《自然保護區條例》將自然保護區劃分為核心區、緩衝區和實驗區三部分。核心區是自然保護區著重保護的區域，除經批准進入從事科學研究活動外，禁止任何單位和個人進入。核心區外圍是緩衝區，只准進入從事科學研究觀測活動。緩衝區外圍劃為實驗區，可以進入從事科研、教學、旅遊等活動。由此可知，自然保護區是企業建設、經營的敏感詞，在現有法律體系下，二者幾乎是水火不容的存在。而實務中，建在自然保護區的企業也不在少數，有的企業私自動工建設，而有的企業又經過各種行政審批。
在目前全國環境整治的高壓下，政府部門往往選擇聯合執法或者輪流執法，對自然保護區內的企業進行“圍剿”。對於第一種情況，企業自身合法性嚴重欠缺，無法承受政府執法的壓力。本文重點討論後一種情況。
自然保護區建立前，企業只要符合法定條件，便可取得行政許可手續進行建設、經營。自然保護區劃定後，由於行政系統信息不同步，政府部門各自為政，批准企業建設經營的也不在少數。政府部門“圍剿”手段層出不窮，但總體上都會迴避在先的行政審批情況，而是針對現階段的法律規定作出各類關停、退出決定。在此情況下，企業除了對關停、退出決定提出異議外，更應把重點放在在先的行政審批上。
一、政府部門的審批效力
政府部門對企業建設經營作出的審批屬於行政許可。根據《行政許可法》的規定，行政許可自批准之日起生效，依法取得的行政許可受法律保護，政府部門不得擅自改變已經生效的行政許可。
對於自然保護區建立前就獲批建設經營的企業，因自然保護區建立而不能繼續經營的，符合《行政許可法》關於“准予行政許可所依據的客觀情況發生重大變化的，為了公共利益的需要，行政機關可以依法變更或者撤回已經生效的行政許可”的規定，政府部門有撤回許可的法律依據。
對於自然保護區建立後獲批建設經營的企業，囿於保護區內不能開發建設的原因，根據《行政許可法》的規定，極可能被認定為不符合法定條件而被撤銷行政許可。
由此可知，在公共利益面前，企業的個體利益不得不讓位，自然保護區一經劃定，企業關停基本上是可以確定的結果。
二、企業關停不等於無償關停
依據行政法的信賴利益保護原則，企業的信賴利益受到保護。信賴利益保護原則是指當個人對政府部門作出的行政行為已產生信賴利益，並且這種信賴利益因其具有正當性而得到保護時，政府部門不得撤銷這種信賴利益，如果撤銷就必須補償其信賴利益損失。信賴利益保護原則最基本的基本含義就是政府實施行政行為也必須誠實信用。
《行政許可法》規定，因撤回已經生效的行政許可給企業造成財產損失的，政府部門應當依法給予補償；因撤銷行政許可，企業的合法權益受到損害的，政府部門應當依法給予賠償。《關於進一步加強涉及自然保護區開發建設活動監督管理的通知》規定，對自然保護區設立之前已存在的合法探礦權、採礦權和取水權，以及自然保護區設立之後各項手續完備且已徵得保護區主管部門同意設立的探礦權、採礦權和取水權，要分類提出差別化的補償和退出方案，在保障探礦權、採礦權和取水權人合法權益的前提下，依法退出自然保護區核心區和緩衝區。《中共中央、國務院關於完善產權保護制度依法保護產權的意見》同時明確表示，因國家利益、公共利益或者其他法定事由需要改變政府承諾和合同約定的，要嚴格依照法定權限和程序進行，並對企業和投資人因此受到的財產損失依法予以補償。這都為企業主張補償提供了法律、政策依據及參考。
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