從13世紀末期開始，窩闊臺汗國開始與元朝爆發長期的戰爭。認真的說，大家其實都是一家人，都是鐵木真的子孫。但是現在則開始兵戎相見，那麼，蒙古內部為何會打內戰呢。其實這就牽扯了一個非常古老的問題，那就是分封制度的危害。幾代人之後，作為一家人的幾個汗國開始相互爭鬥。到了最後，甚至非滅國不可。
在中國古代歷史上，有一個問題屢屢出現，那就是分封制度的危害。在西周建立之後，周武王分封自己家族的公子們到了各地。起初，大家自然都是一家人。但是幾代人之後，大家的血緣關係變得非常淡薄。在這樣的情況下，出現了混戰和內鬥。這樣的情況屢屢出現，例如西漢時期的七國之亂、西晉時期的八王之亂，甚至在元朝之後，還出現了靖難之役。所以說，分封制度有很多的問題，但鐵木真還是分封了自己的子孫。
公元1206年，蒙古國建立。在此之後，在鐵木真的率領下，蒙古軍隊開始東征西討。不可一世的大金國、頑強的西夏國，以及西遼等一系列國家都成了歷史。一個龐大的盟國帝國建立，由於疆域十分遼闊，鐵木真開始把自己的兒子們分封到各地，比如朮赤、察合臺等人。在這一代手裡還沒有發生問題，但是他們的後人就不一樣了。雖然大家是一個老太爺，但這些兄弟們根本沒有見過面，談不上任何的骨肉親情。
尤其是窩闊臺汗國的首領海都，因為大汗之位原本是窩闊臺家族的。但是由於一系列的問題，大汗之位轉移到了託雷家族。最後，輪到了忽必烈繼承汗位。其實這和中國歷史上的皇位之爭一樣，海都想奪回屬於自己家族的汗位。請注意，這個時候的忽必烈已經稱帝，成了元朝的最高統治者。從13世紀末期開始，窩闊臺汗國開始不斷的進攻元朝北部疆土。元朝軍隊也曾經多次反擊，但是雙方互有勝負。
進入中原地區之後，元朝軍隊發生了很大的變化。這是中國古代社會的一個特點，北方遊牧民族的軍隊進入中原之後，肯定會被逐步漢化，蒙古軍隊也不例外。元朝軍隊中有騎兵、步兵等很多兵種，在與窩闊臺汗國的較量中，存在一系列的問題。不過元朝畢竟家底雄厚，到了1309年，困擾了元朝幾十年的窩闊臺汗國最終滅亡。至於其他三大汗國，與元朝之間早就是貌合神離。元朝已經無法調動另外三個汗國，龐大的蒙古帝國已經徹底分家。
在與窩闊臺汗國作戰的過程中，蒙古軍隊戰鬥力不足的問題已經出現。雖然此時的蒙古軍隊仍有戰鬥力，但早就喪失了當年橫掃歐亞的風采。蒙古軍隊的戰鬥力在逐步退化，元朝不得不依靠漢人軍隊保證自己的統治。其實這樣的問題在清朝同樣存在，在清朝建立的初期，滿洲八旗的戰鬥力很強。可是到了雍正、乾隆時期，滿洲八旗已經淪為了打醬油的角色。在一系列的戰爭中，綠營兵成了絕對的主力。
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