在這三十年的紛爭中，雁門關一役的帶頭大哥玄慈，也是懺悔了三十年。玄慈乃是靈門大師的大弟子，達摩院首座玄難，戒律院首座玄寂，跟他一樣都是師承靈門，精通六門絕技的玄生是他們的小師弟。後來被慕容博所殺的玄悲大師，以及練功走火入魔筋脈盡斷的玄澄是靈門大師師弟所傳。
玄慈在靈門四大弟子中天賦最高，也在少林玄字輩一代僧人中威望最大。靈門大師圓寂之後，玄字輩一代僧人尚且年輕，方丈之位由靈字輩師弟暫且兼任，其後在玄字輩中一代擇賢代傳。當其時，玄字輩一代中武功天賦最高者為玄澄，但其沉溺武學，不能自拔，於佛法有所怠慢。玄慈有先輩之風，在師兄弟中威望最高，因而，先輩高僧皆期許玄慈為他日繼任方丈。此事在“雁門關大戰”一役中也可窺見一般。
在“雁門關大戰”前夕的少林，三十歲左右的玄慈尚未繼任方丈。慕容博自遼國南京歸來，到少林報信指出遼國派出高手意欲奪取經書之事，少林知此事幹系重大，不敢妄自獨斷，因而召集各路英雄，齊聚少林，共商對策。此事皆由玄慈提議，並分派寺中僧人通知各幫各派。在群雄達成一致，決定分批前往各關口阻擊遼國高手，雁門關中這一隊高手中又推選出玄慈為帶頭大哥。
當其時，此行二十一人中，有丐幫幫主“劍髯”汪劍通、智光大師（當時尚未出家）、趙錢孫、“萬勝刀”王維義老英雄，“地絕劍”黃山鶴雲道長、山西大同府“鐵塔”方大雄三哥和江西“杜氏三雄”等，每一位都是江湖好手。特別是天下第一大幫丐幫的幫主汪劍通，那可是傳了蕭峰“降龍二十八掌”的前輩高手，但他們卻願尊奉玄慈為帶頭大哥。玄慈在當時少林中和武林中的地位可見非同一般，不是方丈但已是公認的少林繼任方丈。
在雁門關一役，玄慈帶領其下二十名中原武人，伏擊回家省親的蕭遠山。他們先殺了蕭遠山先行的隨從十幾人，但卻發現這些人並非傳言中的契丹武士遼國高手，本來已有疑惑。然而蕭遠山隨之而來，與之交手之時，竟發現這蕭遠山的武功套路跟自己一樣，皆出自少林，反而讓玄慈更加相信慕容博所言非虛。認定這遼人（蕭遠山）先前就已經偷學過少林武功，此次率兵而來就是為了上少林搶奪經籍。因而更加痛下殺手，極力與蕭遠山一戰。
奈何此時的玄慈雖與蕭遠山師出同門，身上武功皆由靈門大師一手所傳，然而蕭遠山眼看妻兒被殺，由怒生恨，又由恨入魔，已變成殺人惡魔，血眼之中只見仇恨，而玄慈眼看眾人中已被這發瘋的遼人殘殺了十七人，智光被連馬拍飛高掛在樹上，趙錢孫也應是不能倖免，恐懼之心由生，氣勢當下就弱了一半，因而哪裡還能是蕭遠山的對手。而汪劍通這邊，情況也如斯相同，均被嚇破了膽，不要說這兩位參與戰鬥的高手，即使是躲在遠處山岩後關注著這場血戰的幕後黑手慕容博，也被嚇得是魂飛魄散，六神無主，僵呆在地一夜不能動。
而蕭遠山卻在與玄慈交手之時，看出了他的武功套路跟自己一樣出自少林，猛地想起他的師父靈門大師來。想起了師傅對自己的敦敦教導，也想起了師傅曾讓自己所立的不與漢人為敵的重誓，當下清醒過來，以兩腳鴛鴦環踢，踢中了玄慈與汪劍通的穴道，饒了他們一命，玄慈因而獲的生還之機。蕭遠山曾質問玄慈，為何殺他妻兒，但玄慈因被點穴，不能言語，看見蕭遠山突然抽出匕首，玄慈自以為在劫難逃，卻又看到蕭遠山轉身在一處石壁上用匕首邊喊邊刻，刻完之後竟抱著他那妻兒屍身，跳下懸崖去了。一會又聽得一陣嬰兒哭聲從崖下而起，汪劍通身上就落下了一個嬰兒，這讓他更加感嘆這遼人武功之高，自己此次生還真是命大。
此後玄慈跟汪劍通以及智光，將石壁上的蕭遠山絕筆拓印，找懂契丹文字之人詢問究竟，發現自己輕信人言，鑄成大錯，後悔不已，於是將遼人孩子（喬峰）帶回中原，交與少室山下一對喬氏夫婦領養。誓將這孩子培養一位英雄人物，以罪前愆，到這孩子七歲時，又交代師弟玄苦暗中叫他武功，傳他少林內功心法，至喬峰少年十六歲時，又與汪劍通商議，讓其收他為徒，傳他丐幫傳世武學“降龍二十八掌”，後來又暗中幫助喬峰多立功勳，其中就包括了汪劍通為試探喬峰心性及道義的三大難題七大功勞。喬峰也確實不負期望，成了一位蓋世英雄，當然其時喬峰並不知曉，但玄慈之功，卻也不該泯滅，不過這也是後話了。
玄慈自雁門歸來之後，就派遣人員前往姑蘇燕子塢，請慕容博上少林就報信之事作解，但卻被慕容博事先所料，被其家人搪推而過。此後十幾二十年間，又多次派遣少林僧人前往，當均被以故推脫。最後一次，派遣師弟玄悲前往，玄悲在燕子塢發現慕容博謀反意圖，慕容博因之詐死，以至於後來玄悲又被慕容博所殺。而玄慈看慕容博已故，為了保存故人聲譽，於是將“雁門慘案”罪責歸咎於己，就更加勤顧那遼人之子喬峰了。
自從將那遼人小孩交與喬氏夫婦撫養之後，玄慈隔三差五就下山看望，或送錢糧或送衣被，關懷備至，幾經寒暑，到那小孩五歲左右，依舊頻繁看顧。在一次送糧之後回寺的途中，他遇到了一位哭泣的女子。一經詢問，才知這女子家中父親犯病，無錢請大夫看病抓藥，在集市中求了幾家藥堂，均被拒於門外，眼看父親生命將危，卻毫無辦法。玄慈慈悲為懷，當下就叫這女子帶他去她家中，答應幫他父親治病。
這女子就是後來的天下第二惡人葉二孃，也是虛竹生母。玄慈救她父親之後，又給她錢糧，助她生活度日，她深感玄慈救她一家於為難，既感激，又仰慕，但貧家女子無以為報，便以身子相許。而玄慈此時雖在佛門多年，但也是血氣方剛，面對葉二孃此舉，終於也是動了塵心。兩人於紫雲洞中相會，不久，葉二孃便懷有身孕，懷胎十月，玄慈又叫來喬峰養母喬婆為她接生。然而這一切卻都沒逃過一人之眼，這個人就是蕭遠山。
蕭遠山當日跳崖之後，幸得生還，自認為天不亡他，就是要讓他報仇雪恨。於是潛入少林，既然南朝武人汙衊他想偷取少林武學，他就索性將他藏經閣中的經籍一一偷閱，以洩此恨。他在少林寺旁隱伏多年，每晚入寺，什麼事能沒能逃得過他的雙眼。本來他早想取了玄慈性命，但看他這數年對他孩兒（喬峰）關懷備至，為了讓他兒子能夠無憂長大，暫緩了殺玄慈的想法，再加上此時的玄慈武功精進，那丐幫幫主汪劍通也學全了“降龍二十八掌”，此時倘若他們兩人聯手，自己也無絕對把握。因此他一方面繼續偷學藏經閣中典籍，潛心修煉，一方面關注自己孩子也關注著一干人等的動向，有意等孩子長大再找時機告訴他真相，父子聯手報仇。
就在蕭遠山關注著孩子時，玄慈和葉二孃的這些苟且之事被他盡收眼底，看到玄慈的兒子出生，蕭遠山又起報復之心。玄慈之命他可暫時不取，但他害得自己家破人亡，骨肉分離，這種痛苦也要叫他玄慈承受。於是待得葉二孃生下玄慈兒子不久，蕭遠山便搶走了他們的兒子，在跟葉二孃爭搶小孩之時，還抓傷了葉二孃臉上兩頰留下各自三條血痕。然後將這小孩丟棄在少林寺菜園當中，這小孩就是後來的虛竹。
而葉二孃因為兒子被搶，憶子成狂，犯了失心瘋，到處搶人家的孩子來玩，開始幾天好生對待，玩了幾天之後，清醒過來，發現這孩子身上並無香疤（虛竹出生不久，她就在他的背上兩邊屁股上，都燒上了九個戒點香疤。）醒起並非自己兒子，就將這孩子胡亂送給另一家人家，叫他親生父母難以找回，而這孩子父母尋找不到自己孩子，就皆言被葉二孃所殺，因而葉二孃被稱為“無惡不作”，成了江湖人眼中的大惡人，後被段延慶收於麾下，在四大惡人中排行第二，故稱葉二孃。
玄慈在葉二孃生下孩子之後，就跟她們母子斷了聯繫。這是因為此時的玄慈即將正式接任少林方丈之位，倘若此事讓人知曉，不但毀了自己聲名，也毀了少林寺百年清譽。因而他留下銀兩，讓葉二孃母子夠以開支，就回少林接任方丈之位去了。後來聽聞孩子被搶，葉二孃發瘋變成惡人，他也曾想去尋找一番，但受制於自己方丈身份，已是身不由己，只能每日牽腸掛肚，想念其母子。但作為一代高僧，修為不淺，為了不亂心神，自此將心念轉移至武學之上，憑他天賦，武功修為反而更是精進。
在玄慈四十歲上，見獵心喜，練成少林百多年來未曾有人練成的“大金剛掌”，內力剛猛，威力非凡。江湖人稱其為“伏虎羅漢”，與“降龍羅漢”五臺山清涼寺方丈神山上人並稱齊名於江湖。這神山上人，在十七歲時曾想投於少林門下，但玄慈師傅靈門大師，與之交談中，發現他鋒芒太露，極為傲慢且器小，便婉言將他相拒於山門，這神山上人一怒之下投入了五臺山清涼寺，最終成為了清涼寺最年輕的方丈，與玄慈齊名於江湖。倘若當年這神山得以投入少林門下，按其脾性，不知道是否有可能會與玄慈相爭方丈之位，還可能，當年雁門關一役會讓神山上人帶頭而去，那這一番冤孽就可能與玄慈無關了。
伴隨玄慈在武林中的威望越來越高，江湖之人對他也是倍為敬仰，以致後來，杏子林中，昔日之因，被重翻天日，當年參與之人，皆對他維護之至，不敢透露他的丁點信息，卻連累了多人死於非命。玄慈亦將此事歸咎於己，深感自己罪孽深重。最終揪出當年幕後黑手的慕容博，承明瞭一切因由，以罪己之身，接受杖刑而亡，也是了卻了多年之愧。
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