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逆轉錄病毒進入宿主細胞，病毒基因組RNA通過逆轉錄酶逆轉錄為DNA，整合到宿主基因組中成為一種內源性逆轉錄病毒，組成該細胞基因組的一部分。大多數人熟悉的導致AIDS的人類免疫缺陷病毒（HIV）就是一種外源性逆轉錄病毒。HIV可以在基因組中保持長久的沉默狀態，也可能劫持細胞作為病毒工廠來製造更多的傳染性HIV病毒副本，組裝釋放後感染其他免疫細胞。
逆轉錄病毒在人類演化中作用
當病毒將其基因組整合到的宿主為生殖細胞精子或卵細胞時，後代的每一個細胞中都有一個病毒基因組的副本，成為完全的內源性逆轉錄病毒（下圖），真核生物積累了大量內源性逆轉錄病毒，許多內源性逆轉錄病毒家族存在於整個人類基因組中，約佔人類基因組DNA中的8%，與HIV不同的是，這些古老的逆轉錄病毒早在很久以前就已經融入了基因組，並且已經積累了突變，使它們成為無傳染性的人類內源性逆轉錄病毒（human endogenous retrovirus，HERVs)。
基因隨機突變是一種非常緩慢的進化方式，可以對基因組進行持久的改變。逆轉錄病毒已經被證明是一種快速引入外源基因的方法，從而引導人類演化的進程，下圖為人類演化過程中的內源性逆轉錄病毒插入事件。逆轉錄病毒蛋白質都是已經有功能的蛋白質，生物用這些DNA作為進化材料比從頭開始進化要容易得多。當然這種利用需要經過長期的鬥爭和馴化，體現在更為精細的表觀遺傳機制。內源性逆轉錄病毒為細胞提供了更多的材料進行復雜的進化，但是，也需要更多精細的調控，這些調控包括蛋白水平調控、轉錄水平、DNA甲基化和組蛋白乙酰化調控，這些機制隨著病毒DNA大量積累而進化。
內源性逆轉錄病毒對人類胚胎髮育至關重要
2015年發表在Cell Stem Cell上的一篇研究表明，人類胚胎只有一到兩個細胞時，內源性逆轉錄酶活性最強。
HERV-H只在人類和類人猿來基因組中，在不到2000萬年前侵入靈長類動物，在人類胚胎幹細胞中非常活躍，HERV-H轉錄後的RNA能通過調控其他基因，維持早期的胚胎細胞多能性，阻止HERV-H的RNA的合成會導致胚胎髮育停止。
HERV-K基因是20萬年前插入人類基因組的最新內源性病毒，在胚胎只有8個細胞時活躍（上圖），在人類基因組中的幾份拷貝仍然可以產生病毒蛋白質。HERV-K能夠激活一些幫助將單細胞發育成嬰兒的關鍵基因。研究人員在2015年的自然雜誌上發表文章稱，HERV-K也有助於保護細胞免受其他病毒的感染。
