化石（日文︰カセキ，英文︰Fossil）是生活在遙遠的過去的寶可夢的遺體或遺骨變成的有機素體，例如骨架、龜殼等等。
在寶可夢的世界，關都地區紅蓮島的寶可夢研究所和豐緣地區得文製造股份有限公司的研究小組在同一時間研製出了能使古代寶可夢的化石復活的機器。在關都地區的深灰科學博物館HGSS、神奧地區的鋼鐵炭坑博物館、合眾地區的七寶博物館、卡洛斯地區古香鎮的化石研究所和阿羅拉地區８號道路的化石復原所也能讓化石復活。想要復活古代寶可夢就必須得到它的完整的化石，通過化石復活機，從化石裡提取出寶可夢的基因，並將它重新組合成寶可夢。復活的寶可夢和之前的模樣並不完全相同，並且沒有過去的記憶。
通過這種方式復活的寶可夢化石，全部都擁有岩石屬性，這也證實了復活的寶可夢和古時候的本體不完全相同，而長時間封存在岩石中已經某種程度上改變了基因。
在第四世代之前，化石屬於重要物品，只能獲得一個；而到了第四世代之後，化石轉變一般道具，可以重複獲得，並且可以出售和投擲。
在主系列遊戲中，除了第二世代和第七世代，每個世代都會有新發現的化石。
因為是從化石中復活的原因，化石寶可夢的屬性一定包括岩石屬性，這類寶可夢和最初拿到的寶可夢一樣培育難度高，且沒有野生寶可夢，也很少有寶可夢訓練家擁有。
復活地點
紅蓮島的寶可夢研究所
卡那茲市的得文製造股份有限公司
鋼鐵市的鋼鐵炭坑博物館
深灰市的深灰科學博物館
七寶市的七寶博物館
古香鎮的化石研究所
８號道路的化石復原所
在第一世代中，化石寶可夢無法學會岩石屬性招式。
截止目前，只有關都地區有3種化石。
在神速的蓋諾賽克特 超夢覺醒中曾提到蓋諾賽克特是經化石復活並被改造強化的已滅絕寶可夢，但在遊戲中並無法獲得蓋諾賽克特的化石。蓋諾賽克特本身也不帶岩石屬性。
在遊戲中，古香鎮化石研究所的研究員稱蓋諾賽克特的化石是在閃耀洞窟發現的。
所有化石寶可夢的性別比例都是1♀:7♂。
化石復活！古代怪鳥始祖大鳥!!中，紅豆杉博士提到復活化石要利用夢夢蝕的夢之能源使得幻想的古代因子從虛幻化為真實。
目前只有第二世代和第七世代沒有新增的化石寶可夢。
《紅／綠》發行的時候正值電影《侏羅紀公園》掀起恐龍熱潮的時期，因此化石能夠復活寶可夢的靈感可能來自於該系列電影，道具秘密琥珀更是指向了這點。
而在後來第七世代的超級化石翼龍的圖鑑說明中又加入了復活的化石寶可夢因為基因缺失，與其古代原型不一定一樣的設定，巧合的是這種設定類似《侏羅紀世界》中對電影中經典恐龍形象與近幾年考古學發現的新的恐龍形象相悖的解釋。
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