1271年蒙古大汗忽必烈定国号为元，乌思藏（今西藏中部、西部刻有八思巴文的令牌 及其迤西地区）、朵甘等地成为统一的多民族的大元帝国的一部分，西藏地方从此正式纳入中国中央政府的直接管辖之下。
元朝统一中国后，根据藏族地区的实际情况，采取了一系列影响深远的施政措施：
首次设置中央机构总制院（1288年改称宣政院），掌管全国佛教事务及西藏等地的军政事务。宣政院使（主管官员）一般由丞相兼任，副使由帝师举荐的僧人担任。
在西藏清查民户、设置驿站、征收赋税、驻扎军队、任命官员，并将元朝刑法、历法在西藏颁行。任用藏族僧俗担当从中央到地方高级官吏。乌思藏、朵甘等地行政机构之设裁及官员的任免、升降、赏罚，皆听命于中央。划分西藏地方行政区域。元朝中央在藏族地区设了三个不相统属的宣慰使司，均直属宣政院管理，这就是藏文史书中所说的“三区喀”。
就今西藏自治区的地域而言，当时分归其中两个宣慰使司管辖——今拉萨、山南、日喀则、阿里等地归乌斯藏宣慰司管辖；今昌都一带及那曲市东部归朵甘宣慰司管辖。元朝在乌思藏等地清查户口，确立差役，征收赋税，建立驿站，派驻军队，镇守边疆。乌思藏宣慰司设在萨斯迦（今西藏萨迦），下设13个万户府和若干个千户所，并征收赋税。
其中，元代对于行政区域的划置，成为此后西藏行政区划沿革的基础。
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