2018年5月20日，環保組織公眾環境研究中心（IPE）在京發佈《從速戰速決到長治久清：黑臭水體治理第一階段之百河觀察》報告。報告認為，環境、住建部門對民間舉報反饋積極，“全民治水”局面初見端倪，但黑臭水體情況複雜、治理難度大，部分水體治理“初見成效”卻並不穩定，要達到“長治久清”，還需全面控源。
該報告的調研人員發現，16個城市101條黑臭水體（包括91條重點督辦水體）中，33個總體狀態較好，18個水體仍存在較為明顯的黑臭問題，這與官方公佈結果差異較大。
2015年4月，國務院發佈的《水汙染防治行動計劃》（簡稱“水十條”）拉開了中國最大規模水環境綜合治理行動的序幕，將城市建成區黑臭水體治理作為一項重要任務，要求直轄市、省會城市、計劃單列市建成區要於2017年底前基本消除黑臭水體。“水十條”還要求，到2020年，全國地級及以上城市建成區黑臭水體均控制在10%以內；到2030年，城市建成區黑臭水體總體得到消除。
2016年2月，住建部和環保部正式發佈黑臭水體清單，220 多個地級以上城市要在不到五年的時間內清理1841條黑臭水體。而隨著排查的深入，一年後，清單上的水體總數增加到了2100個。
公眾環境研究中心主任馬軍告訴界面新聞，黑臭水體的形成往往是由多種因素綜合作用的結果，其中大體包括外源問題和內源問題兩類。外源問題即城市生活和工業的點源、面源的排放，雨汙管網設施不健全，垃圾入河等；內源問題即底泥中大量汙染物的沉積和釋放，以及水量不足、水體交換緩慢等造成的水環境容量下降。
生態環境部水環境管理司司長張波曾在環境部的例行發佈會上指出:“黑臭水體問題實質是汙水垃圾問題，根子在於城市環境基礎設施不合格。”
馬軍表示，治理黑臭水體，首先要做到的是截汙，“把汙染的源頭截住，不然，無論做什麼工作，都是邊治理邊汙染。”此外，要建設和改造水體沿岸的排汙管道，把汙水排放到汙水處理廠。他同時強調，黑臭水體的治理過程需要監管和監督。
在民眾參與方面，馬軍所在機構研發的“蔚藍地圖”APP開通了黑臭河舉報功能，與住建部和環保部聯合推出的“全國城市黑臭水體整治信息發佈”平臺相互連通。蔚藍地圖用戶可以通過APP進行有效舉報，而且，黑臭河舉報的圖片能通過APP展示在電子地圖上。
根據“全國城市黑臭水體整治信息發佈”網站於2018年5月發佈的2018年第一季度治理進度，全國有1745個黑臭水體已經完成治理，264個在治理中，91 個在制定方案。32個有治理任務的重點城市681個黑臭水體均已完成治理，其中包括205條重點督辦水體。其他192個城市的1419個水體中，有1064條已經完成治理，264條治理中，91條正在制定方案。
由公眾環境研究中心、阿拉善SEE和自然之友河流守望者等環保組織共同發起的“清水為鄰”項目，對16個城市 101條黑臭水體（其中91條重點督辦水體）的現狀進行了調研。該項目的調研人員發現，有33個水體總體狀態較好，與官方公佈的治理完成結果比較吻合；有18個水體仍存在較為明顯的黑臭問題，與官方公佈的結果差異較大；餘下的50個水體多數已有改善，但在顏色、氣味、垃圾、汙水入河四個方面仍有不足之處。
報告顯示，截汙是黑臭水體治理的前提條件，從黑臭水體舉報和志願者實地調研結果來看，治理效果不佳的黑臭水體往往都有尚未截汙的排口。有些排汙口後來被封堵，也有的存在至今。
2017年10月-12 月，自然之友志願者幾次走訪位於北京的中壩河，發現河岸和河面上仍堆砌著大量垃圾，多個排汙口仍在肆意地排放著臭水。
報告還指出，很多黑臭水體周邊存在垃圾，有的河岸被開墾成了菜地，“河道種菜施肥一方面會導致水質汙染，另一方面，耕種會使土質疏鬆,在雨水的沖刷下加劇水土流失，影響汛期河道行洪排水。”
報告指出，清水補給可以調節水體水力停留時間、改善水動力條件、提高水體自淨能力，是水質長效改善和保持不可缺少的措施。很多黑臭水體沒有足量自然來水，排汙口被封堵以後，水量下降，流動性進一步降低，如果不進行清水補給，將有返黑返臭的可能。
報告還指出，黑臭河治理雖然已經納入了2100條河流，但即使在城市建成區內也難免仍有遺漏；建成區外的黑臭水體則尚未納入治理範圍。這個問題在河網縱橫的南方城市更加突出, 並因此而讓官方評估和民眾感受形成落差。
以廣州為例，照國家和省的要求，廣州納入國家住建部和國家環保部黑臭水體整治平臺的35條河涌，經第三方評估單位環保部華南環科所評估，21條河涌已達到國家提出的初見成效的要求，佔總數的60%。2017年11月，廣州社情民意研究中心發佈的生態環境民調報告指出，廣州水環境的市民評價沒有“質”的改善。
報告提出了6個“阻礙著公眾和環保組織的參與質量”的問題，包括缺乏操作性強的公眾參與指導性文件、信息公開不足、舉報回覆質量參差不齊、公眾監督未充分保障、環保組織自身能力有待提升、河長制仍需進一步落實。
調研過程中，一些志願者按河長公示牌上的電話找基層河長反映黑臭水體問題，“沒想到真是河長本人接了電話，態度還挺好，過了一段時間，答應解決或者協調的事情果然落實了。”
同時，參與調研的環保組織也發現了現行河長制的不足之處。首先，河長名單公開不足。《實施方案》要求各地通過主要媒體向社會公告河長名單，在河湖岸邊顯著位置豎立河長公示牌，標明河長職責、管護目標、監督電話等內容。目前，已經落實河長制的部分地方還沒有完整公開各級河長姓名、職務、聯繫方式和負責河段，河長公示牌也還沒有樹立。已經公開河長名單的城市，有些能將市-區縣-鎮街-村社各級別河長信息整合發佈，有些則發佈得很分散，“志願者查詢多處才能拼湊出一條河由哪幾位河長負責。”第二，基層河長責任有待進一步確立。有志願者反映，向有的基層河長報告情況時，對方竟然不知道自己是河長，對志願者反映的問題也不瞭解，並且也不能將本級不能處理的問題主動及時地向上級報告，還有的難以聯絡。
對於黑臭水體治理，環保組織在報告中提出了若干建議。其中包括，加強對沿岸垃圾、廢棄物、私設排汙管的巡查，提高水體周邊人群的環保意識；儘快出臺統一的黑臭水體整治效果評估實施細則；形成河長與公眾監督方的對接制度，在全國推廣。
在促進公眾和環保組織的參與方面，環保組織建議，為公眾參與建立更完善的制度保障，明確公眾可參與的方式和途徑，與政府部門的工作如何銜接，政府各部門如何分工協作為公眾參與創造哪些條件，提供什麼保障和激勵；及時、充分地公開黑臭水體相關信息，讓公眾對治理方案、進展、預期目標、實際結果、資金使用情況有所瞭解。
此外，建議有能力的城市應該進一步擴展治理範圍，“在確保現有名單上的黑臭水體得到有效治理的前提下，有能力的地區應該進一步擴展黑臭水體治理的範圍，將治理範圍擴展到非建成區。”
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