对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定
应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。
亏损企业追补确认以前年度未在企业所得税前扣除的支出，或盈利企业经过追补确认后出现亏损的，应首先调整该项支出所属年度的亏损额，然后再按照弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税款，并按前款规定处理。
有上述规定来看，企业在2018年发现2016年度取得的费用发票，属于和生产经营相关的、合理的支出，是可以在税前扣除的。如果在申报2016年度的企业所得税时没有进行扣除，不可以作为2017或2018年的扣除凭证在2017或2018年度的汇算清缴时扣除，但可以追补至2016年所得税应纳税所得额计算扣除。
如果该笔费用2016年未入账，还应作为会计差错，调整年初未分配利润数额。
文中涉及税法文件：《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）
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