魏晉時期，偽書《古文尚書》中有篇“孔安國序”，序中說：“及秦始皇，滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。”這大概是“焚書坑儒”一詞的最早出處。這一說法被後世廣泛引用，流傳至今。
古語有云：“萬事開頭難”這句話可以說適合所有人。
不單是現在的我們，也包括第一個統一中原地域的始皇帝嬴政。
秦統一之初，就分封諸子為王的問題發生過激烈的爭論。
以丞相王綰為首的一批官吏，請求將諸子分封於原六國的故地為王。認為這樣有利於鞏固秦的統治。
但廷尉李斯則堅持反對態度。因為李斯認為，春秋戰國諸侯之所以紛爭，完全是西周分封制造成的惡果。只有廢除分封制，才可免除禍亂。
秦始皇採納了李斯的意見，認為立封國 ，就是樹敵兵。於是在全國確立了郡縣制。這就是郡縣制代替分封制的緣由。
首先淳于越為何反對郡縣制？
前213年，在秦始皇於咸陽宮舉行的宮廷大宴上。
僕射（官職名）周青臣借敬酒稱讚始皇：上古至今沒有人能超越陛下的威武德行。話雖然有阿諛奉承之意，但對於當時秦始皇做出的成績來說確實如此。
博士（官職名）淳于越借周青臣之詞提出了恢復分封制的主張：上週因分封子弟而能夠穿過千餘年，因為這樣可以讓被大家相互間有所照應。而今陛下你富有四海卻不分封子弟，如果在出現篡權的田常這樣的人，該如何是好？
淳于越是厚古薄今的一類人，認為古時傳下來的東西都是好的，現在的都是不好的：又說周青臣面腴，凡是之說陛下的過人之處，並不是真正的忠臣。
兩人的溝通說白了就是師古還是師今的一次學術性爭論，沒有任何政治性的意義，也不會產生什麼實質性的後果。
由此可以看出，淳于越反對郡縣制的根本原因是，秦始皇的施政標準並沒有按照商周王朝的標準來實行，也就是沒有師古（學習古人）而已。
影視作品中：淳于越
然後：為什麼說先淳于越反對郡縣制，後李斯建議始皇“焚書”？
其實由此我們也能看出來，這個“先淳于越反對郡縣制”已經成為了“焚書”的先決條件了。
宴會中秦始皇對於淳于越的話並沒有回覆，而是讓眾大臣們商議。
於是丞相李斯的加入就讓這場辯論出現了質的變化。
李斯明確表示並不同意淳于越的觀點，反駁說：三皇五帝的治國方略是根據他們當時所處的環境跟情況來制定的，當時的情況會跟現在的情況一樣嗎，現在的環境還能去消防三皇五帝時的治國方針嗎？
儒生地處今時卻不思適應，反而學習古人不在適合的方針，還列舉過去的例子來說當世的不好，這分明是不思進取，妖言惑眾。長此以往，會對我國統一大業有所損害的。
於是李斯向秦始皇建議：
（1）除《秦紀》、醫藥、卜筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，一律限期交官府銷燬。令下三十日後不交的，處以黥刑並罰苦役四年；
（2）談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪；
（3）有願習法令者， 以吏為師。秦始皇批准了李斯的建議。在宴會散後第二天，就在全國各地點燃了焚書之火。
劉大櫆：“博士之所藏具在，未嘗燒也。……六經之亡非秦亡之也，漢亡之也。”。“書之焚，非李斯之罪，而項籍之罪也”。（《焚書辯》）
其實事情發展到這一步，已經不僅僅是簡單的使用分封制或者郡縣制的問題了。
如果從李斯與淳于越的文人身份來看的話。這場朝堂論辯已經變成了以李斯為代表的法家學派的學說和以儒生淳于越為代表的儒家學派的學說的論證了。
如果從秦始皇的封建通知角度來看的話，戰國時期剛結束，百家仍然在爭鳴中，思想領域內極度混亂，而一個國家能在多大程度上統一，最主要的條件是能在多大程度上形成共同的價值觀，而思想混亂是形成共同價值觀的大敵。
如果從統一這個角度看的話“焚書”的實質就變成了一個思想統一的活動了。
李斯
其次：又有“坑儒”？
首先我們大家要弄清楚一件事就是“焚書”和“坑儒”是兩件事，而且發生的年代也是不一樣的，而且發生的原因也不一樣。
“焚書”發生於公元前213年；
“坑儒”發生於公元前212年；
始皇三十五年(公元前212年)，方士盧生、侯生等替秦始皇求仙失敗之後 ，私底下談論秦始皇的為人、執政以及求仙等各個方面的問題，之後攜帶求仙用的巨資出逃。
秦始皇知道後大怒，故而遷怒於方士，下令在京城搜查審訊，抓獲460人並坑殺。
但是要特別指出的是，所謂的“坑”，並不是指活埋。
“坑”是由古字“防”變化而來。
秦始皇殺了這些方士，為了以儆效尤，就把他們的屍體堆在一起，放到路旁，讓過往的人們看，起到震懾作用。
而人們之所以認為秦始皇坑的是“儒”，理由是司馬遷在《史記·秦始皇本紀》中稱所坑者為“生”，而司馬遷在《史記》索引中的說“自漢以來儒者皆號生”，所以，“生”即“儒者”。
其實，這是不對的，《史記》中有載的安期生就是著名的術士，所以說明在漢代以前，方士也被稱為生。所以，秦代的“生”不完全是儒生。
最主要的就是，“坑儒”是秦始皇去世一百多後才出現的說法，於是有人認為，“坑儒”應是西漢“罷黜百家、獨尊儒術”之後文人集團出於對秦始皇暴政的憤怒和報復，而強加給他的不實之詞。如章太炎、顧頡剛等人，就認為秦始皇並沒有坑過儒，他坑的其實是“方士”。
朱彝尊：秦本坑亂道之儒而非聖人之徒。
先淳于越反對郡縣制，後李斯建議始皇“焚書”又有“坑儒”？
最後：正確實質的看待事情發生的根本性和歷史必要性。
魯迅：秦始皇實在冤枉得很，他的吃虧是在二世而亡，一班幫閒們都替新主子去講他的壞話了。不錯，秦始皇燒過書，燒書是為了統一思想。但他沒有燒掉農書和醫書；他收羅許多別國的“客卿”，並不專重“秦的思想”，倒是博採各種的思想的。
對於剛剛統一的秦國來說沒有任何事情是比統一民眾思想更為關鍵的措施了。
可以說秦始皇是一個新派新事物的帝皇，也可以說他的出於鞏固地位統一臣民思想的“焚書”是秦朝的一場“新文化運動”的話，那他在把這場運動利益最大化的同時也將把一直宣揚恢復周禮的儒家的利益徹底做到了最小化。
雖然秦朝統治只有短短的幾十年，但是這場“新文化運動”卻給後世的統治階層樹立了統治榜樣，而後的漢代“獨尊儒術，罷黜百家”開始儒家思想作為封建社會的核心思想。
實際上漢朝以來，所有的封建統治者，都是施行的“陽儒陰法”，或者是“實法名儒”，採用儒家觀點，實行法家的手段。
皇帝用法家的方法統治天下，而用儒家的學說教化百姓。法家強調的是法、術、勢，古人把這些東西當成是帝王術，作為駕馭百姓群臣的方法；而儒家學說主要是強調仁和禮，仁和禮最大的益處就是從道德上形成行為自覺，而不用採取暴力措施，是維護等級制度的好工具，所以歷代統治者都用儒學教化天下。
同樣秦朝“坑儒”，和漢朝的“尊儒”，其實質是一樣的，都是要統一思想。目的就是：教化民眾，便於統治。
先淳于越反對郡縣制，後李斯建議始皇“焚書”又有“坑儒”？
綜合上述各點，我們可以得出如下的結論：秦始皇焚過書，但並非盡毀；發生咸陽的坑“生”事件，其矛頭主要指向方術之士。
“焚書坑儒”這一幾乎可以肯定是很大一部分是杜撰的事件，卻成為了秦始皇殘酷暴戾的證據。
那些真實存在的事情雖然不能抹去，但通過揭示其背後的真相，可以幫助我們後人看清歷史人物的真實面貌。也可以更加理性，更加全面的去看帶一件事。
秦時未嘗廢儒，而始皇所坑者，蓋一時議論不合者耳。其所焚者，一時間事耳。後世不明經者，皆歸之秦火，使學者不覩全書，未免乎疑以傳疑。然則《易》固為全書矣，何嘗見後世有明全《易》之人哉？臣向謂：秦人焚書而書存，諸儒窮經而經絕，蓋為此發也。詩有六亡篇，乃六笙詩，本無辭。書有逸篇，仲尼之時已無矣。皆不因秦火。自漢以來，書籍至於今日，百不存一二，非秦人亡之也，學者自亡之耳。（《秦不絕儒學論》）
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