戴笠很相信風水、命相一類東西。軍統修建房屋時，大門應向哪一方向開，前後左右應注意哪些地方是龍脈，以及宜於建陽宅或陰宅等問題，他經常親自下指示，不能弄錯，否則雖已動工也得停止。軍統所辦的許多基本特務訓練班內，他規定要開設命相一類課程，把曾國藩所用以作為取捨部屬標準的一本《冰鑑》和麻衣、柳莊等相法編成教材。軍統的一些大特務也都跟他一樣，非常相信這套東西。
由於算命的先生說戴笠命中缺水忌土，所以軍統局局本部在抗戰期間使用的化名，總是用一些水汪汪的名字來補他的命中之不足，如江漢清、汪濤、塗清波、沈沛霖、洪淼等。而其中用得最久的沈沛霖，因為自從用了這個化名，他的事業更是一帆風順，如日中天，他便破格幾年不換，認為是這個化名起的好。他對化名的選擇很認真，到1944年，秘書室認為沈沛霖用得太久怕不妥當，擬了新化名洪淼，這比沈沛霖含得水更多，他才答應改用。但1945年年底擬1946年化名時，他不在重慶，秘書室助理袁寄濱偏不相信這些，故意擬了一個缺水而多山的化名高崇嶽，想看看究竟會怎樣，毛人鳳也馬馬虎虎地批准了。不料事有偶合，戴這年就因飛機撞山而死。
戴精神恍惚的過完春節，他的心情極為煩悶，惟恐蔣介石將他一腳踢開。一天晚上，他找文觀濤來商議事情。他憂鬱低沉地說：“伴君如伴虎。”他這個作奴才的也並非一帆風順，曾幾次到了要被“賜死”的地步。他知道蔣介石的秘密和見不得人的事太多了，很擔心一旦蔣為了保全自己的秘密，置他於死地。
這天上午，他突然接到由毛人鳳轉來的電報，大意是催他火速趕回重慶，參加有關情報機構的整頓會議，大有撤銷或改組特務機構之勢。電報中列名出席會議的有八人，即：宣鐵吾、陳焯、李士珍、黃珍吾、葉秀峰、戴笠、鄭介民、唐縱。電文後面有毛人鳳的附註“重慶宣、李、黃在搗鬼，謹防端鍋，請親自呈復”。
文觀濤的到來正是為了此事，戴此時已沉不住氣了，拍著胸脯說：“我辛辛苦苦在外面奔波勞累，一心為校長為國，想不到會有人搗鬼，落井下石，想端我的鍋。同室操戈，實在欺人太甚！請為我擬一覆電，說我處理平津寧滬的肅奸案件，事關重要，無人可代，請寬限半月才能返渝面陳一切。同時要表達對宣、李搗鬼必須揭發的意見，措辭要委婉一些，不要露出與人爭長短的痕跡。”
李士珍與戴笠爭奪警政大權，早在復興社特務處成立之初就開始了。戴認為李是他手下的敗將。而宣鐵吾在抗日戰爭中期，奪去財政部緝私署長一職，讓戴很忌恨。這次，李又聯合宣鐵吾和南京警察廳長黃珍吾，向他反攻，並搬出國民黨元老戴季陶做後臺，這不能不令戴氣急敗壞。
幾天後，戴笠向鄭介民把自己“引退”的事情交代清楚，於3月17日從天津起身，先飛往上海，與胡蝶見一面，再回重慶。當天，接到上海方面氣候不好的通知，大家都勸戴改日再走。但他卻堅持走，並要求多帶汽油，上海不能降落就飛南京。上午9時，飛機從天津起飛，飛近上海時，正值大雨滂沱，機場不同意降落，只得改飛南京。當時，南京也下大雨，勉強同意降落。但到下午1點6分後，電訊突然中斷。此時，這架專機已撞在江寧板橋鎮南面的岱山山腰上。隨著一聲巨響，戴笠這個作惡多端、不可一世的軍統頭子，便這樣結束了生命。
17日晚，毛人鳳急電青島、上海、南京查詢戴的下落，但均無消息。第二天，向蔣介石彙報了情況。此刻，南京辦事處主任劉啟瑞，正在率部屬在南京附近搜尋，未得結果；19日早，又兵分兩路，出發尋找。他們從一農民口中得知，兩天前有一架飛機，在板橋區撞山而墜。當時天氣惡劣，雷雨交加，雲層也極低，能見度非常差，飛機降落時，竟越過機場，撞到岱山山腰。
這天傍晚，他們終於找到戴笠的遺骸。這遺骸只是半截“黑炭”，小腿和一隻胳膊，早不知去向了，只有嘴裡那六顆金牙和衣服殘片，證實是戴的遺骸。
戴笠暴死，拋屍“困雨溝”三日，讓老蔣感到很傷心，他親贈輓聯，“雄才冠群英山河澄清仗汝跡，奇禍從天降風雲變幻痛予心。”是年8月，蔣親到紫金山靈谷寺，為戴選擇墓地，並叮囑毛人鳳，一定要在子午時下葬。
1947年3月，軍統選了一個吉日安葬了戴笠。在下葬前，毛人鳳讓沈醉設法把棺材弄得特別結實，使別人無法打開。沈醉決定用水泥炭渣攪拌灌在墓穴內，使棺木與整個墓穴凝結成為一大塊，這樣棺材就不易被打開。毛人鳳是怕戴生前作惡太多，死後被人鞭屍。
戴笠暴死，軍統局群龍無首，立時陷入一片混亂之中。鄭介民、唐縱、毛人鳳三人展開了爭權奪利、拉幫結派的鬥爭。當時，鄭介民被委任為代理局長。1946年10月，軍統局被撤銷，成立保密局。至1949年12月，這個組織在大陸徹底消亡。
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