據中國中醫研究院出版的《中國疫病史鑑》不完全統計，從西漢到清末，我國至少發生過321次大型瘟疫。每次疫情，都能讓當時的社會為之顫慄。
中國古代百姓心中常有三大畏懼——戰亂、鬼怪和瘟疫。
聰慧的炎黃子孫也在千年的對抗史中，摸索出了一條從巫鬼之術到公共衛生體系建設的“戰疫”之路。
上古大疫：送瘟神
我國有關瘟疫的最早記載，大約可以追溯到商代甲骨文時期。
《小屯殷虛文字乙編》中記載了這樣一則故事：與天地溝通的巫師正在占卜，他所問有兩件事，其一是這個瘟疫是否會蔓延開去？其二是商王是否感染瘟疫？可以想見當時的王城裡應該發生了大規模的人群感染事件，以至於商王都有了被感染的風險。
在著名的赤壁之戰中，早前史家主要將孫劉聯軍的勝利歸結於曹軍不熟水性，但隨著醫學史料的挖掘，這場奠定歷史格局的戰役，其實與瘟疫大有關聯。
孫吳聯軍攻曹，曹操船艦損失慘重，下令撤退。但奇怪的是，撤退途中，曹操下令把未燒著的船也一併點燃。
相關醫學史的研究表明，彼時血吸蟲病在赤壁地區傳染甚廣，這種疫病以水為傳染源，從北方而來的曹操軍隊除了不通水性外，對這種瘟疫也知之甚少沒有免疫。撤退途中曹操下令點燃的船，很有可能與防止瘟疫蔓延有關。這一點在他其後寫給孫權的信裡也得到了證實：“赤壁之役，值有疾病，孤燒船自退，橫使周瑜虛獲此名。”
有史料統計，東漢桓帝時期，全國人口5000多萬，至三國末年，全國因瘟疫死亡人口以千萬計。建安二十二年，一場席捲全國的大瘟疫更是造成了十室九空的悲慘局面，司馬懿的哥哥司馬朗就是巡邏軍營、照顧士兵時染上瘟疫死的。東漢文學著名的“建安七子”，就有五人死在這場瘟疫中。東漢末期百餘年成為我國曆史上疫情最嚴重的時期之一。
此時，人們面對兇猛的疫情，只能歸結於上天的懲罰，巫術與神鬼之說是從天子到民間都認可的解釋。“瘟神”、“疫鬼”橫行於世，當時最“科學”的戰疫方式就是信奉除疫的神祇。《周禮》中記載：“方相氏，帥百隸隸而時儺，以索室驅疫。”傳說方相氏長得極其醜陋，瘟神見了他都只能落荒而逃。現在於西部地區還在流傳的儺戲，也是古時方相氏驅疫病在當代的更迭演變。
而東漢末年的大疫，簡單的民間信仰已經救不了被感染的民眾，黃巾軍的起勢正是源於首領張角對瘟疫的救治。但其能以符水治瘟疫的消息，有著濃厚的神話和神秘色彩。諷刺的是，張角最後也因感染瘟疫而病死軍中。
抗疫：催生中醫理論
在與瘟疫的對抗中，催生了中醫的核心理論。公元154年前後，蟄伏的瘟疫蓄勢待發，河南南陽的張家娘子誕下一名男童，取名仲景。父親張宗漢在朝為官，他本希冀兒子承襲自己的事業，卻沒想到他對醫學情有獨鍾。10歲時，張仲景開始跟隨同郡醫生張伯祖學醫。數十年後，張仲景醫學大成，寫成《傷寒雜病論》一書，其中總結的辯證論治原則，確立了我國中醫診治的靈魂。
“傷寒”一詞，與我們現在說的傷寒略有不同，其主要症狀為發熱，並且具有強烈的傳染性，實則是對各類疫病的指代。
張仲景在《傷寒雜病論》中提到，僅僅十年時間，張氏家族就只剩下三分之一的人口，其中七成比例都是患上了瘟疫。《傷寒雜病論》中記載的三承氣湯、竹葉石膏湯等，經後世沿用至今。
而後中醫傳承愈廣，東晉醫學家葛洪在《肘後備急方》中，對天花、虜黃病(即現代所說的黃疸)、沙蝨病(恙蟲病)等傳染病的治療做出了貢獻。
唐代名醫孫思邈在《千金要方》中，不僅總結了許多治療傳染病的方劑，還提出用燻藥法進行空氣消毒、向井中投入藥物給水消毒等消毒法。
隔離：國家力量介入
睡虎地出土秦墓竹簡中記錄了這樣一段秦代傳染病的“隔離”制度：一名正在接受築城刑罰的犯人服刑還沒有結束，卻被發現得了麻風病，當地官員迅速將他轉移到了一個叫“癘所”的地方隔離。這或許是出土文獻中能見到的較早關於官方治理疫情的記載。
而正史中有關政府官方干預疫情的記錄，則始於西漢。元始二年，京畿一帶發生了嚴重的旱災和蝗災，疫病隨之而來。漢平帝下詔：“民疾疫者，空舍邸第，為置醫藥。”由政府安排專門的房子“隔離醫院”負責醫治疫病患者，這是我國曆史上較早出現的關於公立臨時疫病隔離醫院的記載。
至南朝時期，有“六疾觀”“別坊”等隔離機構。唐朝設有“病坊”，宋代設“安樂坊”，通常由中央政府視疫情分撥經費，由地方政府採購藥物，招募僧人照料病患。
除了有效隔離外，自唐朝以來，由政府組織醫療力量救治，都是戰“疫”決勝的根本保障。正統十四年，淮揚發生瘟疫，明英宗派了40多個太醫奔赴疫區，救治百姓。而根據歷史記載，官方對於疫情時期的“賜藥”“頒方”都是免費的。
及至明清時期，“科學戰疫”有了劃時代的突破——人痘接種法的普及，這是人類戰勝傳染病“天花”的經典案例——用天花病人身上痘疹皰裡的痘漿、痘瘡結痂磨成的粉末吹入健康人的鼻孔中，使其感染，進而獲得天花的免疫力。史料顯示，自明代開始，科學的種痘方法已經在民間開始使用。
因康熙帝自小的天花經歷，他對人痘接種法的推廣和普及產生了重要作用。自康熙帝開始，對天花的防治由單純的躲避隔離變為多極防治結合。在他的倡導推動下，清朝天花防治更加系統化。
公共衛生：艱難起步
到了晚清，在和西方接觸的過程中，逐漸開啟了近代化的防疫歷程，在防疫體系中，“公共衛生”的概念開始被接受和推廣。
鴉片戰爭之後，西方醫學開始大規模傳入中國。此後在洋務運動中，特別是在北洋海軍的建設中，西醫學堂成為配套設施，這成為中國自主創辦西醫醫院的肇始。
光緒三十一年(1905年)，首箇中央衛生行政機構——衛生科設立，主管考核醫學堂的設置、醫生的考核，以及檢疫計劃、審定衛生保健章程等。1906年，衛生科升級為衛生司，隸屬民政部，掌核辦理防疫衛生、檢查醫藥、設置病院等事宜。
衛生科(司)的設立，標誌著全國範圍內製度性衛生行政的起步，衛生行政上升為國家制度。
在國家衛生行政機構設立不久，1910年末東北暴發鼠疫傳染病。華人醫生伍連德第一次在中國全面應用現代公共衛生的理論和方法撲滅了這場大瘟疫。事後，清政府組織第一次真正意義上的國際會議——奉天萬國鼠疫研究會，共有來自12個國家的34位代表參加，確定了許多國際通行的防疫準則，為此後的國際防疫合作奠定了基礎。另外，清政府頒行中國第一部全國性衛生防疫法規——《民政部擬定防疫章程》，要求各省“嗣後遇有防疫事件，即行一體遵照”。至此，國家層面的公共衛生體系初具雛形。
但在清末以及之後的動盪時代中，國家層面的公共衛生體系大多時候是作為紙面規劃，無法實踐。直到中華人民共和國成立後，才逐步建成了完善的公共衛生體系，建立健全傳染病領導防治機構。
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