相似，這樣的小鼠家族就叫一個“小鼠近交系”。不過，即便是近交系內部的小鼠，彼此間的基因還是有那麼一點點差別的，更何況每代小鼠多多少少會出現一些新的基因突變。
而這篇論文最大的問題就是，它完全沒考慮小鼠之間本來就有的基因差異，把所有凡是能找到的基因上不同的地方，通通歸咎於CRISPR/Cas9導致的基因突變。
我從未想過有生之年竟然會在一本一線期刊上看到犯這種低級錯誤的研究。
好吧，老司機當然也有可能翻車，這種史詩級翻車現場歷史上也不是沒有先例。不過這次翻車實在是影響有點大。一般來說，就算期刊編輯眼瞎，但研究人員不會集體犯傻，不靠譜的研究通常都會被無視。但這次不知咋的，論文一面世就被媒體吹上了天，一般的民眾可沒這種鑑別能力，一看頂尖期刊都這麼說了，自然會以為基因編輯沒前途，於是就有了開頭股票暴跌的那一幕。
眼看場面快控制不住，世界各國科研人員給《自然-方法》寄的批駁信簡直堪比哈利·波特的錄取通知書[4-10]。為此《自然-方法》前前後後發了好幾篇編輯評論，就直接附在原文後面，反覆說明這篇文章的結論有問題。
為什麼要這樣呢？因為按照學術界的慣例，只有一篇文章所有主要作者都同意撤稿的情況下才能被撤稿。編輯做到這份上意思很明顯了，就是勸你主動撤稿嘛，大家都留個面子。然而萬萬沒想到這次遇上了個釘子戶——半年多里，Alexander G. Bassuk等幾位通訊作者就是不同意撤稿。
然後才出現了今年3月30日的奇幻結果——《自然-方法》最終基本是單方面決定，在通訊作者全都不同意的情況下，強行撤稿了這篇論文，也算是打破了學術界的慣例。
不過這事還沒完，學術界還有一個問題沒滿意，這麼稀爛的文章，當初是怎麼被《自然-方法》接收的呢？撤稿聲明的大概意思就是，這篇文章當初也是有同行評議的，只是那些評議人剛好都不太懂小鼠近交系神馬的啦[11]。
好吧，我就假裝信了吧。
反正這場風波其實對我們實驗室也沒啥影響。
好吧，其實也有一點……
有位師兄（就是去年敲除染色體那位）當時一看到這篇論文，馬上一拍大腿說，艾瑪好機會啊，我立刻用非常嚴謹的科學方法重做一下論文的工作，然後得出否定的結論反駁它，不就白撿一篇Nature methods嘛。
結果工作剛鋪開，文章就撤稿了。
作者名片
參考文獻：
1. Schaefer, K. A., Wu, W. H., Colgan, D. F., Tsang, S. H., Bassuk, A. G., & Mahajan, V. B. (2017). Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo. Nature methods, 14(6), 547-548.
2. Kim, D., Bae, S., Park, J., Kim, E., Kim, S., Yu, H. R., ... & Kim, J. S. (2015). Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells. Nature methods, 12(3), 237.
3. Kleinstiver, B. P., Pattanayak, V., Prew, M. S., Tsai, S. Q., Nguyen, N. T., Zheng, Z., & Joung, J. K. (2016). High-fidelity CRISPR–Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects. Nature, 529(7587), 490.
4. Kim, S. T., Park, J., Kim, D., Kim, K., Bae, S., Schlesner, M., & Kim, J. S. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”. Nature methods.
5. Wilson, C. J., Fennell, T., Bothmer, A., Maeder, M. L., Reyon, D., Cotta-Ramusino, C., ... & Albright, C. F. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”. Nature methods.
6. Lareau, C., Clement, K., Hsu, J. Y., Pattanayak, V., Joung, J. K., Aryee, M. J., & Pinello, L. (2017). “Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo” are most likely pre-existing sequence variants and not nuclease-induced mutations. bioRxiv, 159707.
7. Schaefer, K. A., Wu, W. H., Colgan, D. F., Tsang, S. H., Bassuk, A. G., & Mahajan, V. B. (2017). Response to Editas: Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo. bioRxiv, 154450.
8. Caleb A Lareau, Kendell Clement, Jonathan Y Hsu, Vikram Pattanayak, J Keith Joung, Martin J Aryee & Luca Pinello. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”. Nature methods.
9. Reynald M Lescarbeau, Bradley Murray, Thomas M Barnes & Nessan Bermingham. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”. Nature methods.
10. Lauryl M J Nutter, Jason D Heaney, K C Kent Lloyd, Stephen A Murray, John R Seavitt, William C Skarnes, Lydia Teboul, Steve D M Brown & Mark Moore. (2018). Response to “Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”. Nature methods.
11. Retraction note: doi:10.1038/nmeth.4293
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