黑柴
清朝自從太平天國起義之後，原有的八旗和綠營軍都腐敗不堪使用，遂靠湘軍和淮軍鎮壓太平天國和攆軍。這湘軍淮軍的組織都是靠鄉親關係，遂私人軍隊興起，朝廷無法遏制，因為官軍不堪使用，維持朝廷又不能沒有軍隊。後來小站訓練新軍不得不依賴袁世凱，袁世凱依方抓藥，把北洋軍變成他的天下，清廷無法指揮。
鬼谷先一
北洋軍確實是清政府花費了重金打造的最後一個王牌部隊，它可以說是支撐清政府統治的最後一根救命稻草，也可以說是摧毀清政府統治的最後一根奪命稻草。
清政府當時當真指揮不動北洋軍了嗎？未必指揮不動，實則是指揮北洋軍的人能力和威望有限，說到底是攝政王載灃用人不當。
北洋軍經歷了三個階段，一個是小站練兵時期，一個是武衛右軍時期，最後一個則是北洋六鎮時期。
北洋軍的這三個階段的靈魂人物當然是袁世凱，他從接手了小站練兵事務之後便一直帶著北洋軍，哪怕是清政府讓他以武衛右軍擴編為北洋六鎮的時候，也有意將以旗人組成的京旗常備軍為北洋第一鎮，為的便是確保旗人在北洋軍中的地位和對北洋軍的控制力。
不過，北洋六鎮也全是出自袁世凱之手，這也是沒辦法的事，李鴻章和榮祿一死，袁世凱成了清政府高層當中最為“知兵”的一個人，慈禧不倚重他還能倚重誰呢？
袁世凱當時雖說也有通過手握重兵來鞏固和提高自己在清政府中的地位的想法，可他也同樣知道手握重兵不僅可能會讓他受到慈禧的猜忌，也會讓他受到滿族王公貴胄的排擠。
所以，他很識相地交出了北洋第一、三、五、六鎮的指揮權，由陸軍部直接統轄，他自己自己只保留第二鎮和第四鎮。
慈禧活著的時候，她能夠壓得住袁世凱，袁世凱也還幾乎一門心思地給清政府收拾殘局，更沒想過要推翻清政府的統治。
只可惜慈禧一死，當時只有25歲的載灃自知經驗不足，威望更不足，所以一來認為自己壓不住袁世凱，二來又認為袁世凱將來必成清政府的威脅，所以一紙詔令下來便罷免了袁世凱的所有職務。
載灃當時一度想過殺了袁世凱以絕後患，但是在張之洞等朝中重臣的勸說之下，載灃只能放棄了這個想法。
袁世凱被罷免了之後便回老家釣魚去了，只是他可從來沒有真正地放下過一切，雖然在老家釣魚，可仍然時時關注著朝廷的動態和天下的形勢。
載灃能夠輕輕鬆鬆地罷免袁世凱，這說明袁世凱當時並沒有絕對地掌控北洋軍，從1908年罷免袁世凱到1911年再度起用袁世凱，這三年時間裡倘若載灃能夠用人得當的話，難道還不能消除袁世凱在北洋軍中的影響力？
倘若袁世凱已經絕對地掌控了北洋軍的話，以六鎮之兵力，絕對能夠讓載灃投鼠忌器，不敢對他下手。
拿馮國璋來說，馮國璋當時南下打起義軍的時候打得很起勁，很想為清政府立功，甚至在袁世凱半打半停的時候，他還繞過袁世凱直接找隆裕，讓隆裕拿錢出來繼續支持他打起義軍，結果被袁世凱給收拾了。
北洋軍中像馮國璋這樣效忠清政府的人絕不在少數，甚至可以說是佔據了絕大多數，載灃真要有能力的話何愁不能將北洋軍徹底地控制在自己的手中？
但是載灃用人卻只看“成分”，不看能力，所以他用了一個不該用的人——蔭昌，載灃之用蔭昌一如他用胞弟載濤統領禁衛軍一樣，倘若禁衛軍換成良弼來統領，則袁世凱未必能夠奪走禁衛軍的控制權。
載灃之所以用蔭昌，除了因為蔭昌是滿人之外，還因為他是北洋老人，還因為他是留德歸來的“高材生”，只是蔭昌這個人的能力實在讓人不敢恭維。
也許正是因為蔭昌是北洋老人的緣故，他還可以算得上是袁世凱的擁躉者，所以當他意氣風發的南下卻遭到了當頭一棒之後，他便急急忙忙地向清政府報告，讓清政府趕緊請袁世凱出山了。
蔭昌之所以在南邊被打得狼狽不堪，原因既在於他難以控制和指揮北洋軍，也在於他指揮能力實在一般。
蔭昌都說自己指揮不了北洋軍，只能讓袁世凱來了，載灃還能指望誰呢？所以載灃也只好低聲下氣地去請袁世凱。
袁世凱原本便一直心有不甘，時時靜待機會，因為載灃用人不當的緣故，致使北洋軍中處處是袁世凱的嫡系，所以他一出山便能夠順順利利地掌控北洋軍。
清政府之所以難以指揮北洋軍，除了載灃用人不當導致沒能消除袁世凱在北洋軍中的影響力之外，也是因為時勢使然。
時間到了1911年，稍微有點頭腦的人誰還看不出來清朝已經大勢已去，已經到了岌岌可危的時候？稍微有點頭腦的人誰還不想著為自己留一條後路或者謀一條後路？
換句話說，當時已經人心思動，已經人心思變，之所以未動，之所以未變，只是還差一個導火索。
顯然，武昌起義成了人心動和變的導火索，所以很多人開始動搖了，開始觀望局勢了，這些人當中當然也有北洋軍中的將領，須知北洋軍將領可是接受了不同於傳統教育的人，他們的眼光自非常人所能及也。
這也是清政府後來難以指揮北洋軍的一個不可忽視的原因，這也是清政府給自己挖的坑，是清政府要練新軍，要培養新型人才。
最終，清政府花費了氣力和錢財培養出來的新軍和新型人才成了清政府的掘墓人。
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北洋軍是清朝末期的王牌部隊，成軍後不僅成為清朝軍隊的主力，而且很大程度上主宰了清末的時局（特別是慈禧太后死後）。
北洋新軍（陸軍）是袁世凱創辦的，以德國陸軍為模式，聘用德國教官訓練，採用德國武器裝備，包括步、炮、騎、工、輜等兵種的近代化軍隊。成軍後實際領袖是袁世凱。北洋新軍成軍後袁世凱任北洋大臣直隸總督就實際形成了一個軍事政治集團，即便袁世凱被攝政王載灃以足疾開缺（罷官）後，他羽翼豐滿，他的部屬段祺瑞、馮國璋、王世珍、曹錕等以袁為馬首是瞻，清廷指揮不動這支新軍是必然的。
這個 淵源要上溯到剿滅洪楊太平天國的曾國藩的湘軍，清廷主力軍隊虛弱不堪的八旗軍和綠營被太平軍打的丟盔卸甲，清廷不得不號召各省發展團練（民兵）對抗太平軍。團練經費自籌，因此團練大臣擁有很大自主權。曾國藩的湘軍以門生、朋友、老鄉等為紐帶組成，形成了兵為將有的傳統。曾國藩的門生李鴻章建立的淮軍也是這個模式。剿滅天平天國後湘、淮軍成為國家的正規軍，軍餉自然朝廷發，但組織模式和盤根錯節的人事關係繼續保留下來。不僅在軍隊，就是地方各大督撫好多是湘淮系，或和湘淮系密切的人。在八國聯軍佔領北京，東南各省搞的東南互保，兩廣總督李鴻章、兩江總督劉坤一、閩浙總督許應騤、山東巡撫袁世凱、鐵路大臣盛宣懷等是湘淮系，四川總督奎俊、胡廣總督張之洞是準湘淮系的。他們掌握大半中國的地方軍政大權，建新軍（包括北洋水師、南洋水師）、辦軍事工業、設工廠鐵路等新政，是以慈禧太后為首的滿清貴族既忌憚防範，又不得不依靠的軍事政治集團。
它的香火綿延不息，袁世凱掌握小站練兵是李鴻章推薦、榮祿提拔的，又是李鴻章臨終向慈禧太后推薦他任直隸總督北洋大臣的，所以他繼承了湘淮集團的衣缽，創建了北洋集團，是湘淮系的繼續發展。
清末滿清皇族面對實力雄厚盤根錯節的北洋集團，認為免除袁世凱的職就能指揮北洋新軍未免太失之天真了。這個集團和孫中山先生領導的同盟會、各省新軍成為清王朝的掘墓人。後來又主宰中國政局二十八年，這些都不是偶然的。
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甲午中日戰爭之後，清政府開始編練新軍。新軍開始於天津小站，在這個過程中袁世凱成為了新軍編練的核心人物，也是北洋軍閥開始形成的標誌。到1905年北洋六鎮成軍時，其權力一直掌握在袁世凱的手裡。
京旗常備軍改為北洋陸軍第一鎮，統制為鳳山。
北洋常備軍第一鎮改為北洋陸軍第二鎮，統制為王英楷。
北洋常備軍第三鎮改為北洋陸軍第三鎮，統制為曹琨。
北洋常備軍第二鎮改為北洋陸軍第四鎮，統制為吳鳳嶺。
北洋常備軍第五鎮改為北洋陸軍第五鎮，統制為吳長慶。
北洋常備軍第四鎮改為北洋陸軍第六鎮，統制為王士珍。
北洋六鎮中，出了第一鎮是滿族貴族外，其餘五鎮的統制都是袁世凱的人。袁世凱勢力的擴大引起了清政府的不滿，清政府剝奪了袁世凱的兵權，並免去了其直隸總督兼北洋大臣的職務。在張之洞的建議下，袁世凱被以足疾為由回河南老家。
袁世凱表明上賦閒在家，實際上卻是北洋新軍的幕後遙控指揮者。武昌起義爆發時，北洋六鎮的統制如段祺瑞等皆不服從清政府的命令，而只聽從於袁項城。
歷史軍魂
先說結論，因為大清對北洋軍隊的控制權完全被袁世凱架空，所以北洋成了袁世凱的私軍，所以指揮不動。
（1）為何會有北洋軍？
北洋軍隊是因為在北洋六鎮練兵，所以才被叫做北洋軍，是大清在1901年1月開始才籌辦的，也就是說對於大清其他的軍隊來說，只是十足的後生仔。想要弄懂為什麼會有北洋軍，那要搞清楚大清以前跟人打仗靠的什麼！
大清最早用的是八旗軍，也就是後金立國時的武裝力量，有滿八旗、漢八旗、蒙古八旗。八旗軍在清廷立國之時勇猛善戰，但是承平日久，到後來就毫無戰力。在太平天國之時，被洪秀全帶的太平軍打得不成樣子。清廷眼看太平軍就要打到北邊來了，無奈之下就只能啟用士人組織軍隊，叫做團練，這就是湘軍和淮軍的起源。
墮落的八旗軍 但是這些封疆大吏也不老實，看著大清不行了，就開始有割據的意思。封疆大吏們對朝廷的態度是，你要是給錢，我還是奉你是皇上，我還給你打個工；你不給錢還要我去送死，那你就什麼都不是。可以看出，大清對基層的控制力不行了。所以在八國聯軍侵華之時，慈禧太后叫東南省份的封疆大吏們來勤王、打洋人，被李鴻章為首的大吏們直接一句“此乃亂詔”給頂了回去。
一直被朝廷暗算的李中堂在這樣的情況下，大清肯定要搞新的軍隊啊，舊的湘軍、淮軍都靠不住。
（2）北洋軍不姓大清而姓袁
大清有了湘軍、淮軍的前車之鑑，肯定不敢將軍權全部交給漢族士大夫，而是組建了北洋三巨頭：總理練兵事務大臣慶親王奕劻、練兵會辦大臣袁世凱、練兵襄辦大臣皇族鐵良。
大清這樣的安排肯定是有道理的，以皇族為主，但是問題只有一個，那就是皇族沒有這個能力，被袁世凱吃的死死的。其中奕劻年老體衰，根本不是很想管。而鐵良是個冒失的年輕人，一點手段都沒有，還把同為皇族的奕劻給得罪。鐵良不懂世故，做人沒有手段，在奕劻生日的時候，頭鐵的送過去萬兩禮金，這樣低端的行賄直接惹怒了奕劻。
被袁世凱吃的死死的鐵良 所以在後來的鬥爭中，奕劻直接站在袁世凱這邊整鐵良，這樣的情況下，大清對袁世凱的制衡完全失控。在這樣的情況下，皇族被架空，袁世凱就在北洋軍隊中大肆扶持自己人，就算後來大清把袁世凱給撤了也沒用。到了練兵後期，整個北洋軍裡都是袁世凱的人，大清陸軍部如同擺設。
北洋成了袁世凱私軍所以大清之所以指揮不動北洋，和他自身腐朽無能有著直接關係，皇族是個扶不起的阿斗。所以就算沒有袁世凱，也有張世凱、李世凱來架空清廷。
藍白旗幟
提問者提到了北洋新軍是根據德式練法改編。那就應當瞭解，一戰前後的德奧土俄四大帝國都是兵變亡國的。所以那個時候兵變是主流。清朝可以說真的是早死早超生。比較一戰前後滅亡的四大帝國。俄皇室滅門，德奧土三國皇帝流亡海外。清朝簡直太幸運了。這四國帶頭造反的也是皇家軍隊。而且也都是不愁軍餉的皇家精銳部隊帶頭造反，這其中最著名的造反頭子凱末爾還是土耳其朝廷的帕夏。
超哥侃古今
題主你的感覺是錯誤的。
不是清朝指揮不動北洋軍，於清朝來說，慈禧是完全指揮的動北洋軍以及袁世凱的。
指揮不動北洋軍和袁世凱的只是溥儀和他的老爹攝政王載灃而已。
1906年，慈禧一句話讓袁世凱交出北洋五鎮軍權，袁世凱也就馬上老老實實交出了軍隊，然後老老實實去“辦外交”去了。
袁世凱為什麼服從慈禧呢？
因為慈禧這個女人不簡單。
因為慈禧是一個深得“帝王要術”的天生女政治家。
當她只是26歲的一個嬌滴滴少婦的時候，她就可以趁著她的兒子同治皇帝幼小，拿著咸豐皇帝臨死賜給她的制約八大顧命大臣的“御賞”印章權（聖旨需要蓋上此印章才有效），聯合了被排擠在“顧命大臣名單”之外的咸豐皇帝弟弟恭親王，一舉掀翻了咸豐皇帝的政治遺命——誅殺了“八大顧命大臣”。
人頭滾滾呀！心狠手辣呀！殺伐決斷呀！
慈禧搞起“與人鬥”的政治藝術來，端的是一個“穩、準、狠！”
慈禧一夜之間掌握了最高權力！
然後呢？
馬上收起了殺氣騰騰的兇惡狀，大肆封賞滿族權貴，停止了對八大顧命大臣親屬部下的瓜蔓殺，一舉收服了八旗武裝，開始了她的“垂簾聽政”。
然後，又開始有意無意的扶助漢族的能臣大將，比如曾國藩、李鴻章、左宗棠，還有北洋軍的靈魂人物袁世凱。
這一通操作下來，她變了成八旗武裝、湘軍，淮軍的“恩主”了！當然也變成了北洋軍的“恩主”了，也變成了袁世凱的“知遇之主”了。
慈禧活著的時候，大清朝各方力量雖然是互相制約的，但是也都視慈禧為主呀！慈禧是中心點。
慈禧一死，天地為之一變。
慈禧死後，溥儀掌握大權，他只是一個毛孩子，真正掌握大權的是載灃！攝政王載灃！
載灃是什麼樣的人呢？
載灃他是一個好人，是一個道德高尚的人，是一個有名有節的中華兒女。
載灃他曾經嚴詞拒絕過日本人的引誘，他曾經大罵過溥儀和日本人合作。
載灃他是一個識時務的人，一個清醒的人，張勳復辟他不參加不表態，卻主動配合新中國政府開展工作，因為他認識的明白“誰才可以得到中國。”
但是，載灃不是一個政治家，從性格來說，他完全不適合做一個政治家。
首先他心不夠狠辣。
對於那群顢頇的滿族親貴總是念著親戚面子下不去狠手，讓他們佔據著位子不幹活，他拿什麼“新位子”賞給他的手下呢？
他當上攝政王首先要做的應該是大賞自己的得力手下們呀！不然，人家跟著你鞍前馬後的幹什麼呢？
然而，他找不到位子給手下，寒了人心。
至於被他饒過的“顢頇滿族權貴”呢！當然也不會感激他，他們認為他怕他，動不了他們呢！
載灃倒是也認識到了袁世凱的危險，也準備弄倒袁世凱，但是，他的手段溫吞吞——給了袁世凱一個“足疾治病”的理由，讓他回家去了。
孰為不智也！
袁世凱這種人，要麼收服他重用之，要麼殺掉他以絕後患，沒有中間路線的。
要麼恩威並施，暗中輔助其他力量和袁世凱展開你死我活的鬥爭，自己站在中間做裁判；要麼直接辦他個貪汙造反的罪名，殺掉了事。
載灃依然溫吞吞的爛做好人，選了中間路線。
和慈禧的做事風格比較起來，一個天上，一個地下也！
袁世凱是多麼聰明的人呀！袁世凱玩政治的水平多高呀！在朝鮮那是玩轉朝鮮皇族和日本人的人！
袁世凱馬上看穿了載灃的“五臟六肺和九竅”——這小子傻兮兮呀！
誰會願意聽一個傻子擺佈呢？
任何一個具有袁世凱水平的人也不會願意聽任載灃擺佈的。
人之常情，事理所在。
葭明通半瓶歷史
說到清朝的軍隊體制，大多數人想到的是清朝最早的軍隊編制八旗軍，而不是北洋軍。這是因為在清朝初期，八旗軍是定鼎中原的核心力量，也是清朝中前期的國家精銳部隊。
“八旗”最開始是努爾哈赤創造的一種制度，後來到皇太極時期，又將八旗勢力進行了擴張。最後在清軍入關後，也就是順治時期，可能是受所處的生活環境的影響，大部分的八旗軍人開始貪圖享樂，不願意拼命，所以八旗的戰鬥力就開始逐漸下降了。
於是，在清朝末年的太平天國運動時期，八旗軍無力鎮壓國內起義，只得藉助地方武裝才能平叛。事後，清朝那邊又擔心地方漢族武裝實力過大，所以進行運動鎮壓後，這些軍隊的實力都遭到了削弱，很多都被裁撤解散掉了。
隨著湘軍、淮軍等漢族武裝的削弱、裁撤與解散，清朝到了無兵可用的狀態。所以，在此情況之下，清廷不得不命各省創建去新軍，建設現代化的軍隊。
這裡面清朝耗資最大的就是“北洋軍”，當時全國共編新軍十四鎮，北洋軍就獨佔六鎮，總計七萬多人，成為當時中國戰鬥力最強的王牌軍隊。
初入軍界，他曾在淮軍將領吳長慶手下任命，最後卻成為了，編練北洋新軍的負責人
袁世凱能夠踏入軍界也是得益於吳長慶的扶持，而吳長慶不僅是淮軍的將領，還是袁世凱養父的結拜兄弟。在吳長慶的心裡，他是非常信任袁世凱的，所以在吳長慶受命平叛朝鮮的時候，還讓袁世凱任前敵營務。
而吳長慶調防奉天金州的時候，他將自己的部眾留下一半給袁世凱進行統領，以幫辦朝鮮軍務身份駐紮朝鮮，並幫助朝鮮訓練新軍。
也就在這個時候，袁世凱有了跟李鴻章接觸的機會，又因為袁世凱平定了朝鮮內亂，所以李鴻章非常的賞識他，並且向朝廷申請給袁世凱加官。升官後的袁世凱，不僅與李鴻章建立了交情，還與朝廷裡其他大臣交好。
尤其在訓練“北洋新軍”的人選上，朝中大臣紛紛向翁同龢推薦袁世凱，這裡面也包括李鴻章，所以袁世凱很順利的成為編練新軍的負責人，開始在小站練兵。
因此，“北洋軍”訓練的帷幕正式拉開。
憑什麼清朝耗資建立起來的“北洋軍”，到了最後卻指揮不動，成為了袁世凱的“私人武裝”？
袁世凱在淮軍多年，深知“兵為將有”的重要性，所以他一心把軍隊變成私人武裝，並且除他之外，任何人不能駕馭。所以，1895年末，袁世凱奉命赴天津小站接任訓練新軍。後來經過他招募擴充，改為“新建陸軍”。
而新建陸軍的軍官骨幹主要來自三個方面：
1、袁世凱的個人親信
2、袁世凱的老部下
3、袁世凱為消除清廷滿族權貴疑心，特請的軍事骨幹，如王士珍、段祺瑞、馮國璋等。
初此之外，袁世凱在練北洋新兵上也有自己的一套方法論，他不僅把控參軍的身高體重，還經常向新兵進行思想灌輸，連口號都是大喊袁世凱的好，袁世凱就這樣在這些北洋新軍的腦子裡慢慢的植入了，只知有袁世凱而不知有清朝的思想。
最重要的一點，袁世凱在新軍的待遇上考慮的很周到，在每月發放餉銀時，袁世凱都親自點名，按名發給。因為這樣可以有效的避免冒領的弊端，從而能夠讓那些貧窮出身的新兵，每月都能拿到足額的餉銀。
那些感恩戴德的北洋新軍，正是每天被袁世凱進行這樣的訓練，所以才讓北洋新軍的實力不僅堪稱一流，還成了除袁世凱外他人無法調動的軍隊。並且這些北洋軍的眼裡，只知道袁世凱而不知道大清。
由此可見，在那個年代，誰的能力強誰就是老大。而袁世凱在小站練兵時，所有的北洋軍將領都是袁世凱的親信，無論是“北洋三傑”王世珍、段祺瑞、馮國璋，還是曹錕、盧永祥、徐世昌等重要人物都只服從與袁世凱。
雖然是現代化的軍隊，但是這樣的軍隊只服從於個人，誰都調動不了這樣的軍隊。因此，袁世凱死後，在沒有人帶領北洋軍的情況下，北洋軍的分裂也就在所難免了。
秋原歷史
對這個問題我來談談個人看法。
一、北洋軍的前身主要是晚清時“小站練兵"的新軍，他的創始人和統帥袁世凱是清未時最著名的政治梟雄，有著非常強的政治抱負和野心，因當時擔任北洋大臣，因此由他編練而成的新軍又稱“北洋軍"，手下主要高級將領段祺瑞、馮國璋、王士珍等都是袁世凱一手栽培成長起來的，中下級軍官大部分都是留洋接受過西方現代軍事培訓的，士兵主要來源於農民、工人、手工業勞動者及城市失業人員，接受的訓練是先進的西方軍事培訓，裝備也是最先進的德式軍械，從人員構成、成立的吋間來看與清朝其他的八旗軍、綠營兵截然不同，對清朝沒什麼感情，只效忠袁世凱一人。
二、從當時的社會環境和政治大氣候來看，在歷經“戊戌變法”、“洋務運動"後，西方的先進民主政治思想已逐漸深入人心，而孫中山領導的革命黨又在全國各地不斷起事，清朝雖竭力挽救，但無奈大勢已去，清廷的統治可以說是“日落西山，風雨飄搖”。
三、從當時清廷對北洋軍的態度來看，一方面要倚靠北洋軍的戰力來抵禦列強和鎮壓革命，另一方面也擔心北洋軍成為袁世凱的私人軍隊，最終尾大不掉成為內患。為此，清廷也採取了滲沙子、抽梯子等各種手段，安排鐵良等皇族進入北洋軍，對袁世凱各種打壓，但已為時太晚，這些都無法改變北洋軍己是袁世凱個人軍事勢力的事實。
四、武昌起義爆發後，北洋軍已成為鎮壓革命的首選力量，但當時的袁世凱因受清廷打壓，正賦閒在河南老家釣魚，武昌的槍炮聲對於坐等時機的他來說無疑是千載難逢的好機會，因此，他一面稱病不出，和清廷不斷討價還價，一面對北洋軍中的舊部暗授機宜，以各種理由拖延行軍速度，到了武漢後也是虛張聲勢、出工不出力，坐等事態擴大以攫取個人最大好處。
後來，袁世凱在清廷滿足了他個人的最大私慾後重返北洋，揮起屠刀指向革命，並依靠北洋軍上演了八十三天皇帝夢的“復辟醜劇”，但是，歷史的潮流不可阻擋，袁世凱和他一手創立的北洋軍也註定在這大潮中土崩瓦解、灰飛煙滅！
用戶屌兵T34
老呂認為，清朝之所以指揮不動北洋軍的原因主要有二。一方面，在慈禧執政的時候，由於她玩了一個政治平衡，即：同意了袁世凱與張之洞所提出的新政，讓很多漢族官僚掌握了實權，這其中就有在天津小鎮操練北洋軍的袁世凱。因此，這個時候的清王朝對北洋軍其實還有控制力。然而，當慈禧死後，攝政王載灃上臺，卻想要恢復滿族官僚的獨裁，比如，在新成立的內閣當中，滿族官僚佔到了9人，而漢族官僚僅僅佔到4人，因此，於無形之中就傷害了很多漢族官僚的感情。加之，北洋軍當中又全是漢人，因此，到了清朝末期的宣統年間，當權的滿族高層也就逐漸失去了對北洋軍的實際控制權。
