保護性殺菌劑著重於“保護”，因此要想使用效果更好，注意以下幾點。
1、準確瞭解病害發生規律，提前用藥
只有先了解需防治的是病菌侵害作物的哪個部位、初侵染的時期及其為害的主要階段等，才能有的放矢地施藥。如白粉病主要在春秋季節發生，灰黴病、霜黴病主要在深冬通風不良、棚內溼度高、溫度低的季節發生，病害發生前噴藥比病害發生後期噴藥效果更好。如果病菌已侵入，選用保護性殺菌劑防效不佳。
2、 用藥時要特別注意噴灑均勻
保護性殺菌劑無內吸性，噴灑後藥劑就固定在原位置，因此噴灑保護性殺菌劑時一定要均勻。選擇藥劑時注意選用較好的劑型，如氫氧化銅顆粒更小，鹼式硫酸銅為懸浮劑，藥效也就更好；噴藥器具要選擇壓力大、成霧性好的噴霧器，有時噴藥後可發現葉片上有較大的藥點，表明噴霧器具不符合要求，會嚴重影響藥效。
噴霧時，低濃度慢噴要比高濃度快噴效果更好，噴頭向上比噴頭向下效果更好，全方位噴灑（莖葉、地面等）比重點部位噴灑效果更好。
3、注意噴藥間隔，連續用藥
蔬菜生長較快，而保護性殺菌劑不具有內吸性，對剛長出的新葉等未噴灑到的部位不具有保護性，因此要想保持較好的防效，就要注意連續噴灑。一般在病害高發期應每隔 5 ～ 7 天噴藥 1 次，才能收到較好的效果。在病害高發期，兩次噴藥間隔時間長，蔬菜新葉長出較多，兩次保護時間未連接上，會大大影響保護性殺菌劑的效果。
為預防病害或在病害初發期，單用保護性殺菌劑即可起到良好的防治效果。病害發生後，保護性殺菌劑也是主要的輔助治療藥劑，可與內吸性殺菌劑配合，防治效果更佳。
4、分階段對症用藥
未發病時，遇到澆水或遇陰雨天等惡劣天氣時，棚內溼度高、溫度低，蔬菜抗性下降，環境條件利於病害發生，此時應選擇銅製劑等殺菌譜廣、藥效好、成本低的保護性殺菌劑。
在病害高發期，要加強對蔬菜生長情況的監控，儘量早發現，早用藥，確保控制病蟲害於暴發之前。如果病害滿了棚才發現，已經造成蔬菜生長不良，產量品質已下降，用藥成本也高，損失就大了。抓住病害高發的時間和地點，是監控蔬菜病害發生的關鍵。觀察時間最好定在拉棚後；地點選在棚前臉和放風口下兩點。霜黴病、灰黴病、蔓枯病等均為喜溼型病害，開始發生時多在棚前臉處，早上拉棚後症狀最為明顯，是觀察的最佳時機；白粉病、部分害蟲多在溼度變化較大或乾燥的地方率先發生，即在放風口下。
對症的保護性殺菌劑，如灰黴病、菌核病可選用咯菌腈、菌核淨，卵菌病害，可選用氰霜唑，葉部斑點等真菌病害，可選用百菌清、氟啶胺，細菌性病害，可選用銅製劑。
病害暴發後再防治，單用保護性殺菌劑就難以達到較好的防治效果了。在確定病蟲害種類後，選擇對症的內吸性殺菌劑，同時與保護性殺菌劑混配，並結合物理的、農業措施等，可迅速控制病害發展。在病害高發季節，環境條件利於病害發生，要特別注意避免其復發，如靶斑病、霜黴病等，在遇到連陰天等惡劣天氣時往往屢治不好。這就要發揮保護性殺菌劑的特長，在病害基本控制住後，間隔 5 天左右，連續噴灑保護性殺菌劑 2 ～ 3 次，確保新葉得到及時保護，避免病菌繼續侵染髮病。
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